Hacıhaliloğlu kayısı (Prunus armeniaca) çeşidinde transkriptom analizi
Transcriptome analysis of apricot (Prunus armeniaca) varriety 'Hacıhaliloğlu'
- Tez No: 606811
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Kayısı (Prunus armeniaca), Transkriptom Analizi, RNA-seq, Apricot (Prunus armeniaca), Transcriptome analysis, RNA-seq
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
HACIHALİLOĞLU KAYISI (Prunus armeniaca) ÇEŞİDİNDE TRANSKRİPTOM ANALİZİ Onur CANBULAT Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2019 Danışman: Doç. Dr. Kahraman GÜRCAN ÖZET Kayısı (Prunus armeniaca) başta olmak üzere sert çekirdekli meyveler ulusal ekonomimizde önemli yere sahiptir. Ülkemiz özellikle dünya kurutmalık kayısı pazarında lider konumdadır. Kayısıda genetik, genomik ve transkriptom çalışmaları son yıllarda giderek artmıştır. Bu çalışmada 'Hacıhaliloğlu' kayısı çeşidin de, genç meyve, yaprak, çiçek, kök ve kotiledon dokularında transkriptom profili oluşturulmuştur. Illumina Novaseq6000 sistemi ile 100 bazlık çift-uçlu (pair-end) okumalar üretilmiş, her bir örnek için 40 milyon temiz okuma elde edilmiştir. Okumalar NCBI veri tabanın da kayıtlı şeftali (Prunus_persica_NCBIv2) referans genomuna eşleştirilmiş, trankriptler elde edilmiştir. Toplam 26.358 unigen tespit edilmiştir. Doku spesifik ve ortak olarak ifade edilen genler belirlenmiş ve gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Elde edilen transkriptom analiz sonuçlarının, kayısı ıslah ve genetik çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF APRICOT (Prunus armeniaca) VARRIETY“HACIHALİLOĞLU”Onur CANBULAT Erciyes University, Institute of Science M.Sc. Thesis, June 2019 Adviser: Doç. Dr. Kahraman GÜRCAN ABSTRACT Apricot (Prunus armeniaca) and other stone fruits are important in Turkish national economy. Turkey is especially the leader in the world dried apricot production. Genetic, genomic and transcriptome studies in apricot have increased in recent years. In this study, transcriptome profile of immature fruit, leaf, flower, root and cotyledon tissues of 'Hacıhaliloğlu' apricot cultivar were produced. Illumina Novaseq6000 system was used to obtain 40 million 100-base pair-end readings for each sample. The readings are mapped to the reference genome of Peach (Prunus_persica_NCBIv2) deposited in the NCBI to determine the transcript. A total of 26,358 unigene were detected. Tissue specific and co-expressed genes were identified. Gene expression levels at five tissues were compared. The results of transcriptome analysis will contribute to the apricot breeding and genetics.
Benzer Tezler
- Hacıhaliloğlu kayısı çeşidi genomunun de novo dizilenmesi ve anotasyonu
Whole genome de novo sequencing and annotation of apricot variety Hacıhaliloğlu
SAFFET TEBER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Farklı kayısı genomlarını (Hacıhaliloğlu, stark early orange, zard, ordubatbenzeri) karşılaştırarak polimorfik ssr ve snp lokusların tespit edilmesi
Determination of polymorphic ssr and snp locations by comparing different apricot genomes (Hacihaliloğlu, stark early orange, zard, ordubatbenzeri̇)
NECATİ ÇETİNSAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Hacıhaliloğlu kayısı çeşidinde dönemsel su stresi ve gübre uygulamalarının vegetatif ve generatif gelişime etkisi
The effect of periodic water stress and fertilizer applications on vegetati̇ve and generati̇ve evolution in Hacihaliloglu apricot variety
AHMET KAVMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatMalatya Turgut Özal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGÜN DOĞAN
- İn vitro koşullar altında bazı kayısı (Prunus armeniaca L.) çeşitlerinden elde edilen olgun embriyolardan bitki rejenerasyonu
In vitro plant regeneration from embrios of some apricot (Prunus armeniaca L.) varieties
HİLAL ERTURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
ZiraatAtatürk ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET EŞİTKEN
- Bazı kayısı çeşitlerinin farklı kanser hücrelerinde endoplazmik retikulum stresi üzerindeki etkinliğinin araştırılması
The effectiveness investigation of some apricot cultivars on endoplasmic reticulum stress in different cancer cells
CANBOLAT GÜRSES