Prostat kanseri ile ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi: Biyoinformatik araçlar ve veritabanları
Investigation of genes associated with prostate cancer bynext generation sequencing: Bioinformatics tools anddatabases
- Tez No: 608010
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyomühendislik, Genetics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Prostat kanseri, yüksek mortalite ve morbidite ile ilişkili yaygın bir hastalıktır. Yüksek insidansa rağmen hastalığın oluşumundaki moleküler ve genetik olaylar tam olarak aydınlatılamamıştır. Yeni nesil dizileme, kanserin moleküler patogenezi hakkında yeni bilgiler sunmaktadır. Çalışmamızda, literatürde prostat kanseri ile ilişkilendirilmiş genlerden bir panel oluşturup, tüm ekzon, ekzon-intron bağlantı noktaları taranarak; SNP, mutasyon, küçük insersiyon ve delesyonların biyoinformatik veritabanları yardımı ile anlamlandırılması hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda; prostat kanseri tanısı almış 21 olgu çalışmaya dahil edilmiş olup, hastalık ile ilişkilendirilen 39 genin tüm ekzon bölgeleri ve ekzonintron bağlantı noktaları prob tabanlı kit kullanılarak yeni nesil dizileme platformu Illumina MiSeq ile dizilenmiştir. Saptanan yeni mutasyonlar Sanger dizileme yöntemi ile doğrulanmıştır. Elde edilen veriler elektronik veritabanları kullanılarak değerlendirilmiştir. Yapılan çoklu gen paneli dizilemesi sonucunda; AR (c.1174C>T), AR (c.1406_1420del), BRIP1 (c.139C>G), ELAC2 (c.1621G>A), FANCA (c.2574C>G) genlerinde Clinvar veritabanı girdilerine göre patojenik mutasyon; APC (c.497C>G), APC (c.3887C>A), BRCA2 (c.2918C>G), CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15delAGACCinsGGACT) genlerinde ise yeni mutasyonlar tespit edilmiştir. Ayrıca klinik önemi bilinmeyen (VUS) ve veritabanlarında çok düşük frekansa sahip olan varyantlar da tespit edilmiştir. Elde ettiğimiz bulgular; Türk toplumunda prostat kanserinin genetik patogenezinin anlaşılmasında, mutasyon sıklıklarının belirlenmesinde, genotipfenotip korelasyonlarının ortaya konulmasında önemli rol oynamaktadır.
Özet (Çeviri)
Prostate cancer is a common disease associated with high mortality and morbidity. Despite the high incidence, the molecular and genetic phenomena of the disease have not been fully elucidated. Next generation sequencing provides new information about the molecular pathogenesis of cancer. In our study, by creating a panel of genes associated with prostate cancer in the literature, all exon, exon-intron junctions were scanned; SNP, mutation, small insertions and deletions are aimed to be interpreted with the help of bioinformatics databases. In accordance with this purpose; 21 patients diagnosed with prostate cancer were included in the study. All exon regions and exon-intron junctions of 39 genes associated with the disease were sequenced with the next generation sequencing platform“Illumina MiSeq”using a probe-based kit. The new mutations detected were confirmed by Sanger sequencing method. The data obtained were evaluated using electronic databases. As a result of multiple gene panel sequencing; pathogenic mutation according to Clinvar database entries found in AR (c.1406_1420del), AR (c.1174C>T) BRIP1 (c.139C> G), ELAC2 (c.1621G> A), FANCA (c.2574C> G) genes; new mutations have been identified in APC (c.497C> G), APC (c.3887C>A) BRCA2 (c.2918C> G), CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15del AGACCinsGGACT) genes. Additionally, variants with unknown clinical significance (VUS) and very low frequency in the databases were also detected. Our findings; It plays an important role in understanding the genetic pathogenesis of prostate cancer in Turkish population, determining mutation frequencies in population and revealing genotype-phenotype correlations.
Benzer Tezler
- Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması
Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method
CANSU ÖĞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİ ÇİNE
- Testosteron dihidrotestosteron ve östrojenin benign prostat hiperplazisindeki etyolojik rolleri
The roles of testosterone, dihydrotestosterone and estradiole on the etiology of benign prostatic hyperplasia
HALUK TOKUÇOĞLU
- Subrapubik transvezikal prostatektomi ile transüretral prostat rezeksiyonunun karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ORHAN YALÇIN
- Zonguldak taşkömür havzasındaki ani gaz ve kömür püskürmesi olaylarının incelenmesi ve olaya eğilimli zonların belirlenebilirliğinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
GÜNDÜZ ÖKTEN
Doktora
Türkçe
1983
Maden Mühendisliği ve Madencilikİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF. DR. SENAİ SALTOĞLU