Kabakta (Cucurbita pepo L.) yeni SSR ve SNP markörlerinin geliştirilmesi ve fonksiyonel anotasyonu
Development and functional annotation of novel SSR and SNP markers in pumpkin (Cucurbita pepo L.)
- Tez No: 571491
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET KAYRALDIZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ TEVFİK UNCU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 150
Özet
Cucurbita pepo L., Cucurbita cinsine ait kültüre alınmış bir bitkidir. C. pepo, iyi bilinen, ekonomik değeri yüksek bir bitki türü olmasına rağmen moleküler genetik ve genomik çalışmalar açısından diğer birçok zirai öneme sahip bitki türüne göre çok az sayıdadır. Dizileyerek genotipleme gibi DNA dizileme teknolojilerinde son zamanlarda ortaya çıkan gelişmeler, yeni bilimsel araştırmalar alanlarına bakış açısının değişmesini desteklemektedir. Bu çalışma kapsamında, C. pepo genomu yeni moleküler markörlerin geliştirilmesi için kullanılmıştır. Bu amaç doğrultusunda, kabak genom sekansı biyoinformatik araçlar kullanılarak yeni SSR markörleri geliştirmek üzere taranmıştır. Çalışmada kabağın 20 kromozomunu kapsayacak şekilde 52303 SSR (Basit Dizi Tekrarı) markörü geliştirilmiştir. Bu markörlerden 34 adeti rastgele seçilerek 39 adet kabak genotipinde genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısı analizleri gerçekleştirilmiş, amplifikasyon verimi değerlendirilmiş ve polimorfik bilgi kapasitesi belirlenmiştir. Aynı zamanda çalışma kapsamında, 39 adet kabak genotipinde GBS (Dizileyerek Genotipleme) yöntemi uygulanmış, GBS analizleri sonucunda 4298 adet C. pepo genomuna spesifik SNP (Tek Nükleotid Polimorfizm) markörü geliştirilmiştir. C. pepo türünde çalışma kapsamında geliştirilen markörlerin transfer edilebilme potansiyeli Cucurbitaceae familyasında yer alan ve C. pepo türüne yakın akraba olan üç türün genomunda araştırılmıştır. Yeni geliştirilen ve transfer edilebilen tüm markörlerin gen ontolojisi incelenmiş ve olası fonksiyonel anotasyonları belirlenmiştir. Çalışma sonuçları, Cucurbita genomiğinde agronomik ve ekonomik özellikler bakımından üstün Cucurbita çeşitlerinin moleküler ıslahında kullanılacak önemli moleküler genetik araçları oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Cucurbita pepo L. is a cultivated member of the genus Cucurbita. C. pepo is a widely recognized and economically important plant species. However, molecular genetic and genomic studies in C. pepo are relatively limited compared to other agriculturally important plant species. Recent developments in next generation DNA sequencing promote novel research perspectives in life sciences. In this study, C. pepo genome was examined for the development of new molecular marker sets. For this purpose, zucchini genome sequence was searched by bioinformatic tools for the development of new SSR (Simple Sequence Repetitions) markers. In the course of the study, 52303 genome-specific SSR markers covering the 20 chromosomes of C. pepo were developed. Out of these 52303 SSR markers, 34 were randomly selected and applied on a set of 39 pumpkin genotypes in order to analyze the genetic diversity and population structure. In addition, amplification efficiency of the marker set was evaluated and polymorphism information capacity was determined. Moreover, 39 C.pepo genotypes were sequenced using the GBS (Genotyping by Sequencing) approach and resulted in the identification of 4298 new C.pepo specific SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers. The transfer ability potential of the newly developed markers was searched in the genomes of three closely related Cucurbita species. The newly developed and transferable molecular markers were also analyzed for functional annotations. The outcomes of the present study constitute important molecular genetic tools to be utilized in Cucurbita genomics as well as in molecular breeding of superior Cucurbita varieties with desirable agronomic and economic traits.
Benzer Tezler
- Çerezlik kabakta (Cucurbita pepo L.) kurağa tolerant genotiplerin fizyolojik ve agronomik yöntemlerle araştırılması
Determination of tolerant genotypes by using physiological and agronomical methods in edible pumpkin (Cucurbita pepo L.)
MUSA SEYMEN
- Kabakta (Cucurbita pepo L.) haploid embriyo uyartımı ve bitki oluşturma üzerinde araştırmalar
Researches on haploid embryo induction and plant obtention in squash (Cucurbita pepo L.)
ERTAN SAİT KURTAR
- Kabakta (Cucurbita pepo L.) in vitro bitki rejenerasyon protokolünün optimizasyonu
Optimization of in vitro plant regeneration protocol in pumpkin seed plants (Cucurbita pepo L.)
AHMET SAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatErciyes ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Kabakta (Cucurbita pepo L.) tuz stresine toleransın belirlenmesinde antioksidant enzim aktivitelerinin in vitro ve in vivo olarak incelenmesi
Investigetion of some antioxidant enzyme aktivities in sguash genotypes under salt stress in terms of in vitro and in vivo
ŞENAY SEVENGÖR TEPE
Doktora
Türkçe
2010
ZiraatAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEBNEM ELLİALTIOĞLU
- Yazlık kabakta (Cucurbita pepo L.) ovaryum kültürü yoluyla haploid bitki elde edilmesi
Obtention of haploid plant with ovarium culture in summer squash (Cucurbita pepo L.)
ÖZGÜL ERGİN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÜLAT ÇAĞLAR