Screening of p53-mdm2 interaction inhibitors through genome editing, high-content screening, and surface plasmon resonance
P53-mdm2 etkileşim inhibitörlerinin genom mühendisliği, floresan ikili hibrit ve yüzey plazmon rezonans teknikleri ile taranması
- Tez No: 507359
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Tümor baskılayıcı protein p53 hücre bölünmesinin durdurulmasında, senesensde ve apoptozda görev almaktadır. Hücrede p53 seviyesi çeşitli stresler nedeni ile artmaktadır ve DNA hasarı olan hücrelerin bölünmesine engel olmaktadır. Normal hücrelerde p53 protein seviyeleri antagonisti olan MDM2 tarafından düşük tutulmaktadır. Bu onkojenik protein E3 ligaz aktivitesi ile p53'ün ubikutinlenmesine ve daha sonra proteazomda yıkılmasını sağlar. p53 yolağının aktifleştirilmesi kanser ilacı geliştirmelerinin odak noktasıdır çünkü kanserlerde p53 ya mutasyon ya da regulatörlerindeki bozukluklar nedeniyle etkisiz durumdadır. Bu çalışmada, bilgisayar ortamında p53 ve MDM2 ektileşimine karşı tasarlanmış, ve organik sentezlenmiş moleküllerin taranması için üç yöntem kurduk. CRISPR/Cas9 genom mühendisliği ile geliştirilmiş HCT116 p53-/- MDM2-/- hücre hattında moleküllerin aktivitelerini test ettik. Floresan ikili hibrit tekniğini moleküllerin canlı içinde gerçek zamanlı yüksek içerikli aktivite taranması için ve yüzey plazmon rezonans tekniğini moleküllerin canlı dışında yüksek hızda aktivite taraması için kurduk.
Özet (Çeviri)
The tumor suppressor p53 is the central mediator of cell-cycle arrest, senescence, and apoptosis. p53 protein levels increase upon various cellular stresses to prevent the improper proliferation of cells harboring DNA damage. Under normal conditions, cells keep p53 protein levels suppressed due to its main antagonist, MDM2. This oncogenic protein acts on p53 as an E3 ubiquitin ligase for the polyubiquitination of p53 and its subsequent proteasomal degradation. Activating the p53 pathway is one of the prime targets for novel cancer therapeutics because almost all human cancers have inactivated p53 either by a mutation or by a defect in its regulators, such as the overexpression of MDM2. In this study, we aimed to construct three methods for the screening of novel compounds generated by in silico design and organic synthesis and attempted to inhibit the protein-protein interaction between p53 and MDM2. We generated HCT116 p53-/- MDM2-/- cell lines as a novel assay system through CRISPR/Cas9 genome editing for studying the activity of candidate small molecule compounds targeting the p53-MDM2 interaction. We also constructed a Fluorescent Two-Hybrid (F2H) assay system for high-content screening of these compounds in real time in living cells and finally a surface plasmon resonance assay for high-throughput screening of these compounds in vitro.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Generation of reporter cell lines by genome editing to probe p53 activity
P53'ün aktivitesini araştırmak için genom düzenleme ile raportör hücre hatlarının oluşturulması
NAZİFE TOLAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- p53 ve p21 gen polimorfizmlerinin açık açılı glokom ile ilişkisi
Association of p53 and p21 gene polymorphisms in open angle glaucoma
GÜNKUT AKAR
- Mikotoksinlerin mezenkimal kök hücrelerinin sağkalımı ve bölünmesi üzerindeki etkilerinin transkriptomik düzeyde taranması
Screening of mycotoxin-induced effects on the survival and proliferation of mesenchymal stem cells at transcriptomic level
INJI SHIKHALIYEVA
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
DOÇ. DR. CENK KIĞ
- Özofagus kanserlerinde P53 genindeki heterozigosite kaybının PCR ile tesbiti
Başlık çevirisi yok
TÜLAY TOS
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
Tıbbi BiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM PİRİM