Asmada hastalık yapan roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration-associated virus)'ün moleküler teşhisinin iyileştirilmesi
Molecular diagnosis improvement of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines
- Tez No: 533915
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Asma yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (Grapevine roditis leaf discoloration associated-virus, GRLDaV) Caulimoviridae familyası, Badnavirüs cinsi üyesi olup, endojenik bir virüsdür. Bu çalışmada GRLDaV'nin doğru teşhis için yuvarlanan halka amplifikasyonu (Rolling circle amplification; RCA), virüsün tüm genomunun nükleotid dizisinin elde edilmesi, PCR ve Realtime-PCR temelli teşhis yöntemleri geliştirilmiştir. GRLDaV'un YHA sonucunda amplifikasyonlar edide edilmiş, ancak virüse ait fragmentler bulunamamıştır. Etmen Nicotiana tabacum cv Samsun ve Xanthi ile Chenopodium quinoa test bitkilerine inoküle edilmiş, buradan tekrar tütün bitkisine aktarılmış, PCR analizleri ile teyid edilmiştir. Gen bankasında kayıtlı GRLDaV genomları kullanılarak tasarlanan primerlerle amplifiye edilen 10 genom bölgesinin birleştirilmesi ile tüm GRLDaV B42 izolatının 7,086 nt uzunluğunda tüm genom nükleotid bilgisi elde edilmiştir. Diğer ülkelerde teşhisi yapılan GLRDaV izolatleri ile aynı genom organizasyonuna sahip olup, yüksek oranda nükleotid benzerliği göstermiştir. Sonuç olarak rutin teşhislerde kullanılabilecek primer çiftleri PCR ve real-time PCR analizleri için önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Grapevine leaf discoloration associated virus (GRLDaV) the family of Caulimoviridae is a member of the genus Badnavirus and is an endogenous virus. Rolling circle amplification (RCA), obtaining the nucleotide sequence of the whole genome of the virus, PCR and Realtime-PCR based diagnostic methods have been developed for the correct diagnosis of the GRLDaV under this study. As a result of GRLDaV's YHA, amplification was performed but no virus fragments were found. The pathogen was inoculated with Nicotiana tabacum cv Samsun and Xanthi and Chenopodium quinoa test plants, It was confirmed by PCR analysis. All genomic nucleotide information of 7,048 nt of all GRLDaV B42 isolates was obtained by combining 10 amplified genome regions with primers designed using GRLDaV genomes registered in the gene bank. It has the same genome organization as the GLRDaV isolates diagnosed in other countries and has shown a high nucleotide similarity. The primer pairs that can be used in routine diagnostics have been proposed for PCR and real-time PCR analysis.
Benzer Tezler
- Investigation on prevalence of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines in Turkey vineyards
Türkiye bağlarında asmada hastalık yapan Roditis yaprak renk değişikliği ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration associated virus)'ün yaygınlığı üzerine araştırmalar
SEDA AYDINLIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Investigation of the misfolding pathway of different prion variants via molecular dynamics simulations
Farklı prıon proteini varyantlarının yanlış katlanma mekanizmalarının moleküler dinamik simülasyonları ile araştırılması
FULYA ECEM KESKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
- Aort kapağı kan akımının katı-sıvı etkileşim yöntemiyle sayısal incelenmesi
Numerical investigation of the aortic valve blood flow using fluid-structure approach
ARMİN AMİNDARİ
Doktora
Türkçe
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADİR KIRKKÖPRÜ
- Asmada mildiyö (Plasmopara viticola) hastalığına dayanıklılık lokusları ile ilişkili snp markörlerinin belirlenmesi
Identification of snp markers associated with resistance loci to downy mildew (Plasmopara viticola) disease in grapevine
ESRA SULUHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR POLAT
- Reaktif oksijen türleri kullanılarak tıbbi ekipmanların sterilizasyonun yapılabilirliğinin araştırılması
Investigation of the feasibility of sterilization of medical equipment using reactive oxygen species
HESNA ÖZBEK ÜLKÜTAŞ ATALAY
Doktora
Türkçe
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiGazi Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNAN GÜLER