Amino asitler arasındaki hidrofobik etkileşimlerin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Molecular modelling of hydrophobic interactions between amino acids
- Tez No: 650274
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Hidrofobik Etkileşim, Valin, Lösin, İzolösin, Moleküler Modelleme, Hydrophobic Interaction, Valine, Leucine, Isoleucine, Molecular Modelling
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 192
Özet
Hidrofobik moleküller genellikle uzun karbon zincirlerinden oluşurlar ve su ile etkileşmezler. Hidrofobik etkileşimler, proteinlerin katlanması için önemlidir. Bu, proteinin stabil ve biyolojik olarak aktif kalmasında önemlidir. Çünkü proteinin su ile istenmeyen etkileşimlerini azaltır. Tez çalışmamızda seçilen amino asitler; valin, lösin ve izolösindir. Bu amino asitler esansiyel ve non-polar amino asitlerdir. Bu tez için seçtiğimiz amino asitlerin ve birbirleri ile olan etkileşimlerinin başlangıç yapılarını oluşturmak için Spartan16 programı kullanıldı. Spartan16 programında moleküler mekanik yöntemi ile konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Sonra bu yapıların Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) metodu uygulanarak moleküler modellemesi yapıldı. Hesaplamalar Gaussian16 programında, ωB97xD/6-311++G(d,p) seviyesinde yapıldı. Vakum ve su olmak üzere iki ayrı ortam kullanıldı. Enerji hesaplamaları bittikten sonra Multiwfn programı kullanılarak aralarında oluşan etkileşimleri ve bağların yoğunluğunu gösteren bir Reduced Density Gradient (RDG) grafiği oluşturuldu. Bu amino asitlerin konformasyonlarını bulmamız, bu amino asitlerin temel özelliklerini ve rölatif kararlılıklarını anlamamızı da sağlar. Bu çalışmada da seçilen amino asitlerin birbirleri ile etkileşimleri incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Hydrophobic molecules usually consist of long carbon chains and not interact with water. Hydrophobic interactions are important for the folding of proteins. This is the protein that It is important for keeping it stable and biologically active. Because protein is undesirable with water reduces their interactions. The amino acids selected in our thesis study; valine, leucine and isoleucine. These amino acids are essential and are non-polar amino acids. The Spartan16 program was used to create the initial structures of the amino acids we selected for this thesis and their interactions with each other. In Spartan16 program, conformational distribution was applied with molecular mechanics method. Then molecular structures of these structures were made by applying Density Functional Theory (DFT) method. Calculations in the Gaussian16 program were made at the level of ωB97xD / 6-311 ++ G (d, p). Two different media were used: vacuum and water. After the energy calculations were completed, a Reduced Density Gradient (RDG) graph was created using the Multiwfn program, which shows the interactions between them and the intensity of the bonds. Finding the conformations of these amino acids, the basic of these amino acids it also allows us to understand its properties and relative stability. The amino chosen in this study interactions of acids with each other have been investigated.
Benzer Tezler
- The investigation of oxidative decomposition of phenyl alanine by transition metal ions
Fenil alaninin geçiş metalleri tarafından oksidatif yıkımının incelenmesi
AYDIN ÖZMALDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
- Molecular dynamics investigation of the effects of F318L mutation on yeast Hog1 protein
F318L mutasyonunun maya Hog1 proteini üzerindeki etkilerinin moleküler dinamik araştırması
ALTUĞ ULUDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA
- Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains
Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
ŞEVVAL UYSALCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ
- Endokrin bozucu hormonlara özgü gravimetrik nanosensörün hazırlanması ve moleküler modellenmesi
Preparation and molecular modelling of specific gravimetric nanosensor for endocrine disrupting hormones
GÜLGÜN AYLAZ
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiNanoteknoloji ve Nanotıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MÜGE ANDAÇ
- Piridazinon-üre türevi yeni bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktiviteleri üzerine çalışmalar
Studies on synthesis and biological activity of novel pyridazinon-urea derivatives
AROOJ BAKHT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEN BANOĞLU