Geri Dön

Gliomlarda genomik ve mitokondriyal varyasyonların hastalık biyolojisine etkisi

Effect of mitochondrial-genomic diversity and mutations on disease biology in glial tumors

PDF İndir

  1. Tez No: 646738
  2. Yazar: ŞİRİN YÜKSEL KILIÇTURGAY
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CEMALİYE AKYERLİ BOYLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Genetik, Medical Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Beyin neoplazmları, DNA, Dizi analizi, Genom, Glioma, Hastalık, Mitokondriler, Mutasyon, Neoplazmlar, Varyasyon, Brain neoplasms, DNA, Sequence analysis, Genome, Glioma, Disease, Mitochondria, Mutation, Neoplasms, Variation
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Gliomlar, en sık görülen primer beyin kanserleridir ve biyolojileri konusunda bilgimiz yeterli olmadığından, küratif tedavileri günümüzde mümkün değildir. Son yıllarda moleküler biyoloji alanındaki gelişmelerle, özellikle izositrat dehidrogenaz (IDH1 ve IDH2) ve telomeraz revers transkriptaz (TERT) promotör mutasyonlarının glial tümör oluşumu ve sağkalım ile ilişkisi ortaya konulmuştur. Ancak, mitokondriyal genomdaki değişikliklerin bu süreçteki rolü tam olarak bilinmemektedir. Bu araştırmanın amacı, gliomlardaki nükleer ve mitokondriyal varyasyonların hastalık biyolojisi üzerindeki etkisinin araştırılmasıdır. İlk olarak, 300 hasta örnekleminde IDH1 (R132), IDH2 (R140 / R172) ve TERT promotör (C228 / C250) mutasyonları analiz edilmiş ve mutasyon profili göz önünde bulundurularak 4 moleküler alt grup (sadece IDH-mutant, sadece TERT-mutant, çifte-mutant, çifte- negatif) belirlenmiştir. Bu alt gruplar arasında IDH mutasyonuna sahip hastalar daha iyi hastalık seyrine sahipken, sadece TERT mutasyonu olan hastaların daha kötü prognoza sahip olduğu gösterilmiştir. İkinci aşamada, 59 hastada mitokondriyal varyasyonlar, haplogruplar ve heteroplazmi oranları yeni nesil dizi analizi ile belirlenmiştir. Mitokondriyal varyasyon ve haplogruplar, nükleer değişkenler (IDH/TERT durumu) ve klinik parametrelerle (cinsiyet, DSÖ sınıflandırması, morfolojik aşama) karşılaştırılmış ve yapılan istatistiksel analizlerin sonucunda ATP sentaz (mt-ATP6 p=0,041) ve arjinin tRNA (mt-TR p=0,014) genleri ile kontrol bölgesi DLOOP (p=0,003) özellikle IDH ve TERT mutasyonları olmak üzere birçok kategoride anlamlı bulunmuştur. mt-TR ve DLOOP1 bölgeleri Sanger dizileme ile doğrulanmış ve hasta sayısı arttırılarak toplam 78 hastada DLOOP1 T16126C (IDH p=0,05), C16278T (IDH/TERT p=0,05), C16296T (IDH/TERT p=0,01), T16311C (DSÖ p=0,017) varyasyonları istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Sonuç olarak, araştırmamız glial tümörlerde mitokondriyal varyasyonların tümör biyolojisini yansıtan nükleer ve klinik değişkenler ile olan ilişkisini inceleyen ilk çalışmadır ve klinik öneme sahip olabilecek varyasyonlar öne çıkarılmıştır.

Özet (Çeviri)

Glioma is the most common primary brain cancer, with no possible curative treatment today due to our limited knowledge on its biology. Recently, with the developments in the field of molecular biology, mutations especially in isocitrate dehydrogenase (IDH1 and IDH2) and telomerase reverse transcriptase (TERT) promoter have been shown to be related with progression and survival of glial tumors. However, the role of mitochondrial genome variations in this process is unknown. The aim of this study is to investigate the effect of nuclear and mitochondrial variations in gliomas on disease biology. First of all, 300 glioma patients were analyzed for IDH1 (R132), IDH2 (R140 / R172) and TERT promoter (C228 / C250) mutations and 4 molecular subsets (only IDH-mutant, only TERT- mutant, double-mutant, double-negative) were identified according to the mutation profiles. While IDH-mutant patients were demonstrated to have better survival among these subsets, only TERT-mutant patients had worse prognosis. In the second part, the mitochondrial variations, haplogroups and heteroplasmy ratios were determined for 59 patients by next generation sequencing. Mitochondrial variations and haplogroups were correlated with nuclear variations (IDH / TERT status) and clinical parameters (gender, WHO classification, morphological grade). As a result of the statistical analysis, ATP synthase (mt-ATP6 p=0.041), arginine tRNA (mt-TR p=0.014) genes and control region DLOOP (p=0.003) were found to be significant in several categories, including the IDH and TERT status. In order to confirm mt-TR and DLOOP1 loci and increase the patient number, Sanger sequencing was used and DLOOP1 T16126C (IDH p=0.05), C16278T (IDH/TERT p=0.05), C16296T (IDH/TERT p=0.01), T16311C (WHO p=0.017) variations were found to be statistically significant in total of 78 patients. In conclusion, our study is the first to analyze the association of mitochondrial variations with nuclear and clinical parameters representing tumor biology and the importance of variations that may have clinical importance were highlighted.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1013998

    Analysis of genetic biomarkers in glioma diagnosis and prognosis: Focus on ECE1 rs3026809 variant

    Gliom tani ve prognozunda genetik biyobelirteçlerin analizi: ECE1 rs3026809 varyantına odaklanma

    GİZEL GERDAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    BiyolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU

  2. Tez No

    857542

    Magnetic resonance spectroscopic imaging based detection of genetic alterations in gliomas

    Gliomalarda genetik değişikliklerin manyetik rezonans spektroskopik görüntüleme tabanlı tespiti

    BANU SAÇLI BİLMEZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK

  3. Tez No

    837969

    Yüksek dereceli glial tümör hastalarında tedavi sonuçlarımızın ve sağkalımı etkileyen faktörlerin değerlendirilmesi

    Evaluation of treatment results and factors affecting survival in high-grade glial tumor patients

    ENES YEŞİLBAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    İç HastalıklarıAkdeniz Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA SEZGİN GÖKSU

  4. Tez No

    887726

    Babil'de yaşayan ishal hastalarından izole edilen Salmonella Enterıca'nın metagenomik analizi ve bazı virülans genlerinin tanımlanması

    Metagenomic analysis of Salmonella Enterica isolated from diarrhea patients living in Babylon and identification of some virulence genes

    SHAHAD SAFAA ABBAS AL-AZZAWI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. TARKAN YORULMAZ

  5. Tez No

    421243

    Characterization of NFI transcription factors, NFIB targets and miRNAs that regulate NFIB in human neural stem cells

    İnsan nöral kök hücrelerinde NFI transkripsiyon faktörlerinn, NFIB hedef genlerinin ve NFIB ekspresyonunu düzenleyen miRNA'ların karakterizasyonu

    GÖKÇE CESUR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

Geri Dön