Geri Dön

Cloning, expression and characterization of the niger XYNB gene

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 600779
  2. Yazar: KÜBRA BAYRAK
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK, DOÇ. DR. SEVNUR MANDACI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 104

Özet

Aspergillus niger bitkisel kaynaklı ksilanları degrede etmeye yarayan ksilanazları hücre dışına salgılamaktadır. Çeşitli endüstriyel uygulamalarda kullanılan ksilanazlar, en çok mikroorganizmalar tarafından ve yine mikroorganizma kaynaklı ksilanaz genlerinin aktarıldığı suşlar kullanılarak üretilebilmektedir. Rekombinant yöntemlerle elde edilmiş suşlar ve enzimleri günümüzde tercih edilmektedir. Bu çalışmada, TÜBİTAK MAM kültür koleksiyonuna ait Aspergillus niger MRC200803 kodlu suştan, fonksiyonel ksilanaz B enzimini kodlayan xynB geni (UNENxynB2) homolog ve heterolog konakçı mikroorganizmalara aktarılmıştır. UNENxynB2 geni, kendi sinyali ile ve glaA promotoru kontrolünde, homolog olarak Aspergillus niger N593 suşu kromozomuna entegre edilmiştir. Üridin eklenmemiş ortamda seçilmiş toplam 17 transformantın 15'inin PCR pozitif olduğu tespit edilmiştir. UNENxynB2, AOX1 promotoru kontrolünde Pichia pastoris'e ait PHO1 ve S. cerevisiae'ye ait α-faktör sinyal peptitleri ile heterolog olarak P. pastoris'e aktarılmıştır. His+ aday transformantlarının 84 tanesi PCR ile kontrol edilmiştir. 10 tane aday klonun xynB2 pozitif olduğu tespit edilmiştir. UNENxynB2 ekspresyonu, %0,5 metanol indüklemesi ile erlen kültürü yapılarak incelenmiştir. Çalışma sonucunda UNENxynB2 geninin ürünü olan ksilanaz B enzimi, P. pastoris konakçısında PHO1 sekresyon sinyali ile hücre dışına salınmıştır. GH10S-6 klonunda ekspresyona bağlı aktivite, buğday arabinoksilanı substrat olarak kullanıldığında 48. saatte 2 U/ml olarak ölçülmüştür. Erlen kültüründe sınırlı miktarda enzim salınmış ve ölçülen aktivitenin hızla düştüğü görülmüştür. P. pastoris'te ifadesi sağlanmış ham ksilanazın pH 5 ve 50 °C sıcaklıkta optimum aktivite gösterdiği belirlenmiştir. Enzimin 50 °C'de 30 dakika inkübasyon sonunda aktivitesinin yalnızca %6'sı kalmaktadır. P. pastoris GS115'te ifade edilmiş olan UNENxynB2 geninin anlatımından elde edilen rekombinant ksilanaz enziminin fermentör boyutunda üretim çalışmalarına başlanması için yeterli verimlilikte olmadığı anlaşılmıştır.

Özet (Çeviri)

Aspergillus niger secretes xylanases, and degrade xylans of plant origin, outside the cell. Xylanases used in various industrial applications can be produced mostly by microorganisms and also by using strains from which microorganism-derived xylanase genes are transmitted. Strains and enzymes obtained by recombinant methods are currently preferred. In this study, xynB gene (UNENxynB2) encoding functional xylanase B enzyme was transferred from A.niger MRC200803 strain belonging to TUBITAK MRC fungal collection to homologous and heterologous host microorganisms. The UNENxynB2 gene is homologously integrated into the A.niger N593 chromosome under its own signal and control of the glaA promoter. 15 out of total of 17 transformants selected in uridine-free medium were found to be PCR positive. UNENxynB2 was heterologously transferred to P pastoris with the P.pastoris PHO1 and S.cerevisiae α-factor signal peptides under the control of the AOX1 promoter. 84 of His+ candidate transformants were controlled by PCR. 10 candidate clones were identified as xynB2 positive. UNENxynB2 expression was examined by flask culture with 0.5% methanol induction. At the end of the study, xylanase B enzyme was released extracellularly by PHO1 secretion signal in P.pastoris host. Expression-dependent activity in clone GH10S-6 was measured at 2U/ml at 48h when wheat arabinoxylan was used as substrate. Limited amount of enzyme was released in flask culture and it was observed that measured activity decreased rapidly. Crude xylanase expressed in P.pastoris was found to have optimum activity at pH pH:5 and 50°C. After 30 minutes of incubation at 50°C, the enzyme retains only 6% of its activity. It was found that the recombinant xylanase enzyme obtained from the expression of UNENxynB2 gene expressed in P.pastoris GS115 was not efficient enough to start production studies in fermenter size.

Benzer Tezler

  1. Endüstriyel kullanım amaçlı A. niger βeta glukanaz enzimininE. coli 'de üretilmesi, saflaştırılması ve karakterizasyonu

    Ekspression, prufication and characterization of recombinant A. niger beta glucanase enzyme for industrial using

    İSKENDER ŞAHİNGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyomühendislikTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. İSA GÖKÇE

  2. Investigations on the n-linked glycosylation of the Aspergillus niger lipase in pichia pastoris

    Aspergillus niger lipaz'in Pichia pastoris'deki n-bağlı glikozilasyon ile ilgili araştırma

    SERKAN SIRLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. OSMAN UĞUR SEZERMAN

  3. Farklı yöntemlerle kitosan eldesi ve karakterizasyonu

    Synthesis and characterization of chitosan by different methods

    İLKAY KOÇER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Kimya MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜLYA YAVUZ ERSAN

    YRD. DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR

  4. Taenia multiceps HSP70 geninin klonlanması, ekspresyonu, rekombinant proteinin karakterizasyonu ve test kiti özelliğinin araştırılması

    Cloning, expression and characterization of the taenia multiceps HSP70 gene and investigation of the test kit properties

    ŞEYMA GÜNYAKTI KILINÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ParazitolojiFırat Üniversitesi

    Parazitoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAMİ ŞİMŞEK

  5. Anoxybacillus gonensis G2 bakterisinin alüminyuma dirençlilik geninin belirlenmesi, ekspresyonu ve karakterizasyonu

    Cloning, expression and characterization of the aluminium resistance gene of Anoxybacillus gonensis G2

    FATİH ŞABAN BERİŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ