Yoğun bakım ünitelerindeki çevresel mikrobiyomun yeni nesil dizileme teknolojisi ile araştırılması
Investigating the environmental microbiome in intensive care units by next generation sequencing technology
- Tez No: 616039
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYCAN GÜNDOĞDU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Hospital Microbiome, Nosocomial Infections, Intensive Care Unit, Environmental Microbiome
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sağlık hizmeti ilişkili (nozokomiyal) enfeksiyonlar yüksek prevalansı, mortalite oranları ve sebep olduğu ekonomik yük göz önüne alındığında çözüm aranan başlıca sorunlardan biri olagelmiştir. Nozokomiyal enfeksiyon etkenlerinin büyük bir kısmının çevresel mikrobiyomdan kaynaklandığı düşünülmektedir. Fakat mevcut konvansiyonel yöntemler ile çevresel mikrobiyota elamanları yeterli duyarlılıkta tanımlanamamaktadır. Bu tez çalışması ile 16s rRNA hedefli yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak, yoğun bakım üniteleri özelinde nozokomiyal patojenlerin potansiyel kaynağı olabilecek çevresel mikrobiyomun araştırılması amaçlanmıştır. Bu tez çalışması için Erciyes Üniversitesi Gevher Nesibe Hastanesi Dahiliye Yoğun Bakım Ünitesi'nde belirlenen 25 noktadan 3 set sürüntü örneği alınmıştır. Birinci set örnekler için kanlı ve EMB agara direk, ikinci set örnekler için 24 saat zenginleştirmenin (TSB) ardından kanlı ve EMB agara ekimler yapılmıştır. Gözlenen pozitif üremeler için konvansiyonel/otomatize sistemler üzerinden mikroorganizma izolasyonları ve identifikasyonları yapılmıştır. Üçüncü set örneklerden total bakteriyel DNA izolasyonu ve ardından Illumina-MiSeq platformunda 16S rRNA dizilemesi yapılmıştır. Dizileme analizi için QIIME programı kullanılmıştır. Bu çalışma sonuçlarına göre direk ekimde örneklerin % 40'ında (10/25), zenginleştime sonrası % 96'sında (24/25) Stafilokok türleri baskın olmak üzere üremeler saptanmıştır. 16s rRNA dizileme sonuçlarına göre çalışmaya dahil edilen YBÜ'nün içerisinde patojen türlerin de olduğu zengin bir mikrobiyoma sahip olduğu gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler; Hastane Mikrobiyomu, Nozokomiyal Enfeksiyonlar, Yoğun Bakım Ünitesi, Çevresel Mikrobiyom
Özet (Çeviri)
Healthcare-associated (nosocomial) infections are considered to be one of the major problem in medical world in view of the high prevalence, mortality rates and the economic burden that caused. It is thought that, the most of pathogens causing nosocomial infectious originate from the environmental microbiome. However, the environmental microbiome are not adequately defined by conventional microbiological methods. In this thesis, it was aimed to investigate the environmental microbiome which could be a potential source of nosocomial pathogens, in intensive care units by using the 16S rRNA sequencing technology. For this thesis study, 3 sets of swab samples were taken from 25 points defined at Erciyes University Gevher Nesibe Hospital Internal Medicine Intensive Care Unit. The first set of samples were cultured directly on the bloody and the EMB agar plates whereas the second set of samples were cultured on the same agar plates after 24 hours enrichment (TSB) process. Isolation and identification of microorganisms growing on agar plate were done with conventionel/automated systems. For the third set of samples, 16S rRNA amplicon sequencing was performed on the Illumina-MiSeq platform after total bacterial DNA isolation with the commercial kit. The QIIME program was used for the analysis of the sequences. As a result of this study, 40% (10/25) of the samples in the direct culturing and 96% (24/25) of the samples with enrichment process were found to be positive for microorganisms. The predominant ratio were observed for Staphylococcus species in both culturing methods. According to the 16s rRNA sequencing results, it was observed that the intensive care unit included in the study have a rich microbiome including pathogenic species.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım ünitelerindeki çevresel stresörler ile hastaların duyusal ve duygulanım yorgunluk düzeyleri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Evaluation of the relationship between envirolmental stressors in the intensive care units and the levels of emotional and mood fatigues of the patients
MERVE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HemşirelikKaradeniz Teknik ÜniversitesiHemşirelik Esasları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAVVA ÖZTÜRK
- Yoğun bakım ünitesinde tedavi gören hastaların algıladıkları çevresel stresörler: Geçerlik güvenirlik çalışması
Perception of environmental stressors by patients treated in intensive care unit: Validity reliability study
FUNDA ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
HemşirelikMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SEZGİ ÇINAR
- Yenidoğan ünitelerinde çalışan hemşirelerin yenidoğan cilt bakımına yönelik bilgi düzeylerinin belirlenmesi
The determination on the knowledge level of nurses working in the newborn units related to the care of newborns' skin
SİBEL TEKDAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Medipol ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYSEL KÖKCÜ DOĞAN
- Reducing in-vehicle communication overload and enhancing efficiency in autonomous and electrical vehicles
Otonom ve elektrikli araçlarda araç içi iletişim yükünü azaltma ve etkinliğini artırma
YUNUS KAĞAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Otomotiv Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET CANSIZ
- Yenidoğan yoğun bakım ünitelerinde hemşirelerin uyguladığı farmakolojik olmayan yöntemler ve etkileri
Non-pharmacological methods applied by intensive care nurses for newborns and their effects
GÜNAY ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMaltepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEHİCE EKİCİ