Visualization of intersecting sets in biological networksand filtering based on their topological properties
Biyolojik ağlarda kesişen kümelerin görselleştirilmesi ve topolojik özelliklerine göre filtrelenmesi
- Tez No: 632968
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU BAKIR GÜNGÖR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Biyoenformatik, Veri Görsellenmesi, Kesişen Veri Kümeleri, İlaçların Yeniden Konumlandırılması, Kişiselleştirilmiş Tıp, Bioinformatics, Data Visualization, Intersecting Data Sets, Drug Repurposing, Personalized Medicine
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Bilgisayar bilimleri ve veri işleme teknolojilerinin hızlı gelişimiyle beraber, biyoenformatik alanı, bu yüzyılın popülerliği artan disiplinlerarası çalışma alanlarından birisi haline gelmiştir. Bu tez çalışmasında, BioNetVis isimli yeni bir göreslleştirme aracı geliştirerek, biyoenformatik very analizine yeni bir perspektif getirmeyi amaçladık. Geliştirdiğimiz araç, keşisen kümeleri biyolojik ağlar, özellikle protein-protein etkileşim ağları üzerinde görselleştirme ve ağ topolojik özelliklerine göre filtreleme yeteneğine sahiptir. BioNetVis, verileri olabildiğince hızlı ve verimli bir şekilde işlemek için son teknoloji frameworkler ve programlama kütüphaneleri ile geliştirilmiştir. BioNetVis'in ana amacı kesişen biyolojik verileri, biyolojik ağlar üzerinde analiz etmeyi kolaylaştırmaktır. Sunulan araç, ilaçların yeniden konumlandırılması, kişiselleştirilmiş tıp, nadir hastalıkların teşhis ve tedavisi konularında çalışan araştırmacılara hizmet etmeyi amaçlar. Proje şu üç adımda gerçekleştirilmiştir. İlk olarak, biyolojik veri biyolojik ağa haritalanmış, ve back-end kısmı geliştirilmiştir. İkinci olarak, back-end kısmında işlenmiş veriler, kullanıcılar için kodlanan arayüz ile görselleştirilmiştir. Üçüncü olarak, front-end ve back-end kısımları birleştirilmiş ve araştırmacılar için kullanılabilir hale getirilmiştir. BioNetVis'i diğer ağlara ve diğer veri kümelerine kolayca uyarlanabilsin diye modüler olarak tasarladık. Böylece, BioNetVis diğer alanlarda kesişen veri kümelerinin ağda görsellenmesi, ve ağ topolojik özelliklerine göre filtrelenmesi amacıyla kullanılabilir. Son olarak, BioNetVis'in sunduğu işlevleri açıklamak için, bir kullanım uygulaması ile beraber sunduk.
Özet (Çeviri)
With the rapid development of computer sciences and data processing technologies, bioinformatics became one of the rising multidisciplinary fields in this century. In this thesis, we aim to introduce a new perspective on bioinformatics data analysis via developing a new visualization software called BioNetVis. Our tool has ability to visualize intersecting sets in the biological networks, especially in the protein-protein interaction networks; and to filter based on graph topological measures. BioNetVis, is developed with the latest versions of state-of-the-art frameworks and programming libraries for processing data as fast as possible with higher efficiency. The main goal of BioNetVis is to facilitate the analysis of intersecting biological datasets on biological networks. The proposed tool aims to serve to the researchers who are working in the field of drug repurposing, personalized medicine, diagnosis and treatment of rare diseases. The project implementation is realized in the following three steps. Firstly, the biological data is mapped to a biological network and back-end development is performed. Secondly, a visualization is created based on the processed data in the back end with latest framework services. Thirdly, the back-end and front-end developments are connected and BioNetVis is made available to the researchers. We design BioNetVis in a modular fashion such that it is applicable to other types of networks and datasets and hence, it could be used in other domains to visualize intersecting sets in networks and filter based on graph topological properties. Lastly, we present a use case scenario to explain the features of BioNetVis.
Benzer Tezler
- Behçet sendromunda karşılaştırmalı genom boyu ifade analizi
Comparative whole genome transcriptome analysis in Behçet's syndrome
ALİ KEMAL OĞUZ
Doktora
Türkçe
2021
Allerji ve İmmünolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NEJAT AKAR
- 3-D automatic segmentation and modelling of cartilage compartments in high-field magnetic resonance images of the knee joint
Diz ekleminin yüksek alan manyetik rezonans görüntülerinde kıkırdak bölgelerini 3-B otomatik bölütleme ve modelleme
CEYDA NUR ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SONGÜL ALBAYRAK
- Fuzzy association rule mining from spatio-temporal data: An analysis of meteorological data in Turkey
Uzaysal ve zamansal veriden bulanık ilişki kuralları bulunması: Türkiye?de ölçülmüş olan meteoroloji verisinin analizi
SEDA ÜNAL ÇALARGÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADNAN YAZICI
- Eğitimsel veri madenciliği ve bir uygulaması
Educational data mining and an application
YASEMİN YAKUPOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAŞAR ÖZTAYŞİ
- Segmentation on brain MR images by using deep learning network and 3D modelling
Derin öğrenme ile MR görüntüleri üzerinde görüntü segmentasyonu ve 3D modelleme
GÖKAY KARAYEĞEN
Doktora
İngilizce
2021
Mühendislik BilimleriBaşkent ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET FEYZİ AKŞAHİN