Over kanseri tümörlerinde farklılaşmış miRNA'ların valıdasyonu
Validation of altered miRNAs in ovarian cancer tumors
- Tez No: 540745
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUBA GÜNEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Over kanseri gelişmekte olan toplumlarda en ölümcül beşinci kanser türüdür. Over kanseri çeşitlerinin %90'nından fazlası epitelyal histolojiye sahiptir ve epitelyal over kanseri olarak adlandırılır. Over kanserinde sağkalım için erken teşhis önem teşkil etmektedir. 5 yıllık sağ kalım oranı erken evrede teşhis edildiğinde %90'lara ulaşmaktadır. Over kanserinin semptomlarının hafifliğinden, özgüllüğü ve hassasiyeti yüksek bir biyobelirteç eksikliğinden dolayı erken evrede teşhis koyulamamaktadır. MikroRNA'lar küçük kodlayıcı olmayan RNA ailesidir ve karsinogenez de dahil olmak üzere çok çeşitli biyolojik süreçleri düzenlemede etkilidir. Yapılan araştırmalar sonucunda over kanserinin oluşması ve ilerlemesinde mikroRNA anlatımlarının değişmesinin önemli bir katkısı olduğu vurgulanmıştır. Geniş çaplı genom analizi ile mikroRNA'ların over kanseri de dahil olmak üzere çoğu kanserde anlatımlarının değiştiği bulunmuş ve etkili bir biyobelirteç olabileceği düşünülmektedir. Tez kapsamında, aynı yaş aralığında olan epitelyal over kanseri olan 10 hastadan doku örnekleri ve kontrol grubu olarak 10 bireyden over kisti doku örnekleri toplanmış ve daha önceden mikrodizilim yöntemi ile anlatımlarının farklılaştığı tespit edilen 3 mikroRNA'nın (hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p ve hsa-mir-6737-3p) Real-Time PCR yöntemi ile validasyonu yapılmıştır. Mikrodizilim yönteminin sonuçlarına göre bu 3 mikroRNA'nın epitelyal over kanseri dokularında anlatımlarının arttığı tespit edilmiştir. Hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p ve hsa-mir-6737-3p'nin Real-Time PCR yöntemi ile validasyonu yapılıp elde edilen Ct değerlerinin“Wilcoxon test”ile biyoinformatik analizleri yapılmıştır.“Pathway studio”,“DIANA TOOLS”ve“TargetScan”veri tabanları ile aday 3 mikroRNA'nin over kanserinde hedeflediği genler tespit edilmiştir. Hsa-mir-200c-3p'nin (p=0.0273, AUC=0.83) anlatımının epitelyal over kanseri doku örneklerinde anlamlı bir şekilde arttığı bulunmuştur. Hsa-mir-4665-3p (p=0.13, AUC=0.83) ve hsa-mir-6737-3p'nin (p=0.8457, AUC=0.50) anlatım artışlarının anlamlı olmadığı tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Ovarian cancer is the fifth most fatal cancer type in developing populations. 90% of ovarian cancer varieties have epithelial histology and they are called epithelial ovarian cancer. Early diagnosis is important for survival in ovarian cancer. 5-year survival rate reaches 90% when it is diagnosed at an early stage. Early diagnosis cannot be diagnosed due to the mild symptoms of ovarian cancer and a lack of biomarker with high specificity and sensitivity. MicroRNAs are small non-coding RNA families and are effective in regulating a wide range of biological processes including carcinogenesis. As a result of the researches, it has been emphasized that the change of microRNA expressions is an important contribution to the development and progression of ovarian cancer. With the whole wide genomic analysis, microRNAs have been found to change their expression in many cancers, including ovarian cancer and it is emphasized that microRNAs may be an effective biomarker. In the thesis, tissue samples were collected from 10 patients with epithelial ovarian cancer in the same age range and ovarian cyst tissue samples were collected from 10 individuals as control group and 3 microRNAs (hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p and hsa-mir-6737-3p) that were previously determined and differentiation of their expression by microarray method were validated by Real-Time PCR method. According to the results of the microarray method, these 3 microRNAs were found to be increased in the epithelial ovarian cancer tissues. Hsa-mir-200c-3p, hsa-mir-4665-3p and hsa-mir-6737-3p were validated by Real-Time PCR method, bioinformatic analysis of obtained Ct values were done by“Wilcoxon test”. The genes targeted in ovarian cancer were determined by using“Pathway studio”,“DIANA TOOLS”and“TargetScan”databases. The expression of hsa-mir-200c-3p (p=0.0273, AUC=0.83) was found to be significantly increased in epithelial ovarian cancer tissue samples. Increase of hsa-mir-4665-3p (p=0.13, AUC=0.83) and hsa-mir-6737-3p's (p=0.8457, AUC=0.50) expression were not significant.
Benzer Tezler
- Prostat kanseri hücre modelinde IL-6 ve TNF-α´nın KLK4 geninin regülasyonu üzerine etkisi
The effect of IL-6 and TNF-α on the regulation of the KLK4 gene in prostate cancer cell models
SERHAD ONAT
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
DOÇ. DR. SÜMEYYE AYDOĞAN TÜRKOĞLU
- Epitelyal over kanserinde oksidan/antioksidan statü değişikliklerinin prognostik etmenler ile birlikte değerlendirilmesi
Assessment of oxidant/antioxidant status alterations and prognostic factors in epithelial ovarian cancer
AYDAN ÇAĞLAYAN
Doktora
Türkçe
2012
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELMA GİRAY
- Epitelyal over tümörlerinde CDK9 ekpresyonunun prognostik parametreler ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the relationship between CDK9 expression and prognostic parameters in epithelial ovarian tumours
FATİME ESEN
- Kolorektal kanserlerin primer tümör ve metastazlarındaki genomik kopya değişimleri
Genomic copy changes in primary tumors and metastases of colerectal cancer
BEHİYE KAYTAZ ŞENEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Tıbbi BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SEVİLHAN ARTAN
- Likit biyopsi ile elde edilen over kanseri kök hücrelerinde piRNA anlatım profili
piRNA expression profile in ovarian cancer stem cells obtained by liquid biopsy
ECE GÜMÜŞOĞLU ACAR
Doktora
Türkçe
2023
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL