Geri Dön

Amino asitler arasındaki hidrofobik etkileşimlerin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Molecular modelling of hydrophobic interactions between amino acids

PDF İndir

  1. Tez No: 650274
  2. Yazar: SEDA GEZER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Hidrofobik Etkileşim, Valin, Lösin, İzolösin, Moleküler Modelleme, Amino asitler, Hidrofobik etkileşimler, Modelleme, Moleküler özellikler, Moleküller, Hydrophobic Interaction, Valine, Leucine, Isoleucine, Molecular Modelling, Amino acids, Hydrophobic interactions, Modelling, Molecular properties, Molecules
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Hidrofobik moleküller genellikle uzun karbon zincirlerinden oluşurlar ve su ile etkileşmezler. Hidrofobik etkileşimler, proteinlerin katlanması için önemlidir. Bu, proteinin stabil ve biyolojik olarak aktif kalmasında önemlidir. Çünkü proteinin su ile istenmeyen etkileşimlerini azaltır. Tez çalışmamızda seçilen amino asitler; valin, lösin ve izolösindir. Bu amino asitler esansiyel ve non-polar amino asitlerdir. Bu tez için seçtiğimiz amino asitlerin ve birbirleri ile olan etkileşimlerinin başlangıç yapılarını oluşturmak için Spartan16 programı kullanıldı. Spartan16 programında moleküler mekanik yöntemi ile konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Sonra bu yapıların Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) metodu uygulanarak moleküler modellemesi yapıldı. Hesaplamalar Gaussian16 programında, ωB97xD/6-311++G(d,p) seviyesinde yapıldı. Vakum ve su olmak üzere iki ayrı ortam kullanıldı. Enerji hesaplamaları bittikten sonra Multiwfn programı kullanılarak aralarında oluşan etkileşimleri ve bağların yoğunluğunu gösteren bir Reduced Density Gradient (RDG) grafiği oluşturuldu. Bu amino asitlerin konformasyonlarını bulmamız, bu amino asitlerin temel özelliklerini ve rölatif kararlılıklarını anlamamızı da sağlar. Bu çalışmada da seçilen amino asitlerin birbirleri ile etkileşimleri incelenmiştir.

Özet (Çeviri)

Hydrophobic molecules usually consist of long carbon chains and not interact with water. Hydrophobic interactions are important for the folding of proteins. This is the protein that It is important for keeping it stable and biologically active. Because protein is undesirable with water reduces their interactions. The amino acids selected in our thesis study; valine, leucine and isoleucine. These amino acids are essential and are non-polar amino acids. The Spartan16 program was used to create the initial structures of the amino acids we selected for this thesis and their interactions with each other. In Spartan16 program, conformational distribution was applied with molecular mechanics method. Then molecular structures of these structures were made by applying Density Functional Theory (DFT) method. Calculations in the Gaussian16 program were made at the level of ωB97xD / 6-311 ++ G (d, p). Two different media were used: vacuum and water. After the energy calculations were completed, a Reduced Density Gradient (RDG) graph was created using the Multiwfn program, which shows the interactions between them and the intensity of the bonds. Finding the conformations of these amino acids, the basic of these amino acids it also allows us to understand its properties and relative stability. The amino chosen in this study interactions of acids with each other have been investigated.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    315290

    The investigation of oxidative decomposition of phenyl alanine by transition metal ions

    Fenil alaninin geçiş metalleri tarafından oksidatif yıkımının incelenmesi

    AYDIN ÖZMALDAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA

  2. Tez No

    864862

    Molecular dynamics investigation of the effects of F318L mutation on yeast Hog1 protein

    F318L mutasyonunun maya Hog1 proteini üzerindeki etkilerinin moleküler dinamik araştırması

    ALTUĞ ULUDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA

  3. Tez No

    949414

    Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers

    Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu

    ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HANDE CANPINAR

  4. Tez No

    658454

    Hierarchically porous high surface area polymers with interconnected pores for fast and selective albumin adsorption

    Hızlı ve seçici albümin adsorpsiyonu için hiyerarşik ve birbirine bağlı gözenek yapısına sahip olan yüksek yüzey alanlı polimerler

    MERVE SÜSLÜKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDEM YAVUZ

  5. Tez No

    720151

    Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains

    Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    ŞEVVAL UYSALCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ

Geri Dön