Türkiye'de yayılış gösteren alkanna tausch (Boraginaceae) cinsine ait taksonların moleküler sistematiği
Molecular systematic analysis of the genus alkanna tausch (Boraginaceae) taxa distributed in Turkey
- Tez No: 629323
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN SÜMBÜL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Botanik, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 184
Özet
AlkannaTausch cinsi dünya üzerinde yaklaşık 67 türden oluşan, Akdeniz ve İran-Turan bölgelerinde yayılış gösteren küçük bir cinstir. Dünya da yayılış gösteren Alkannatürlerinin yarıdan fazlası ülkemizde bulunmaktadır. Bu çalışmada ülkemizde yayılış gösteren Alkanna cinsinin filogenetikilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Türkiye‟de kaydedilen45 taksondan (39 tür)A. viscidulaBoiss., A.stribrnyi Velen.ve A. shattuckia Posttürleri toplanamadığı için42 takson(36 tür)ile çalışma gerçekleştirilmiştir. Yapılan arazi çalışmaları ile moleküler ve morfolojik verileri elde etmek için 100 farklı lokaliteden yaklaşık 250 örnek toplanmıştır. Bu örneklerden cpDNA trnL-F ve nrDNA ITSbölgelerinin dizileri edinilmiş ve edinilen bu DNA dizileri kullanılarak maksimum parsimoni,maksimum olasılık ve Bayesian filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. ITSdizileri ile yapılan çalışmada NCBI‟dan Türkiye‟de yayılış gösteren türlere ait 25 sekans dizisi ile Türkiye Florası‟nda bulunmayan A. pindicola Hausskn., A. sandwithiiRech.f.ve A. scardica Griseb. türleri de yer almıştır.Alkannacinsinin monofilisi hem trnL-F DNA bölgesi hem de ITSDNA bölgesi tarafındanyüksek oranda desteklenmiştir. ITSbölgesi, trnL-Fbölgesine göre daha bilgi verici bulunmuş, Alkannataksonlarının filogenetik ilişkilerini daha iyi çözmüştür. trnL-F bölgesi Alkannataksonlarının filogenetik ilişkilerini çözmede yetersiz kalmıştır. ITSbölgesinegöre yapılan analizler cins içerisinde Batı ve Doğu olmak üzere iki tür grubuna işaret etmektedir. Bu çalışma tür gruplarını göstermesi açısından da ilk çalışmadır. Buna göreAlkannataksonlarının filogenetik ilişkileri ile yayılışları arasında paralel bir ilişki olduğu saptanmıştır. Doğu ve Batı tür gruplarını oluşturan taksonların ait oldukları fitocoğrafik bölgeler incelendiğinde birkaç istisna takson dışında, Doğu tür grubu genellikle İran-Turan fitocoğrafik bölgesine ait taksonlardan oluşurken, Batı tür grubunun Akdeniz fitocoğrafik bölgesine ait taksonlardan oluştuğu belirlenmiştir. Doğu ve Batı tür gruplarında habitat tercihine göre de toprak ve kayalık alanda yetişen taksonlar olarak da bir ayrımın söz konusu olduğu belirlenmiştir. Simpatrik yayılış gösteren farklı türler arası haplotip paylaşımı oldukça yaygın bulunmuştur. Bu durum lokal olarak farklılaşmayı desteklememektedir. Haplotip iipaylaşımı türler arası gen havuzlarının birbirlerinden tam olarak ayrılmadığı görüşünü desteklemiştir.Daha önce A. angustifoliaSümbülolarak yayınlanan ve sonrasındaA. verecundatürü ile sinonim yapılan Akseki ve Taşkent A. verecundapopulasyonlarının ITSdizilerinin aynı çıkması ve ortak haplotipe sahip olmaları aynı tür oldukları görüşünü desteklemektedir. Dahaönce IUCN kırmızı listesinde „Yetersiz Verili (DD)‟ sınıfında yer alan A. amanatürü bu çalışma kapsamında 2015 yılında Amanos dağlarından yeniden toplanarak „Kritik (CR)‟ tehlike kategorisi önerilmiştir. Alkannataksonlarının akrabalıkilişkilerinin ortaya konulması amacıyla moleküler verilerin yanında morfolojik verilerde kullanılmıştır. Morfolojik çalışmalar kapsamında Alkanna cinsine yeni eklenen türlerin de yer aldığı yeni bir teşhis anahtarı oluşturulmuş, cinsin betimi yapılmış ve türlerin tanıtımı verilmiştir. Alkanna cinsine ait 42 taksonda toplam 18 farklı morfolojik karakter belirlenerek maksimum parsimoni analizi gerçekleştirilmiştir. ITSbölgesinden elde edilen filogenetik ağaçlar Alkanna cinsi içerisindefenotipik taksonların statülerini kısmi olarak desteklemiştir. Bu çalışmada hem genetik hemde fenotipik veriler kullanılarak cinse ait taksonların statüleri sınanmıştır. Tez konusu kapsamında Türkiye‟de yetişen Alkannataksonları moleküler verilere göre filogenetik ilişkileri yönünden incelenmiştir. Filogenetik analizler akrabalık ilişkilerineve yayılışlarına dair açıklayıcı bilgiler vermiştir. Bu bağlamda yapılan bu araştırma ülkemizde Alkannacinsine ait taksonların filogenetik ilişkilerini iki farklı DNAbölgesine göre açıklamaya çalışan kapsamlı ilk çalışmadır. Alkannacinsinin filogenetik ilişkilerinin bütünüyle çözülebilmesi için farklı gen bölgelerinin kullanılması gerektiği öngörülmüştür.ANAHTAR KELİMELER:Alkanna, Filogeni, ITS, trnL-F,Türkiye
Özet (Çeviri)
The AlkannaTausch is a small genus consisting of 67 species in the world with a distribution in the Mediterranean and Iranian-Turanian regions. Turkey inhabits more than half of the Alkannaspecies present in the world. The aim of the study was to determine the phylogenetic relationshipsof the Alkanna genus, having country-wide distribution.Because A. viscidulaBoiss., A.stribrnyi Velen.and A. shattuckia Postcould not be collected, instead of 45 taxa (39 species), 42 taxa(36species) were studied. The plant material included 250 samples collected from 100 different geographic location to collect both morphological and molecular data. The partial gene sequences of chloroplast „cpDNA trnL-F‟ and nuclear „nrDNA ITS‟were obtained from the samples and maximum parsimony,maximum likelihood andBayesian phylogenetic analyzes were performed. In analysis ofITSregion, sequences that belong to 25 species known to exist in Turkey and A. pindicolaHausskn., A. sandwithiiRech.f. and A. scardicaGriseb., which do not exist in the country were also retrieved from NCBI.Monophyly of the genus Alkannais highly supported by both the trnL-F and the ITSDNAregions. The ITSregion was found to be more informative than the trnL-Fregion and better resolved the phylogenetic relationships of Alkannataxa. trnL-Fregion was insufficient to solve the phylogenetic relationships of Alkanna taxa.Analyzes made according to the ITSgene sequence indicate two distinct groups in the genus, West and East. This is the first study identifying the groups of the species. Thus, relationshipbetween the phylogenetic of Alkannataxa and their geographic distributions has been determined. When the phytogeographicalregions of the taxa that make up the Eastern and Western species groups are examined, with a few exceptions, the Eastern species group generally consists of taxa belonging to Iranian-Turanianphytogeographicalregion while the Western species group consisted of taxa belonging to Mediterranean phytogeographicalregion. According to habitat preference in eastern and western species groups, it is determined that there is a distinction as taxa growing in soil and rocky areas. Haplotype sharing among different species with sympatric distribution was found quite common.This does not support local differentiation. Haplotype sharing supported the view that inter-species gene pools are not completely separated from each other. ivThe fact that the populations of Akseki and Taşkent A.verecunda, which were previously published as A.angustifoliaSümbül and later synonymed with A. verecundaspecies, have the same ITSgene sequences witha common haplotype and are considered to be thesame species. A. amana, which was previously included in the „Data Deficient (DD)‟class in the IUCN red list, was re-collected from the Amanos mountains in 2015 and transferred to the „Critically Endangered (CR)‟category.In order to revealphylogeneticrelationships of Alkannataxa, morphological data are used in addition to molecular data. Within the scope of morphological studies, a new identification key including the newly added species to the Alkannagenus was created, the genus was described and the description of the species was given. A total of 18 different morphological characters were determined in 42 taxa belonging to the genus Alkannaand maximum parsimony analysis was performed. Phylogenetic trees obtained from the ITSregion partially supported the status of phenotypic taxa within the genus Alkanna.In this study, the statuses of taxa belonging to the genus were tested by using both genetic and phenotypic data. Within the scope of the thesis,Alkannataxa grown in Turkey were examined in terms of phylogenetic relationships based on molecular data. Phylogenetic analysis shed light on kinship relationships and their distribution. In this context, this is the first comprehensive study to explain the phylogenetic relationships, based on two different gene regions, of taxa belonging to the Alkannagenus in Turkey. It is concluded that different gene regions should be included in order to fully resolve the phylogenetic relationships of the Alkannagenus.KEYWORDS:Alkanna, ITS, Phylogeny, trnL-F, Turkey
Benzer Tezler
- Alkanna cappadocıca boıss. et bal. bitkisi üzerinde farmakognozik araştırmalar ve bitki özütleri ile nanoyapıların sentezi
Pharmacognostic research on alkanna cappadocica boiss. et bal. plant and synthesis of nanostructures with plant extracts
SADİ YUSUFBEYOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BotanikSağlık Bilimleri ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE BALDEMİR KILIÇ
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı campanula türlerinin fitokimyasal açıdan değerlendirilmesi ve biyolojik aktivitelerinin araştırılması
Investigation of phytochemical properties and biological activities of some campanula species distributed in Turkey
AYŞE ERDOĞAN
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR SARI
- Türkiye'de yayılış gösteren Bolboschoenus palla cinsine ait türlerin filogenetik analizi ve DNA barkodlaması
Phylogenetic analysis and DNA barcoding of species of the genus Bolboschoenus palla distributing in Turkey
HİLAL NUR VURAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEM VURAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDAN ŞAPCI SELAMOĞLU
- Türkiye'de yayılış gösteren Tomares türleri üzerinde sistematik araştırmalar
Systematic studies on the types of Tomares distributed in Turkey
FATMA YILDIZ
- Türkiye'de yayılış gösteren Cistus L. (Cistaceae) cinsinin tavuk koronavirüsüne karşı antiviral etkilerinin araştırılması
Investigation of the antiviral effects of the Cistus LK(cistaceae) genus, which is spread in Turkey against the chicken corona virus
FEYRUZ BOZOĞLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NALBANTSOY