Use of an intronic polyadenylation site in breast cancers
Bir intronik poliadenilasyon bölgesinin meme kanserlerinde kullanımı
- Tez No: 609607
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Alternatif poliadenilasyon 3'UTR uzunluğunu ve/veya sekansını etkileyen önemli bir mRNA işleme mekanizmasıdır. 3'UTR'deki bu değişimler mRNA stabilitesi, lokasyonu ve translasyonel verimliliği üzerinde önemli ölçüde etkilidir. Alternatif poliadenilasyon tiplerinden biri olan intronik poliadenilasyon (İPA), 3'UTR yerine intronik poli(A) bölgelerinde gerçekleşmektedir. Son bulgular, insan genlerinin yaklaşık 20%'sinin en az bir intronda poli(A) bölgesinin bulunduğunu, hatta bazı intronların birden çok poli(A) bölgesi içerdiğini göstermiştir. İntronik poliadenilasyonun üzerine yoğunlaşılmasının başlıca nedeni, farklı İPA izoformlarının oluşmasının hem protein ekspresyonunu hem de fonksiyonunu etkileyebilecek potansiyelinin olmasıdır. Bu araştırmada, östrojen reseptör pozitif (ER+) meme kanseri hücrelerinde, in vitro ve in siliko yöntemlerle EIF2B3 geninin intronik poli(A) bölgesinin östrojene bağlı kullanımı üzerine çalışılmıştır. Söz konusu intronik izoformun ekspresyonu MCF7 ER+ meme kanseri hücresinde, diğer meme kanseri hücrelerinde ve hasta örneklerinde gösterilmiştir. Ayrıca, bu intronik poli(A) bölgesinin kullanımı 3'RACE, klonlama ve sekanslama çalışmaları ile de desteklenmiş olup, EIF2B3 intronik izoformun bir protein ifadesinin olduğu da ortaya çıkarılmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada, EIF2B3 geninin intronik poli(A) bölgesinin meme kanseri hücrelerinde kullanıldığı in siliko olarak öngörülmüş ve bunu doğrulayan in vitro bulgular da sunulmuştur. İleride yapılması planlanan deneyler de, söz konusu genin intronik poli(A) bölgesi seçiliminin hücredeki sonuçlarını gösterecek ve kanser hücrelerindeki buna benzer intronik poliadenilasyon olaylarının kavranmasına ışık tutacaktır.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation is an important mRNA processing step in which the length and/or the sequence of 3'UTR of mRNAs are altered. This change in 3'UTRs may have significant effects on mRNA stability, localization and translational efficiency. One of the APA types, called intronic polyadenylation (IPA), occurs on intronic sites rather than 3'UTRs. Recent evidence shows that almost 20% of human genes have a poly(A) site in at least one intron. In fact, some introns even may have more than one poly(A) site. Since generation of IPA isoforms could potentially have serious consequences on both protein levels and function, the significance of intronic APA and its occurrence is of interest. Here, we describe such an IPA site in a eukaryotic initiation factor 2B-3 (EIF2B3). Using in silico, and in vitro tools, we studied this IPA site usage in response to estrogen in ER+ breast cancer cells. We confirmed expression of EIF2B3 IPA isoform in MCF7, ER+ breast cancer cells, as well as other breast cancer cell lines and patient samples. We confirmed the usage of this intronic poly(A) site by 3'RACE, cloning and sequencing. Moreover, we showed the expression of a protein from this IPA isoform. Overall, we provide confirmatory data on an in-silico prediction of an IPA case in breast cancers. Future experiments will show the consequence of this IPA event and provide insight into similar IPA events that may happen in cancer cells.
Benzer Tezler
- Identification and characterization of an intronic transcript for IGFBP4
IGFBP4 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi
UTKU CEM YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Farklılaşmış PANC-1 hücrelerinde INSIG1 geninin incelenmesi
Investigation of INSIG1 gene in differentiated panc-1 cells
MERYEM SEMA AYAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FEYZA NUR TUNCER
- İnsan embriyonik böbrek hücrelerinden kodon optimize mini intronik plazmid aracılı uyarılmış pluripotent kök hücre oluşturulması ve karakterizasyonu
Generation and characterization of induced pluripotent stem cells from human embryonic kidney cells via codon-optimized mini-intronic plasmids
GİZEM ŞEKER ERSAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHTER DİLŞAD ŞANLIOĞLU
- Quantitative genetics of larval starvation resistance in drosophila melanogaster
Başlık çevirisi yok
İZZET MEHMET AKÇAY
- Psoriasislilerde kanda FOXP3 geninde TSDR metilasyonu ve sitokin düzeylerinin belirlenmesi
Determination of FOXP3 TSDR methylation and cytokine levels in the blood of patients with psoriasis
BURCU AÇIKGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
DermatolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HARUN MUAYAD SAID