Saccharomyces cerevisiae maya türünde farklı kromatin modülatörlerinin NTH1 ve TPS1 gen ekspresyonuna etkilerinin analizi
Analysis of the effects of distinct chromatin modulators on NTH1 and TPS1 gene expression in yeast Saccharomyces cerevisiae
- Tez No: 597419
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TÜLAY TURGUT GENÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
İndirgenmeyen bir disakkarit olan trehaloz, Saccharomyces cerevisiae maya türünde enerji ve karbon kaynağı olarak kullanılır. Trehalozun strese karşı koruyucu rolü de vardır. Trehalozun sentezi trehaloz sentaz enzim kompleksi (TPS kompleksi) ile, degredasyonu ise NTH1 geni tarafından kodlanan nötral trehalaz enzimi ile gerçekleşir. TPS kompleksinin katalitik alt birimlerinden trehaloz-6-fosfat sentetaz enzimi TPS1 geni tarafından kodlanır. TPS1 ve NTH1 genlerinin promotör bölgelerinde strese yanıt sırasında Msn2/4p transkripsiyon faktörlerinin bağlanması için gerekli olan STRE dizileri bulunur. Transkripsiyonel regülasyonda kromatin yapısını yeniden düzenleyen kompleksler bulunur. Bu kompleksler nükleozomlar üzerinde modifikasyonlara yol açarak transkripsiyon faktörlerinin bağlanmasına olanak sağlar. Yapılan biyoinformatik çalışmalar sonucunda NTH1 ve TPS1 promotörleri üzerinde transkripsiyon faktörlerinin bağlandığı bölgelerde dört adet nükleozom bulunduğu tespit edildi. Bu çalışmanın amacı, transkripsiyonel regülasyonda görevli olan kromatin yeniden modelleyici komplekslerden SWI/SNF, SWR1 ve SAGA komplekslerinin, NTH1 ve TPS1 gen ekspresyonu üzerine etkisinin saptanmasıdır. Bu amaçla TPS1-LacZ ve NTH1-LacZ gen füzyonlarını içeren plazmidler, Δswr1, Δspt7, Δsnf2 maya suşları ile yaban tip maya suşuna transforme edilerek hücrelerin beta galaktozidaz enzim aktivitesi ve hücre içi trehaloz miktarı belirlendi. Normal koşullarda yaban tip maya suşu ile karşılaştırıldığında, Δspt7 maya suşunun NTH1 gen ekspresyonunda anlamlı bir farklılık gözlenmezken, TPS1 gen ekspresyonunda 5 katlık bir artış gözlendi. Aynı koşullarda yaban tip maya suşu ile karşılaştırıldığında Δsnf2 maya suşunun TPS1 gen ekspresyonunda anlamlı bir farklılık gözlenmezken, NTH1 gen ekspresyonunda 3 katlık bir artış gözlendi. Normal koşullarda Δswr1 maya suşu yaban tip maya suşu ile karşılaştırıldığında ise NTH1 gen ekspresyonunda anlamlı bir farklılık gözlenmezken, TPS1 gen ekspresyonunda ise 2 katlık bir düşme gözlendi. Sonuç olarak TPS1 geninin transkripsiyonel baskılanmasında SAGA kompleksi, aktivasyonunda SWR1 kompleksi görev almaktadır. SWI/SNF kompleksi ise NTH1 geninin transkripsiyonel baskılanmasında rol oynarken TPS1 geni üzerinde etkisi bulunmamaktadır.
Özet (Çeviri)
Trehalose, a non-reducing disaccharide, is used as a source of energy and carbon in budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Trehalose also has a protective role against stress. Trehalose synthesis is performed by trehalose synthase enzyme complex (TPS complex), whereas degredation of trehalose is performed by neutral trehalase enzyme which encoded by NTH1 gene. The trehalose-6-phosphate synthetase enzyme from the catalytic subunits of the TPS complex is encoded by the TPS1 gene. In the promoter regions of TPS1 and NTH1 genes, there are STRE sequences that are required for binding of the Msn2p/4p transcription factors during response to stress. In transcriptional regulation there are complexes that remodel the chromatin structure. These complexes provide modifications on the nucleosomes, allowing the binding of transcription factors. As a result of bioinformatics studies, four nucleosomes were found on the NTH1 and TPS1 promoters with the regions where the transcription factors were bound. The aim of this study was to determine whether the SWI/SNF, SWR1 and SAGA complexes from the chromatin remodeling complexes involved in transcriptional regulation affect on the NTH1 and TPS1 gene expression. For this purpose, plasmids containing TPS1-LacZ and NTH1-LacZ gene fusions were transformed into wild type yeast strain and Δswr1, Δspt7, Δsnf2 yeast strains and beta galactosidase enzyme activity and intracellular trehalose were determined. Under non-stress conditions, there was no significant difference in NTH1 gene expression of Δspt7 yeast strain, while a 5-fold increase in TPS1 gene expression was observed. There was no significant difference in TPS1 gene expression of Δsnf2 yeast strain compared to wild type yeast strain, whereas 3-fold increase in NTH1 gene expression, was observed. Under non-stress conditions, there was no significant difference in NTH1 gene expression of Δswr1 yeast strain compared to wild type yeast strain, whereas a 2-fold decrease in TPS1 gene expression was observed. As a result, the SAGA complex is involved in the repression of the TPS1 gene, while the SWR1 complex is involved in the activation of the TPS1 gene. The SWI/SNF complex plays a role in transcriptional repression of the NTH1 gene and has no effect on the TPS1 gene.
Benzer Tezler
- Saccharomyces cerevisiae maya türünde NRG1 proteininin NTH1 gen ekspresyonuna etkisinin belirlenmesi
The effect of NRG1 protein on NTH1 gene expression in yeast Saccharomyces cerevisiae
GAMZE DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TÜLAY TURGUT GENÇ
- Saccharomyces cerevisiae maya türünde TEC1 transkripsiyon faktörünün NTH1 gen ekspresyonuna etkisinin analizi
Analysis of the effect of TEC1 transcription factor on NTH1 gene expression of yeast Saccharomyces cerevisiae
SELEN ÇAKAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TÜLAY TURGUT GENÇ
- Saccharomyces cerevisiae maya türünde SIR2 histon deasetilaz geninin NTH1 ve TPS1 gen ekspresyonlarına etkisi
The effects of SIR2 histon deasetylase gene on NTH1 and TPS1 gene expressions in yeast Saccharomyces cerevisiae
ÇAĞLA ÇAKALOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TÜLAY TURGUT GENÇ
- Saccharomyces cereveisiae maya türünde GIS1 transkripsiyon faktörünün NTH1 gen ekspresyonuna etkisinin analizi
Analysis of the effect of GIS1 transcription factor on NTH1 gene expression in yeast saccharomyces cerevisiae
BURAK SERVİLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TÜLAY TURGUT GENÇ
- Determination of invertase enzyme activity and related gene control depending on the stress conditions in different yeast species
Farklı maya türlerinde stres koşullarında invertaz enzim aktivitesi ve ilgili gen kontrollerinin belirlenmesi
HANDE KEÇECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. TÜLAY TURGUT GENÇ