Geri Dön

Amino asitler arasındaki hidrofobik etkileşimlerin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Molecular modelling of hydrophobic interactions between amino acids

  1. Tez No: 650274
  2. Yazar: SEDA GEZER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Hidrofobik Etkileşim, Valin, Lösin, İzolösin, Moleküler Modelleme, Hydrophobic Interaction, Valine, Leucine, Isoleucine, Molecular Modelling
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 192

Özet

Hidrofobik moleküller genellikle uzun karbon zincirlerinden oluşurlar ve su ile etkileşmezler. Hidrofobik etkileşimler, proteinlerin katlanması için önemlidir. Bu, proteinin stabil ve biyolojik olarak aktif kalmasında önemlidir. Çünkü proteinin su ile istenmeyen etkileşimlerini azaltır. Tez çalışmamızda seçilen amino asitler; valin, lösin ve izolösindir. Bu amino asitler esansiyel ve non-polar amino asitlerdir. Bu tez için seçtiğimiz amino asitlerin ve birbirleri ile olan etkileşimlerinin başlangıç yapılarını oluşturmak için Spartan16 programı kullanıldı. Spartan16 programında moleküler mekanik yöntemi ile konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Sonra bu yapıların Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) metodu uygulanarak moleküler modellemesi yapıldı. Hesaplamalar Gaussian16 programında, ωB97xD/6-311++G(d,p) seviyesinde yapıldı. Vakum ve su olmak üzere iki ayrı ortam kullanıldı. Enerji hesaplamaları bittikten sonra Multiwfn programı kullanılarak aralarında oluşan etkileşimleri ve bağların yoğunluğunu gösteren bir Reduced Density Gradient (RDG) grafiği oluşturuldu. Bu amino asitlerin konformasyonlarını bulmamız, bu amino asitlerin temel özelliklerini ve rölatif kararlılıklarını anlamamızı da sağlar. Bu çalışmada da seçilen amino asitlerin birbirleri ile etkileşimleri incelenmiştir.

Özet (Çeviri)

Hydrophobic molecules usually consist of long carbon chains and not interact with water. Hydrophobic interactions are important for the folding of proteins. This is the protein that It is important for keeping it stable and biologically active. Because protein is undesirable with water reduces their interactions. The amino acids selected in our thesis study; valine, leucine and isoleucine. These amino acids are essential and are non-polar amino acids. The Spartan16 program was used to create the initial structures of the amino acids we selected for this thesis and their interactions with each other. In Spartan16 program, conformational distribution was applied with molecular mechanics method. Then molecular structures of these structures were made by applying Density Functional Theory (DFT) method. Calculations in the Gaussian16 program were made at the level of ωB97xD / 6-311 ++ G (d, p). Two different media were used: vacuum and water. After the energy calculations were completed, a Reduced Density Gradient (RDG) graph was created using the Multiwfn program, which shows the interactions between them and the intensity of the bonds. Finding the conformations of these amino acids, the basic of these amino acids it also allows us to understand its properties and relative stability. The amino chosen in this study interactions of acids with each other have been investigated.

Benzer Tezler

  1. The investigation of oxidative decomposition of phenyl alanine by transition metal ions

    Fenil alaninin geçiş metalleri tarafından oksidatif yıkımının incelenmesi

    AYDIN ÖZMALDAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA

  2. Molecular dynamics investigation of the effects of F318L mutation on yeast Hog1 protein

    F318L mutasyonunun maya Hog1 proteini üzerindeki etkilerinin moleküler dinamik araştırması

    ALTUĞ ULUDAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA

  3. Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains

    Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    ŞEVVAL UYSALCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ

  4. Endokrin bozucu hormonlara özgü gravimetrik nanosensörün hazırlanması ve moleküler modellenmesi

    Preparation and molecular modelling of specific gravimetric nanosensor for endocrine disrupting hormones

    GÜLGÜN AYLAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Nanoteknoloji ve Nanotıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE MÜGE ANDAÇ

  5. Piridazinon-üre türevi yeni bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktiviteleri üzerine çalışmalar

    Studies on synthesis and biological activity of novel pyridazinon-urea derivatives

    AROOJ BAKHT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Eczacılık ve FarmakolojiGazi Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDEN BANOĞLU