Geri Dön

Biyoinformatik teknikleri kullanarak yeni mikro RNA'ların bulunması ve varyant analizlerinin yapılması: Citrus modeli

Discovery of novel miRNAs and their variant analysis usingbioinformatics approaches: Citrus model organism

PDF İndir

  1. Tez No: 549318
  2. Yazar: CANKUT ÇUBUK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OĞUZ DİCLE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyoteknoloji, Science and Technology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: mikro RNA, yeni nesil dizileme, biyoinformatik, micro RNA, next generation sequencing, bioinformatics
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Amaç: Bu çalışmanın hedefi mevcut YND verilerini kullanarak, biyoinformatik araçlar yardımı ile yeni miRNA'ların doğru olarak tanımlanması, tanımlanan miRNA'ların farklı türler arasındaki korunmuşluğunun incelenmesi, korunmuş miRNA'ların hedef genleri üzerindeki etkilerinin ve metabolik yolaklardaki rollerinin belirlenmesidir. Yöntem: Gerek duyulan tüm genom ve küçük RNA dizileme verileri mevcut olduğu için, Citrus (Narenciye) çalışmamızda model organizma olarak kullanıldı. Ön işlem ve filtreleme basamaklarından geçen veriler, The UEA sRNA Workbench yazılımı kullanılarak miRNA değerlendirmesine tabi tutuldu. tRNAscan-SE ve NOVOMIR yazılımları ile yanlış pozitif olarak değerlendirilen miRNA'lar çalışmadan çıkarıldı. 34 farklı Citrus türüne ait genom dizileme verileri ve TNV verileri kullanılarak, bu türler arasında ortak olan ve dizisi korunmuş miRNA'lar tespit edildi. Yeni Citrus miRNA'larının tespiti için dizisi korunmuş olan miRNA'lar, veri tabanlarından ve literatür taraması sonucunda elde edilen miRNA'lar kullanılarak filtrelendi. Korunmuş miRNA'ların hangi genlerin ifadelenme seviyesini düzenlediği ve bu hedef genler üzerindeki etkileri psRNAtarget yazılımı kullanılarak belirlendi. Korunmuş miRNA'ların metabolik yolaklardaki rollerinin incelenmesinde, hedef genler ve CitrusCyc veri tabanından elde edilen iki farklı Citrus türüne ait metabolik yolaklar kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızda toplamda 1504 miRNA tespit edildi. 270 miRNA'nın 34 farklı Citrus türleri arasında ortak ve 111 miRNA dizisinin bu türler arasında korunmuş olduğu tespit edildi. 111 miRNA'nın 36 tanesi ilk kez bu çalışma ile literatüre kazandırıldı. Başka bir araştırma grubu tarafından literatüre kazandırılan Citrus isomir'lerinin, çalışmamızın filtreleme basamaklarında elimine edildiği saptandı. Citrus türleri arasında korunmuş miRNA'ların, farklı türlerde farklı hedef genlere ve dolayısıyla da farklı metabolik mekanizmalara etki ettiği tespit edildi. Sonuç: Bir biyoinformatik uygulaması olan bu çalışmada, miRNA dizi analizine genomik veriler dahil edilerek miRNA alanındaki çalışmalara ve tanımlara farklı bir bakış açısı getirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Objective: The aim of this study is discovering of the novel micro RNAs (miRNAs) accurately through the analysis of existing NGS data with the bioinformatics methods, obtaining the conserved miRNAs with their variant analysis and identifying the impact of the miRNAs on their target genes and their roles in the metabolic pathways. Method: Since all the required data for this study such as the whole genome and sRNA sequencing were exist for Citrus species, we used it as the model organism in this work. The preprocessed and filtered data were inputed into The UEA sRNA Workbench software for miRNA identification. The identified miRNAs were controlled by tRNAscan-SE and NOVOMIR tools to detect the false positive miRNA results. The conserved miRNAs across 34 Citrus species were determined using their whole genome and single nucleotide variant (SNV) data. The conserved miRNAs were searched in the literature and databases to obtain the list of novel Citrus miRNAs which were discovered for the first time in our study. psRNAtarget web tool was used for the target gene analysis of the conserved miRNAs. To find the metabolic pathways that are regulated by the conserved miRNAs, we mapped the target genes into the metabolic pathways of two Citrus species that were available in CitrusCyc database. Results: In our study, we identified 1504 miRNAs. 270 miRNAs were found common across 34 Citrus species. Sequence of 111 out of 270 miRNAs were conserved and 36 of these conserved miRNAs were novel for Citrus. The isomirs which have been found by another research group were discarded from our study by the filtering steps applied. We found that the conserved miRNAs had different target genes in different Citrus species and these miRNAs were regulating different metabolic pathways through their target genes. Conclusion: In this bioinformatics based study, we integrated the different types of data from varied sources using the bioinformatics algorithms. By using the genomics data in our study, we add a distinctive frame to miRNA research studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    346632

    Koyun (Ovis aries) genomunda mikroRNA analizleri

    MicroRNA analysis from sheep (Ovis aries) genome

    GÖKÇE KOBAZİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEMAL ÜN

  2. Tez No

    768224

    Determination of possible marker miRNA candidates in human colon cancer with bioinformatic analysis methods and investigation of target genes in colon cancer cell lines

    Biyoinformatik analiz yöntemleriyle insan kolon kanserinde olası belirteç miRNA adaylarının belirlenmesi ve hedef genlerin kolon kanseri hücre hatlarında araştırılması

    SARAH AHMED TULFAH

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM YILDIRIM

    DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN TELKOPARAN AKILLILAR

  3. Tez No

    694049

    Comparative analysis of the molecular mechanisms of brain regeneration and glioma using zebrafish model to develop therapeutic approaches for gliomas

    Beyin rejenerasyonu ve glioma moleküler mekanizmalarının zebrabalığı modeli kullanılarak gliomalarda terapötik yaklaşımlar geliştirilmesi için karşılaştırmalı olarak analizi

    YELİZ DEMİRCİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN

  4. Tez No

    847092

    Proteinlerin subselüler yerleşimlerinin görüntü, sekans ve interaktom verisi tabanlı tahmini

    Image, sequence and interactome based prediction of subcellular localization of proteins

    ECEM KUŞCUOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoistatistikHacettepe Üniversitesi

    Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUNCA DOĞAN

  5. Tez No

    310529

    Constructing peptide (GEPI)-protein molecular hybrids by using genetic engineering methods for materials and medical applications.

    Malzeme ve medikal uygulamalar için gen mühendisliği yoluyla peptid (GEPI)-protein hibritlerin oluşması.

    DENİZ ŞAHİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANDAN TAMERLER

    PROF. DR. MEHMET SARIKAYA

Geri Dön