Shape-preserving loss in deep learning for cell segmentation
Hücre bölütlenmesi için derin öğrenmede şekil-koruyan kayıp
- Tez No: 641147
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM GÜNDÜZ DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Mühendislik Bilimleri, Computer Engineering and Computer Science and Control, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Tam evrişimsel sinir ağları (TEA'lar), mikroskop görüntülerinde hücre bölütlemesi için en gelişmiş modeller haline gelmiştir. Bu ağlar, tipik olarak her pikselin kaybını ayrı ayrı tanımlayan ve bu piksel kayıplarınının ortalamasını veya toplamını alan bir kayıp fonksiyonunu küçülterek eğitilir. Kayıp fonksiyonunun bu piksel bazlı tanımı, piksellerin tahminleri arasındaki uzamsal ilişkileri dikkate almadığından, ağı belirli bir şekli (şekilleri) öğrenmeye yetecek kadar eğitemez. Öte yandan, ağın bu yeteneği, doğaları gereği yaygın olarak benzer morfolojik özellikler gösteren hücreleri daha iyi bölütlemek için önemli olabilir. Bu soruna yanıt aramak adına, bu tez, hücre bölütlemesinde bir TEA'yi eğitmek için yeni bir dinamik şekil koruyan kayıp fonksiyonu ortaya koyar. Bu kayıp fonksiyonu, piksel ağırlıklarını öncül şekil bilgisine duyarlı olarak tanımlayan ağırlıklı bir çapraz düzensizliktir. Bu amaçla, ağırlıkları piksellerin ait olduğu bölütlenmiş nesnelerin şekli ile gerçek bölütleme (ground truth) hücrelerinde tahmin edilen şekil öncülleri arasındaki benzerlik temelinde hesaplar. Bu tez, bir hücrenin şeklini ölçmek için Fourier tanımlayıcılarını kullanır ve bu Fourier tanımlayıcılarının dağılımı üzerine bir benzerlik ölçütü tanımlamayı önerir. Dört farklı medikal görüntü veri seti üzerinde alınan deneysel sonuçlar, önerilen bu kayıp fonksiyonunun, bu veri setlerindeki örneklerin bölütlemesinde karşıtından daha iyi performans gösterdiğini ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Fully convolutional networks (FCNs) have become the state-of-the-art models for cell instance segmentation in microscopy images. These networks are trained by minimizing a loss function, which typically defines the loss of each pixel separately and aggregates these pixel losses by averaging or summing. Since this pixel-wise definition of a loss function does not consider the spatial relations between the pixels' predictions, it does not sufficiently impose the network to learn a particular shape(s). On the other hand, this ability of the network might be important for better segmenting cells, which commonly show similar morphological characteristics due to their natures. In response to this issue, this thesis introduces a new dynamic shape-preserving loss function to train an FCN for cell instance segmentation. This loss function is a weighted cross-entropy whose pixel weights are defined as prior-shape-aware. To this end, it calculates the weights based on the similarity between the shape of the segmented objects that the pixels belong to and the shape-priors estimated on the ground truth cells. This thesis uses Fourier descriptors to quantify the shape of a cell and proposes to define a similarity metric on the distribution of these Fourier descriptors. Working on four different medical image datasets, the experimental results demonstrate that this proposed loss function outperforms its counterpart for the segmentation of instances in these datasets.
Benzer Tezler
- Kanal tabanlı özellik temsili ve derin öğrenmeye dayalı uykululuk sınıflandırması
Drowsiness classification based on channel-based feature representation and deep learning
MUSTAFA RIFAT ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRAY ÖLMEZ
- Geleneksel pencere elemanı üzerinden derin öğrenme ile mimari kimliğin belirlenmesi
Determining architectural identity using deep learning based on traditional window elements
DİLARA ZEYNEP ÇETİNTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolNecmettin Erbakan ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE DERYA ARSLAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ERDAŞ ÇİÇEK
- A fast 3d flow field prediction around bluff bodies using deep learning
Derin öğrenme kullanılarak küt cisimler etrafındaki 3 boyutlu akış alanının tahmini
FARHAD NEMATI TAHER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDUSSAMET SUBAŞI
- Homojen olmayan bir yüzey altında gömülü nesneler için evrişimsel sinir ağı tabanlı hedef tespiti
Convolutional neural network based target detection for objects buried under a non-homogeneous surface
ALİ BATUHAN BAĞCACIER
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiSavunma Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ YAPAR
- Sürekli tip cam ergitme fırınları için hesaplamalı akışkanlar dinamiği tabanlı indirgenmiş model geliştirilmesi
Development of a computational fluid dynamics based reduced order model for continuous glass melting furnaces
ENGİN DENİZ CANBAZ
Doktora
Türkçe
2025
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT GÜR