Development of a non-radioactive diagnostic test for the detection of microsatellite instability in colorcctl cancer
Kolon kanserinde görülen mikrosatellite kararsızlığının incelenmesi için radyoaktif olmayan bir tanı testinin geliştirilmesi
- Tez No: 65020
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Genetik, Kolon neoplazmları, Mikrosatelitler, Moleküler biyoloji, Genetics, Colonic neoplasms, Microsatellites, Molecular biology
- Yıl: 1997
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET İnsan tümörlerinde görülen mikrosatellit kararsızlığının incelenmesi için radyoaktif olmayan bir tanı testinin geliştirilmesi Korkut Vata Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. Tayfun Özçelik Ağustos 1997, 60 sayfa İnsan genomunda çeşitli sebeplerle mutasyonların oluşumu kanser gelişimi için atılan ilk adımdır. DNA tamir mekanizmasının bozulması veya eksik çalışmasına neden olan mutasyonlar ikincil olarak“mikrosatellit bölgeleri”olarak adlandırılan ve bir DNA dizi motifinin tekrarlandığı bölgelerde yeni mutasyonların oluşmasına yol açarlar. Bu mikrosatellit bölgelerinde bulunan tekrar dizileri aynı kişinin normal ve tümör gelişmiş dokusunda incelendiğinde farklılıklar gösterir. Bu durum“mikrosatellit kararsızlığı”olarak adlandırılmaktadır. Özellikle kolon kanserinin bir türü olan ailesel polipozsuz kolon kanseri başta olmak üzere bir çok kanser türünde tümör dokusunda“mikrosatellit kararsızlığının”varlığı gösterilmiştir. Yapılan son araştırmalara göre mikrosatellit kararsızlığı tümör dokusundan vücut sıvılarına (kan, idrar ve bunun gibi) kansan DNA örneklerinin incelenmesi ile de tespit edilebilmektedir. Tümör dokusunun direkt olarak incelenmesini gerektirmeyen bu gelişme kanserin erken tanısında kullanılabilecek önemli bir DNA testi olma potansiyelini taşımaktadır. Henüz araştırma laboratuvarlarında yürütülen mikrosatellit analizi deneylerinde radyoaktiviteye dayanan teknikler kullanılmaktadır. Halbuki klinik tam amaçlı DNA testlerinin radyoaktif olmayan metodlarla gerçekleştirilmesi tercih edilmektedir. Bu tezin amacı insan tümörlerinde görülen mikrosatellit kararsızlığının incelenmesi için radyoaktif olmayan bir tam testinin geliştirilmesidir. Bu nedenle aşağıda belirtilen mikrosatellit işaretleyicileri seçilmiş ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılması için gerekli koşullar optimize edilmiştir. Bu mikrosatellit işaretleyicileri şunlardır: i. tek nükleotid tekrarlan BAT25 ve BAX geninin bir bölgesi, ü. ikili nükleotid tekrarlan D5S105, D6S291, D11S904, D13S175, D17S855, ve iii dörtlü nükleotid tekrarı FGA. Buna ek olarak tek nükleotid tekrarlan altı kolorektal kanser hastasının parafine gömülü veya taze doku örnekleri ile kan örneklerinden elde edilen DNA üzerinde poliakrilamid jel elektroforezi ve gümüş boyama teknikleri kullanılarak incelenmiştir. rv
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Development of a non-radioactive diagnostic test for the detection of microsatellite instability in human tumors Korkut Vata M. S. in Molecular Biology and Genetics SupervisonAssoc. Prof. Dr. Tayfun özçelik August 1997, 60 pages Stepwise accumulation of mutations in the human genome is the initial step in carcinogenesis. Microsatellites are the regions which are first hit by the mutations resulting from mismatch repair deficiency. Until today microsatellite alterations have been shown mainly in hereditary non-polyposis colon cancer (HNPCC) and several other cancer types. Recent advances indicate that microsatellite alterations can also be detected in DNA samples (such as blood, urine, etc.), which are shed from tumors. This is an important finding for the early diagnosis of cancer since malignant cells can be detected in tissues other than the primary tumor. Therefore microsatellite analysis, when coupled with an easy, powerful screening technique could have a high diagnostic value for cancer types other than colorectal cancer. Despite its drawbacks the most common microsatellite screening method is based on the use of radioisotopes and autoradiography. However in the clinical setting non-radioactive detection methods are preferred. The aim of this thesis is development of a non-radioactive diagnostic test for the detection of microsatellite instability in genomic DNA which can be used for the early detection of some forms of cancer. Therefore we have optimized the PCR conditions for eight microsatellite markers which are: / mononucleotide repeats BAT25 and intragenic repeat region of BAX gene, ii. dinucleotide repeats D5S105, D6S291, D11S904," D13S175, D17S855, and in. tetranucleotide repeat FGA. In addition, we have analyzed the mononucleotide repeat markers in blood, paraffin embedded and fresh tumor samples of six colorectal cancer patients with polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining m
Benzer Tezler
- Meme kanseri teşhisi için melanin modifiyeli anizotropik akışa sahip mikroakışkan cihaz ile dolaşımdaki tümör kaynaklı eksozomların izolasyonu
Isolation of circulating tumor-derived exosomes with a melanin-modified anisotropic flow microfluidic device for breast cancer diagnosis
SAFİYE BETÜL BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Biyomühendislikİzmir Demokrasi ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM KALELİ CAN
DR. BUĞRA AYAN
- Meme kanserinin erken tespiti için radar tabanlı mikrodalga görüntüleme sistemi tasarlanması ve gerçekleştirilmesi
Design and realizing of a radar based microwave imaging system for early detection of breast cancer
HÜSEYİN ÖZMEN
Doktora
Türkçe
2021
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiDicle ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED BAHADDİN KURT
- Freezing fog microphysics and visibility over complex terrain based on cfact field campaign
Donan sis mikrofiziğinin ve görüş mesafesinin dağlik alanlarda cfact proje verileri kullanilarak analizi
ONUR DURMUŞ
Doktora
İngilizce
2025
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ŞEN
- Radyonüklid işaretli manyetik nanoparçacıkların ve türevlerinin sentezlenmesi ve teranostik potansiyellerinin araştırılması
Synthesis of radionuclide labeled magnetic nanoparticles and their derivatives and investigation of their theranostic potentials
ELİF TUTUN
- Sürekli tip cam ergitme fırınları için hesaplamalı akışkanlar dinamiği tabanlı indirgenmiş model geliştirilmesi
Development of a computational fluid dynamics based reduced order model for continuous glass melting furnaces
ENGİN DENİZ CANBAZ
Doktora
Türkçe
2025
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT GÜR