Prostat kanseri ile ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi: Biyoinformatik araçlar ve veritabanları
Investigation of genes associated with prostate cancer bynext generation sequencing: Bioinformatics tools anddatabases
- Tez No: 608010
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Prostat kanseri, yüksek mortalite ve morbidite ile ilişkili yaygın bir hastalıktır. Yüksek insidansa rağmen hastalığın oluşumundaki moleküler ve genetik olaylar tam olarak aydınlatılamamıştır. Yeni nesil dizileme, kanserin moleküler patogenezi hakkında yeni bilgiler sunmaktadır. Çalışmamızda, literatürde prostat kanseri ile ilişkilendirilmiş genlerden bir panel oluşturup, tüm ekzon, ekzon-intron bağlantı noktaları taranarak; SNP, mutasyon, küçük insersiyon ve delesyonların biyoinformatik veritabanları yardımı ile anlamlandırılması hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda; prostat kanseri tanısı almış 21 olgu çalışmaya dahil edilmiş olup, hastalık ile ilişkilendirilen 39 genin tüm ekzon bölgeleri ve ekzonintron bağlantı noktaları prob tabanlı kit kullanılarak yeni nesil dizileme platformu Illumina MiSeq ile dizilenmiştir. Saptanan yeni mutasyonlar Sanger dizileme yöntemi ile doğrulanmıştır. Elde edilen veriler elektronik veritabanları kullanılarak değerlendirilmiştir. Yapılan çoklu gen paneli dizilemesi sonucunda; AR (c.1174C>T), AR (c.1406_1420del), BRIP1 (c.139C>G), ELAC2 (c.1621G>A), FANCA (c.2574C>G) genlerinde Clinvar veritabanı girdilerine göre patojenik mutasyon; APC (c.497C>G), APC (c.3887C>A), BRCA2 (c.2918C>G), CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15delAGACCinsGGACT) genlerinde ise yeni mutasyonlar tespit edilmiştir. Ayrıca klinik önemi bilinmeyen (VUS) ve veritabanlarında çok düşük frekansa sahip olan varyantlar da tespit edilmiştir. Elde ettiğimiz bulgular; Türk toplumunda prostat kanserinin genetik patogenezinin anlaşılmasında, mutasyon sıklıklarının belirlenmesinde, genotipfenotip korelasyonlarının ortaya konulmasında önemli rol oynamaktadır.
Özet (Çeviri)
Prostate cancer is a common disease associated with high mortality and morbidity. Despite the high incidence, the molecular and genetic phenomena of the disease have not been fully elucidated. Next generation sequencing provides new information about the molecular pathogenesis of cancer. In our study, by creating a panel of genes associated with prostate cancer in the literature, all exon, exon-intron junctions were scanned; SNP, mutation, small insertions and deletions are aimed to be interpreted with the help of bioinformatics databases. In accordance with this purpose; 21 patients diagnosed with prostate cancer were included in the study. All exon regions and exon-intron junctions of 39 genes associated with the disease were sequenced with the next generation sequencing platform“Illumina MiSeq”using a probe-based kit. The new mutations detected were confirmed by Sanger sequencing method. The data obtained were evaluated using electronic databases. As a result of multiple gene panel sequencing; pathogenic mutation according to Clinvar database entries found in AR (c.1406_1420del), AR (c.1174C>T) BRIP1 (c.139C> G), ELAC2 (c.1621G> A), FANCA (c.2574C> G) genes; new mutations have been identified in APC (c.497C> G), APC (c.3887C>A) BRCA2 (c.2918C> G), CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15del AGACCinsGGACT) genes. Additionally, variants with unknown clinical significance (VUS) and very low frequency in the databases were also detected. Our findings; It plays an important role in understanding the genetic pathogenesis of prostate cancer in Turkish population, determining mutation frequencies in population and revealing genotype-phenotype correlations.
Benzer Tezler
- Prostat kanserinde rol oynayan potansiyel mrna:mirna:lncrna' ların etkileşim ağının biyoinformatik analizler ile belirlenmesi
Identification of potential mrnas:mirnas:lncrnas network involved in prostate cancer by bioinformatics analysis
ÇAĞDAŞ AKTAN
Doktora
Türkçe
2023
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
- Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells
Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi
ECE GİZEM POLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA
- Prostat kanseri hücrelerinde resveratrol analoğunun anti-kanser etkinliğinin in vitro değerlendirilmesi
Evaluation of anti-cancer efficiency of resveratrol analogue on prostate cancer cells in vitro
BESRA ÖZMEN YELKEN
- Identification of drug targets towards prostate cancer
Prostat kanserine yönelik ilaç hedeflerinin tanımlanması
ELİF ESVAP
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Farklı kanser türlerine ait rnaseq verilerinde intron tutulumunun tespiti ve sınıflandırılmasında biyoinformatik yaklaşımların değerlendirilmesi
Evaluation of bioinformatic approaches in detection and classification of intron retention in rnaseq data of different cancer types
ESMA GAMZE AKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoistatistikErciyes ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKMEN ZARARSIZ
DOÇ. DR. VAHAP ELDEM