Geri Dön

Identification and characterization of an intronic transcript for IGFBP4

IGFBP4 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 783312
  2. Yazar: UTKU CEM YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Alternatif poliadenilasyon, mRNA'ların 3'UTR'sinin uzunluğunu etkileyen bir mRNA işleme olayıdır. Poliadenilasyon bölgelerinin alternatif kullanımı bazen terminal ekzonlarda, proksimal ekzonlarda veya proksimal intronlarda meydana gelir. Bunun sonucu olarak da mRNA'ların 3'UTR uzunluğu ve kodlama dizisini etkiler. 3'-seq deneyi ile östrojen (E2) ile ilişkili poliadenilasyon değişikliklerini belirlemek için, IGFBP4 için erken bir intronik poliadenilasyon bölgesi saptadık. Bu tezde, östrojen reseptörü pozitif meme kanseri hücre hatlarında E2 maruziyetine yanıt olarak güçlü bir şekilde ifadesi pozitif yönde etkilenen intronik bir transkriptin varlığını doğrulamak için veriler sunuyorum. Bu izoformun ifade paterni, tam uzunluktaki izoformunkine zıt bir paterni takip ettiğini gözlemledik. Bu nedenle, ilk olarak bu izoformun karakterizasyonuna odaklandık. Transkriptin 3'-ucunu bir intronik yeni poli(A) sinyaliyle onayladım. Kanonik izoformun 3'UTR'sinde bulunan poli(A) sinyaline kıyasla aday poli(A) sinyalinin işlevselliğini test etmek için raportör tahlilleri yaptım. mRNA stabilitesi ve kodlama potansiyeli dahil olmak üzere intronik olarak poliadenilatlanmış izoformun karakterizasyonuna ilişkin ek bilgiler sağlıyorum. Bu izoformun fonksiyonel rolü hala net olmasa da, bu sonuçlar bir gen lokusundan kaynaklanabilecek farklı izoformların saptanması ve araştırılması ihtiyacını vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

Alternative polyadenylation is a widespread mRNA processing event affecting the length of the 3'UTR of mRNAs. Alternative use of polyadenylation sites sometimes occurs in terminal exons, proximal exons, or proximal introns, affecting the coding 3'UTR length and even the coding sequence of the mRNA. To identify estrogen (E2) related polyadenylation changes by a 3'-seq experiment, we detected an early intronic polyadenylation site for IGFBP4 (insulin-like growth factor binding protein 4). In this thesis, I present data to confirm the existence of an intronic transcript that is robustly upregulated in response to E2 exposure in estrogen receptor-positive breast cancer cell lines. The expression pattern for this isoform follows an opposite pattern to that of the full-length isoform. Hence, we focused on the initial characterization of this isoform. I confirmed the 3'-end of the transcript with an intronic novel poly(A) signal. I performed reporter assays to suggest the functionality of the candidate poly(A) signal compared to the poly(A) signal found at the 3'UTR of the canonical isoform. I provide additional insight into the characterization of the intronicly polyadenylated isoform including mRNA stability and coding potential. While the functional role of this isoform is still not clear, these results highlight the need to detect and investigate different isoforms that may originate from a gene locus.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    897433

    Identification and characterization of an intronic transcript for TLE1

    TLE1 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    İREM YILMAZBİLEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK

  2. Tez No

    825229

    Identification and characterization of two intronic transcripts in MCF7 cells

    MCF7 hücrelerinde iki adet intronik transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    İREM CEMİLE EROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    468203

    Identification and characterization of novel mammalian autophagy proteins

    Memeli otofajisinde yeni proteinlerin saptanması ve karakterize edilmesi

    SEÇİL ERBİL BİLİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyokimyaSabancı Üniversitesi

    DOÇ. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK

  4. Tez No

    305861

    Molecular identification and characterization of phytoplasmas causing stolbur disease in potato and tomato plants in Turkey

    Türkiye'de patates ve domates bitkilerinde stolbur hastalığına neden olan fitoplazmaların moleküler tanısı ve karakterizasyonu

    SEÇKİN EROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN

  5. Tez No

    367670

    Optical sensor design and development for identification of fluids using nanotags

    Nano etiketler ile işaretlenmiş sıvıların tanınması için optik sensör tasarımı ve gliştirilmesi

    BAŞARBATU CAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÜREY

Geri Dön