Akış sitometrisi verilerinde örüntü tanıma
Pattern recognition in flow cytometry data
- Tez No: 533311
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TOLGA ENSARİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Kan Örnekleri incelenerek yapılan analizlerde Akış Sitometrisi (Flow Cytometry) cihazı sıklıkla kullanılmaktadır. Akış sitometrisi verilerinin analizine hastalık tanısı koyma, hastalığın ilerleme safhasını izleme gibi durumlarda ihtiyaç duyulmaktadır. Fakat bu çok boyutlu verilerin insan eliyle yani manuel olarak analizinin yapılması çeşitli sebeplerden dolayı istenilen seviyede verimle yapılamamaktadır. Bu Tez çalışmasında Akış Sitometrisi verilerinde uzmanlar tarafından manuel olarak yapılan kapılama (gating) işleminin bilgisayar tarafından otomatik olarak yapılabilmesine olanak sağlayan bir algoritma oluşturulması amaçlanmıştır. Oluşturulan algoritma k-ortalamalar (k-means), Gauss Karışım Yöntemi (Gaussian Mixture Method – GKM) kümeleme yöntemleri, Beklenti Eniyileme (Expectation Maximization – BE) algoritması ve Chernoff uzaklık ölçüm yöntemini içermektedir. Tez kapsamında oluşturulan algoritma DLBCL veri kümesi üzerinde iki farklı şekilde test edilmiş olup %87,44 ve %86,06 başarı oranı elde edilmiştir. Sonuçlar var olan yöntemlerle karşılaştırıldığında birçok benzer çalışmaya göre daha yüksek başarı seviyesi elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Flow Cytometry device is frequently used in the analysis of blood samples. Analysis of Flow Cytometry data is needed in cases such as diagnosing disease, monitoring progression of disease. However, the manual analysis of these multi-dimensional data by the hand cannot be performed at the desired level due to various reasons. In this thesis study, it is aimed to create an algorithm which allows the gating process by manual gating to be performed automatically by the experts in the flow cytometry data. The algorithm consists of k-means, Gaussian Mixture Method (GMM) clustering methods, Expectation Maximization (EM) algorithm and Chernoff distance measurement method. The algorithm developed in the scope of the thesis was tested in two different ways on the DLBCL dataset and a success rate of 87.44% and 86.06% was obtained. The results showed a higher level of success was obtained compared to many similar studies.
Benzer Tezler
- SH-SY5Y nöroblastom hücre hattının farklılaştırılmasında HN1'in etkisi
HN1's effect in SH-SY5Y neuroblastoma cell line differentiation
TİLBE ÖZAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
- İnsan adipoz dokusu ve adipoz kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin doku mühendisliği uygulamalarında kullanılmak üzere kriyoprezervasyonunun optimizasyonu
Ortimization of cryopreservation protocols for adipose tissue and adipose tissue-derived mesenchymal stem cells and their potential use in tissue engineering
NECATİ FINDIKLI
Doktora
Türkçe
2014
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADIL ALLAHVERDIYEV
- Development of an experimental image processing tool and flow-cytometry based electromagnetic scattering analysis for medical diagnosis of red blood cell pathology
Kırmızı kan hücresi patolojisinin tıbbi teşhişi için deneysel gorüntü işleme aracının ve akış-sitometri esaslı elektromanyetik saçılım analizinin geliştirilmesi
POLAT GÖKTAŞ
Doktora
İngilizce
2020
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAKUR BEHÇET ERTÜRK
PROF. DR. AYHAN ALTINTAŞ
- Pankreatik kanser in-vitro modelinde wj460 molekülünün etkilerinin ve gemsitabin ile potansiyel sinerjistik etkileşimlerinin araştırılması
Investigation of the effects of wj460 molecule and its potential synergistic interactions with gemcitabine in an in-vitro model of pancreatic cancer
CEREN KARSLIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVCAN ATAY
- Mezenkimal kök hücrelerin canlılığı ve stres koşulları altındaki proliferasyonunda kalsiyum/kalmodulin-bağımlı protein kinaz 2 (CAMKII) enzim değişiminin belirlenmesi
Determination of calcium-calmodulin dependent protein kinase 2 (CAMkII) enzyme in mesenchymal stem cell viability and proliferation under the stress conditions
TUĞBA ŞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR AKAN