Molecular characterization and isolation of avian influenza a viruses from wild aquatic birds in Gediz delta
Gediz deltasındaki kuş kaynaklı influenza a virüslerinin moleküler karakterizasyonu ve izolasyonu
- Tez No: 642774
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AHSEN KOÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoloji, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: İnfluenza virüs, Influenza virus
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye, bulunduğu konum itibarı ile her yıl binlerce kuş tarafından ziyaret edilmektedir. Farklı kökenlerden gelen bu kuşların sulak alanlarda bir arada bulunması, influenza A virüslerinin (IAV) evrimine ve yayılmasına katkı sağlamaktadır. Bu sulak alanlardan biri olan Gediz Deltası, farklı kuş türlerinin yanı sıra birçok memeliye de ev sahipliği yapmakta, böylece IAV'lerin memelilere adapte olması için gerekli ortamı sağlamaktadır. Dolayısıyla bu çalışmanın amacları; deltadaki yabanıl kuşlar tarafından taşınan düşük patojenli IAV'lerin prevelansının saptanması, bu virüslerin genomundaki zoonoz ve salgın riski taşıyan belirteç mutasyonların tespit edilmesi, ayrıca virüslerin antijenik genlerinin coğrafi kökenlerinin belirlenmesidir. Bu bağlamda İzmir Kuş Cenneti/Gediz Deltası'nda konaklayan yabanıl su kuşlarının dışkılarından 500 adet örnek toplanmış, moleküler metotlar kullanılarak deltadaki IAV prevalansı saptanmıştır. Sonrasında virüs izolasyonu için IAV pozitif örnekler embriyolu tavuk yumurtalarına inoküle edilmiş ve bir virüsün tüm genom analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın sonucunda IAV'lerin İzmir Kuş Cenneti/Gediz Deltası'ndaki matriks gen amplifikasyonuna dayalı prevalansı %31.2 olarak tespit edilmiş ve dört adet virüs izole edilmiştir. Alt tipi H6N2 olarak belirlenen bu virüsün tüm genom analizi sonucunda, virus genomunda zoonoz ve kümes hayvanlarına adaptasyon riski taşıyan 32 farklı belirteç mutasyon tespit edilmiştir. Ayrıca yapılan filogenetik analizler virüsün antijenik genlerinin Asya kökenli olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın sonuçları, deltada sirküle eden IAV'lerin insan ve hayvan sağlığını tehdit eden mutasyonlar taşıdığını ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Due to its location, Turkey is visited by thousands of birds from different origins annually. Coexistence of these birds in wetlands contributes to Influenza A virus (IAV) evolution. Gediz Delta, provides a great opportunity for avian IAVs to evolve and adapt to mammals, as it hosts many different aquatic bird and mammalian species together. Thus, this thesis study aims to determine the prevalence of avian origin low pathogenic IAVs in Gediz Delta and to investigate the molecular markers in their genomes that may provide ability for interspecies transmission and to cause an outbreak. Additionally, phylogenetic analyses were performed to identify the origins of antigenic segments. To achieve this aim, 500 fecal samples of wild aquatic birds were collected in Izmir Bird Paradise/Gediz Delta. The samples were examined to detect IAV prevalence in the Delta via molecular methods. IAV-positive samples were inoculated into embryonated chicken eggs for virus isolation. Whole genome analyses were performed to monitor virus evolution. According to the results of this study, the prevalence of IAVs in Izmir Bird Paradise/Gediz Delta was 31.2% based on matrix gene amplification. In this thesis study, four viruses were isolated and the subtype of one virus was determined as H6N2. Whole genome analyses of H6N2 virus revealed 30 molecular markers which confers potential for zoonosis and adaptation to poultry. Phylogenetic analyses indicate that antigenic genes were originated from Asia. The results of this study indicate IAVs circulating in the Delta carry molecular markers which pose a threat for public and veterinary health.
Benzer Tezler
- İzmir yöresinde culicoides türlerinin moleküler karakterizasyonu ve haemosporidia enfeksiyonları yönünden vektörlük potansiyellerinin araştırılması
Molecular characterization of culicoides species in İzmir vicinity and investigation of their vector potential for haemosporidia infections
HAKAN YEŞİLÖZ
Doktora
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
- İstanbul'daki atlarda Theileria equi ve Babesia caballi'nin yayılışı ve moleküler karakterizasyonu
Prevalence and molecular characterization of Theileria equi and Babesia caballi in horses in İstanbul
FATMA NUR DAL
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR GÜLANBER
PROF. DR. MUSTAFA NECATİ MUZ
- Isolation and molecular characterization of extracellular lipase and pectinase producing bacteria from olive oil mills
Zeytinyağı işleyen fabrikalardan ekstraselüler lipaz ve pektinaz üreten bakterilerin izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
ASENA ALTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA
- Isolation and molecular characterization of lactic acid bacteria from raw milk
Çiğ sütten laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
ALİ EMRAH ÇETİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. HATİCE GÜNEŞ
PROF.DR. ŞEBNEM HARSA
Y.DOÇ.DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA
- Isolation and molecular characterization of lactic acid bacteria from cheese
Peynirden laktik asit bakterisi izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
ÇİSEM BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA