Geri Dön

Türkiye'de şeker pancarı üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) izolatlarının p31 proteininin moleküler karakterizasyonu

Molecular characterization of p31 protein of beet necroticyellow vein virus (BNYVV) isolates in sugar beet production areas of Turkey

PDF İndir

  1. Tez No: 620858
  2. Yazar: MURAT GÜNGÖR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NAZLI DİDE KUTLUK YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 156

Özet

Vektör Polymyxa betae ile taşınan ve“rhizomania”hastalığına neden olan Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), şeker pancarı üretim alanlarında sıklıkla rastlanan en tahripkar virüstür. Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı coğrafik bölgelerinden elde edilmiş olan ve BNYVV ile bulaşık olduğu bilinen 15 toprak örneği kullanılmıştır. Öncelikle, tuzak bitki testi yöntemine göre BNYVV izolatlarının yeniden çoğaltımı sağlanmıştır. Şeker pancarı köklerinde P. betae'nın varlığı mikroskobik olarak ve RT-PCR ile belirlenmiştir. BNYVV RNA-4'ü tarafından kodlanan P31 proteini, virüsün vektörle etkili taşınması ve virülensi ile ilişkilidir. Bu çalışmada, 10 BNYVV izolatının P31 gen bölgesinin nükleotit dizileri elde edilmiştir. Bu izolatların Dünya izolatları ile BLAST analizi ve elde edilen filogenetik ağaç, izolatları; Grup II ve Grup III olmak üzere iki farklı P31 grubuna ayırmıştır. Grup II'de sadece IGDR-6 izolatı yer almış, Kas2 izolatı (Kazakistan) ile yüksek nükleotit benzerliğine (%99.76) sahip olduğu belirlenmiştir. GZNP-27, ELZG-44, SMSN-61, EDRN-125, BRSA-148, CNKL-150, KSTM-281, KYSR-524 ve ANKR-617 izolatları ise Grup III'de yer almış, IV4 izolatı (İtalya) ile en yüksek benzerlik (%99.88-%100) göstermişlerdir. Ayrıca, 15 BNYVV izolatı virüsün sistemik konukçusu Nicotiana benthamiana'ya mekanik olarak inokule edilmiştir. Şiddetli (cücelik ve mozayik) ya da zayıf (mozayik) simptom oluşumu gözlenen bu bitkilerin sistemik yapraklarından RNA izolasyonunu takiben, gen spesifik primerler kullanılarak RT-PCR çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda; 15 BNYVV izolatı ile enfekteli N. Benthamiana'da P31 geni ile ilgili bölge saptanmasına rağmen, kılıf proteini bölgesi 10 izolatta, P25 gen bölgesi 1 izolatta, P26 gen bölgesi ise 4 izolatta belirlenmiştir. Bu sonuç, N. benthamiana'da BNYVV'nin simptom oluşumunda P31 geninin rol oynadığını desteklemiş, P25 ve P26 gen bölgelerinin ise bazı izolatlarda virüsün replikasyonu esnasında tespit edilemediğini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), which is known as“the agent of rhizomania disease”and transmitted by Polymyxa betae, is the most destructive and prevalent virus in sugar beet fields. In this study, 15 BNYVV-infested soil samples were selected according to their geographic locations. Firstly, BNYVV was propogated as bait plant technique. The presence of P. betae was detected in the roots of bait plants using a light microscopy and by RT-PCR using specific primers. P31 protein encoded by BNYVV RNA-4 is associated with efficient vector transmission and virulence. In this study, nucleotide sequences of P31 coding region of 10 different isolates were obtained. The BLAST and phylogenetic analysis divided BNYVV isolates into two different P31 groups as Group II and Group III. The Group II consisted of only IGDR-6 isolate and found to have high nucleotide identity with Kas2 isolate (99.76%). Also, GZNP-27, ELZG-44, SMSN-61, EDRN-125, BRSA- 148, CNKL-150, KSTM-281, KYSR-524 and ANKR-617 which were divided into Group III had the highest similarity (99.88%-100%) with IV4 isolate (Italy). Additionally, systemic host Nicotiana benthamiana was mechanically inoculated by 15 BNYVV isolates. Some BNYVV isolates induced very strong symptom (dwarfing and mosaic) the others induced mild symptom (mosaic) on N. benthamiana. After RNA isolation, RT-PCR studies were conducted by using gene specific primers. This study showed that the P31 gene could be detected in N. benthamiana plants infected with 15 BNYVV isolates, the CP gene with only 10 isolates, the P25 gene with one isolate and the P26 gene with four isolates. This result supported that the P31 gene is involved in symptom expression on N. benthamiana, the P25 and P26 genes were not possible to be detected with some BNYVV isolates during virus replication.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    786850

    Türkiye şeker pancarı üretim alanlarında Beet vırus Q'nun belirlenmesi ve Polymyxa betae ile taşınan toprak kökenli virüslerin moleküler karakterizasyonu

    The determination of Beet virus Q in Turkey sugar beet grown areas and molecular characterization of soil-borne viruses transmitted by Polymyxa betae

    EBRU ERKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NAZLI DİDE KUTLUK YILMAZ

  2. Tez No

    580378

    Türkiye'de rhizomania ile bulaşık toprak örneklerinde dayanıklılık kırıcı Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) varyantlarının serolojik, biyolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

    Investigation of resistance-breaking Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) variants on soil samples contaminated with rhizomania by using serological, biological and molecular methods

    HÜSEYİN UZUNBACAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NAZLI DİDE KUTLUK YILMAZ

  3. Tez No

    224197

    Şeker pancarında kota uygulamalarının şeker pancarı üretimine etkileri ve üreticilerin sosyo-ekonomik durumlarında meydana gelen değişimler: Eskişehir İli Alpu Alçesi araştırması

    The impact of sugar beet quota applications on sugar beet production and the changes on producers? socio-economic situations: the case of Alpu District of Eskisehir Province

    ARZU KEPOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BÜLENT GÜLÇUBUK

  4. Tez No

    659468

    Erzincan ili Çayırlı ilçesinde şeker pancarı alanlarında tespit edilen zararlı ve faydalı böcek türleri ile önemli tür Spodoptera exigua (Hbn.) (Lepidoptera: Noctuidae)'nın kısabiyolojisi

    Pest and natural enemy species determined in sugar beet areas in Çayirli district of Erzincan province and short biology of important species Spodoptera exigua (Hbn.) (Lepidoptera: Noctuidae)

    EKİN TEYMUROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    ZiraatAtatürk Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. SALİHA ÇORUH

  5. Tez No

    884252

    Heterodera schachtii (Schmidt 1871)'nin Niğde ili şeker pancarı ve lahana üretim alanlarındaki durumu ve popülasyon dalgalanması ile dayanıklı çeşitlerin belirlenmesi

    Prevelance and population dynamics of Heterodera schachtii (Schmidt, 1871) in sugar beet and cabbage production areas of Niğde and screening of resistant cultivars

    GÜLSÜM BADEL AKYOL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİL TOKTAY

    PROF. DR. MUSTAFA İMREN

Geri Dön