Çoklu ilaç dirençli mycobacterıum tuberculosis complex suşlarının spoligotiplendirme ve MIRU -VNTR yöntemleriyle moleküler tiplendirilmesi
Molecular typing of multiple drug resistant mycobacterium tuberculosis complex structures by spoligotyping and MIRU-VNTR methods
- Tez No: 624928
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Günümüzde refah seviyesi yüksek ülkelere kontrolsüz göç hareketlerinin yaşanmasıyla birlikte Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)'in kıtalar arası yayılma eğilimi göstermesi, TB'nin küresel bir sağlık sorunu olduğunu göstermektedir. Bu küresel sorun MTBC suşlarının, coğrafya üzerinde yayılımının klonal düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile elde edilecek verilerin kullanılmasına bağlı olarak aşılabilir. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili spoligotiplendirme ve 15 lokus Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde MTBC'in epidemiyolojik özelliklerini tespitine yönelik çalışma sayısı yetersizdir. Bu çalışmada spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VNTR moleküler yöntemleriyle klonal düzeyde MTBC suşları tür düzeyinde tayin edilerek filogenetik ilişkilerinin irdelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Haziran 2018-Mayıs 2019 tarihleri arasında Ankara Ulusal Tüberküloz Referans Laboratuvarı'na, Tüberküloz Laboratuvar Sürveyans Ağı'na üye olan merkezlerden ve çeşitli yataklı hastanelerden gönderilen akciğer tüberküloz ön tanılı veya şüpheli temas öyküsü olan hasta balgam örneklerinden izole edilen 96 ÇİD-MTBC suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Spoligotiplendirme yöntemi ile 96 ÇİD-MTBC izolatı içerisinden 93 izolatın (%96.88) 14 majör spoligofamilya (klad) kümesi içerisinde yoğunlaştığı, 2 izolatın (%2.08) ise SITVIT2 veri tabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir klad altında sınıflandırılamadığı, 1 izolatın (%1.04) yine SITVIT2 veri tabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda atipik olarak değerlendirildiği görülmüştür. En yaygın olan kladın 38 (%40.86) izolat ile T1 kümesi olduğu, bunu 16 (%17.20) izolat ile Beijing kladı, 9 (%9.67) izolat ile LAM 9 ve 8 (%8.60) izolat ile LAM7 TUR kladının izlediği görüldü. Bu çalışma sonunda ülkemiz genelinde T1 kladının daha yaygın olduğu görülmüştür. Yapılan diğer çalışmalardan farklı olarak LAM7-TUR kladı Beijing kladının görülme oranının gerisinde kalmıştır. 15 lokus MIRU-VNTR ile yaptığımız klonal tiplemede aynı kladlarda kümelenen suşların farklı lokus profiline sahip olduğunu, yani aynı klondan bulaşın olmadığını bulduk.
Özet (Çeviri)
The fact that MDR strains of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) tends to spread across the continents with uncontrolled migration movements to high-welfare countries shows that TB is a global health problem. This global problem can be surpassed by using data to be obtained through monitoring the circulation of MTBC strains on geography by molecular epidemiological methods with high discriminatory power in clonal level. Although spoligotyping related to epidemiology of tuberculosis and molecular based methods such as 15 locus Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats (VNTR) methods have been used especially in risky regions, number of studies on determining the epidemiological properties of MTBC is insufficient in our country. In this study, it was aimed to investigate the phylogenetic relationships by determining the MTBC strains at the species level in clonal level by spoligotyping and 15 loci MIRU-VNTR molecular methods. The study included 96 MDR-MTBC strains isolated from sputum samples of patients with pre-diagnosed or suspected contact history of pulmonary tuberculosis those sent from centers and several hospitals that are members of Tuberculosis Laboratory Surveillance Network to Ankara National Tuberculosis Reference Laboratory between June 2018 and May 2019. Strains were evaluated by spoligotyping and 15 loci MIRU-VTR methods for diagnosis at clonal level. Spoligotyping method revealed that 93 (96.88%) of 96 isolates were concentrated in 14 major spoligofamily (clad) clusters, 2 isolates (2.08%) were found to be classified under no known clads as a result of comparison with strains in SITVIT2 database and 1 isolate (1.04%) was found to be atypical in comparison with the SITVIT2 database. The most common cladding was T1 cluster with 38 (40.86%) isolates, followed by Beijing with 16 (17.20%) isolates, LAM 9 with 9 (9.67%) isolates and LAM7 TUR with 8 (8.60%) isolates. As a result of study, it was found that T1 cladding is more common in our country. Unlike other studies, the LAM7-TUR cladding lags behind Beijing clad incidence rate. In our clonal typing with 15 loci MIRU-VNTR, we found that none of the strains had the same locus profile so they did not belong to the same clone
Benzer Tezler
- Çukurova bölgesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK)suşlarında çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile beraber ikinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara da karşı gelişen yaygın ilaç direncinin (YİD) fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Phenotypic and genotypic investigation of multidrug resistance (MDR) as well as extensively drug resistance (XDR) developing towards second-line anti-tuberculosis drugs in mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains isolated from clinical samples in cukurova region
EMEL YARAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV
- Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle primer antitüberküloz ilaçlara direncinin araştırılması
Invastigation of primary antituberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in Mycobacterium tuberculosis complex strains
YUSUF SAĞLAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Mikrobiyolojiİzmir Katip Çelebi ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAN AFŞAR
- Mycobacterıum tuberculosıs kompleks suşlarının primer ilaçlara duyarlılığının mgıt, e-test ve agar proporsiyon yöntemleri ile araştırılması
Detection of the susceptibility of mycobacterium tuberculosis complex strains to the first line drugs by the mgit, e-test and agar proportion methods
NURAN ARSLAN KARABULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. BANU BAYRAKTAR
- Van yöresinde izole edilen mycobacterıum tuberculosıs suşlarının dört farklı yöntemle antimikobakteriyel ajanlara duyarlılık tespiti.
Evaluation of four methods to determine antimicrobial susceptibility of mycobacterium tuberculosis in eastern turkey.
ELİF SANEM BAYKAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU
- Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of IS6110, MIRU-VNTR and spoligotyping methods which are used for associating of phylogenetic relations of multi drug resistant (MDR) mycobacterium tuberculosis isolates
GÜLFER YAKICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL