Transcriptional impact of TGFβ on epithelial-mesenchymal transition
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 650094
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: EMT, MET, TGFβ, Diferansiyal ekspresyon analizi, EMT, MET, TGFβ, Differential expression analysis
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Epitelel-Mezenkimal dönüşüm (EMT), epitel bir hücrenin mezenkimal bir fenotip kazanarak dönüşümüne neden olduğu bir süreçtir. Bu olay transkripsiyon faktörlerinin aktivasyonu ile gerçekleşir. Organogenez, embriyonik gelişim ve tümör hücrelerinin metastazı sırasında, hücreler EMT ve MET süreçleri yoluyla epitelyal veya mezenkimal durumlara farklılaşır. Dönüştürücü Büyüme Faktörü Beta (TGFβ) ve sinyal yolağı, EMT'nin en önemli uyarıcısıdır. TGFβ, kanser ilerlemesinde tümör baskılayıcı ve metastatik ajan olarak önemli bir rol oynar. Embriyonik gelişimden homeostaza kadar, TGFβ ve sinyal yolağının diğer regülatörleri çok önemlidir. TGFβ'nin bu süreçlerde görevli TGFβ1, TGFβ2 ve TGFβ3 olmak üzere üç izoformu vardır. Bu araştırma çeşitli biyoinformatik analizler, R programlama dili ve GSEA ve GO analizi gibi araçlar kullanılarak gerçekleştirildi. Analizde TGFβ1, TGFβ2 ve TGFβ3 izoformlarıyla muamele edilmiş insan ve fare hücrelerinin kullanıldığı genel veri kümeleri kullanılarak sonuçlar elde edildi. Tezin hipotezi doğrultusundaki bu analiz sonuçlarıyla, TGFβ izoformları arasında transkripsiyonel düzeyde, gen setleri, kanser tipleri, mutasyonlar, yolaklar ve moleküler fonksiyonlarda önemli farklılıklar tespit edildi. Araştırmanın bu sonuçları, TGFβ ve EMT alanındaki gelecek araştırmaları aydınlatma ve özellikle kanser tanı ve tedavisinde yeni terapötik bakış açıları geliştirilmesine önemli katkılar sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
An epithelial-mesenchymal transition (EMT) is a process that leads an epithelial cell to undergo a transition by gaining a mesenchymal phenotype. During organogenesis, embryogenesis and metastasis of tumor cells, cells differentiate into epithelial or mesenchymal states via EMT and MET processes. Transforming Growth Factor Beta (TGFβ) and the signaling pathway is the most important stimulator of the EMT. TGFβ plays a prominent role as a tumor suppressor and a metastatic agent in cancer progression. From embryonic development to homeostasis, TGFβ and its downstream regulators in the signaling pathway are crucial that deficiencies and mutations in the gene or on the pathway causes developmental defects, immunological diseases and poor prognosis in cancer patients. TGFβ has three isoforms that are involved in these processes; TGFβ1, TGFβ2, and TGFβ3. Analysis of the thesis were performed computationally by R programming and tools like GSEA and GO Analysis among TGFβ1, TGFβ2 and TGFβ3 isoform treated public datasets of human and mouse organisms. In the line of the hypothesis of the thesis, significant differences in transcriptional level, gene sets, cancer types, mutations, pathways and molecular functions were identified between the isoforms of the TGFβ. These results of the thesis can illuminate the further researches in the TGFβ and EMT area and obtain new therapeutic aspects particularly in cancer diagnosis and treatment.
Benzer Tezler
- Glioma hücrelerinde SIRT1 ve HSF1 etkileşiminin incelenmesi
Investigation of SIRT1 and HSF1 interactions in Glioma cells
İREM ÖĞÜTCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EVREN ÖNAY UÇAR
- Evaluation of the transcriptional level of bac operon in the bacilysin overproducer bacillus subtilis HWA strain and its physiological properties
Basilisini yüksek üreten bacillus subtilis HWA suşunda bac operon'un transkripsiyonel seviyesinin ve fizyolojik özelliklerinin değerlendirilmesi
HAYRUN NİSA ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Targeted approaches reveal epigenetic regulation of lysosomal exocytosis contributing drug sensitivity and transcriptional activation
Hedefe yönelik yaklaşimlar ile lizozomal ekzositozun epigenetik düzenlenmesinin i̇laç duyarliliği ve transkripsiyonel aktivasyon üzerindeki etkilerinin i̇ncelenmesi
BARIŞ SERGİ
Doktora
İngilizce
2025
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
PROF. DR. KİRİLL KİSELYOV
- Kuraklık stresi uygulanmış mercimek (Lens Culinaris Medik.) bitkisinin RNA dizileme yöntemi ile transkripsiyonel analizi
Transcriptional analysis of lentil (Lens culinaris Medik.) plant exposed to drought stress by RNA sequencing method
HANDE MORGİL
Doktora
Türkçe
2019
Botanikİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- TİP60 geninin fare karaciğer dokusundaki inflamasyon yolağı üzerine etkisinin gen ve protein seviyesinde araştırılması
Investigation of the impact of TIP60 gene on inflammation pathway in mouse liver at gene and protein level
ŞEYDA NUR ÇAKIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HARUN BUDAK