Melanom tedavisine yönelik olarak ilaçların yeniden konumlandırılması ve moleküler kenetlenme çalışmaları
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 658001
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ÖZBABACAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TURANLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 132
Özet
Yüksek ölüm oranları olan melanom olayları küresel olarak hızlı bir şekilde artmaktadır ve tedavideki zorluklar etkin ilaç keşif yöntemlerinin geliştirilmesini çok önemli kılmaktadır. İlaçların yeniden konumlandırılması, mevcut ilaçlar için yeni kullanım alanları sağlayan yenilikçi bir yaklaşımdır. Bu tez çalışması ile hesaplamalı yaklaşımlar olan ilaçların yeniden konumlandırılması ve moleküler kenetlenme metotları birleştirilerek melanom tedavisine yönelik ilaç geliştirme çabalarına katkıda bulunmak hedeflenmektedir. Bu doğrultuda ilk olarak gen ekspresyonu rehberli bir arama aracı olan geneXpharma kullanılarak, melanoma yönelik anlamlı ilaç-gen çiftleri tahmin edilmiştir. Tahmin edilen ilaç-gen çiftleri kanserle ilgilerine göre gruplandırılarak (kanser tedavisinde kullanılan; kanser tedavisinde tamamlayıcı olarak kullanılan; henüz kanser tedavisi ile ilişkilendirilmemiş olan ve rastgele seçilen kontrol grubu) her grup için temsili ilaç-gen çiftleri seçilmiştir. Son olarak, bu seçilmiş çiftlerdeki genler tarafından kodlanan proteinler ve ilgili ilaçlar için moleküler kenetlenme (docking) çalışmaları yapılmış ve her gruptan seçilen bazı ilaç-protein çiftlerinin kenetlenmiş yapıları detaylı olarak incelenmiştir. Analizler sonucunda moleküler kenetlenme ile tahmin edilen ilaç-protein yapılarından bazılarının veri olan durumlarda literatüre uyumlu olduğu gösterilmiş, bazı etkileşimler ise yapısal detaylarıyla birlikte ilk defa bu tez çalışmaanda önerilmiştir. Sonuç olarak, melanom tedavisine yönelik yeniden konumlandırılan aday ilaçlar arasından öne çıkan üç ilaç: astım ve kronik obstrüktif akciğer hastalığında kullanılan Salmeterol, Hepatit ve HIV'ye yönelik kullanılan Tenofovir ve kalp yetmezliği, hipertansiyon gibi hastalıkların endikasyonunda kullanılan Bepridil olarak tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
There is a rapid increase in the melanoma incidences globally with high mortality rates. The challenges in the treatment maket the development of efficient drug discovery methods are crucial. Drug repositioning is an innovative approach providing new usage areas for existing drugs. This study aims to combine the computational approaches of drug repositioning and molecular docking to contribute to the drug development efforts against melanoma. Towards this aim, a gene expression-guided search tool (geneXpharma) was used to predict the significantly relevant drug-gene pairs in melanoma. The predicted significant drug-gene pairs were then categorized into groups based on their relevance to cancer (antineoplastic; combinatorial therapy; not related to cancer treatment yet and random drug-gene pairs). The representative pairs were selected for each group. Lastly, molecular docking studies were performed for the proteins encoded by the listed significant genes and their ligand drugs. Selected the docking results for the drug-protein pairs in each group were further analyzed structurally. As a result of this study, the predicted drug-protein structures through molecular docking were shown to agree with literature (if data available) and novel drugs, with structural binding details, were suggested for melanoma. In conclusion, among the drugs repositioned for melanoma, the top three drugs are determined as: Salmeterol used in chronic obstructive pulmonary disease, Tenofovir used against Hepatitis and HIV and Bepridil, used in the indication of diseases such as heart failure and hypertension.
Benzer Tezler
- Melanom ve yaşlanma için gen ekspresyon verilerinden faydalanarak ortak mekanizmaların keşfedilmesi ve bunlara yönelik ilaç önerileri
Discovering common mechanisms and drugs for melanoma and aging based on gene expression data
EDANUR AKARSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER
- Yüzeyi modifiye edilmiş antineoplastik ajan içeren katı lipid nanopartikül formulasyonların geliştirilmesi ve melanomda etkisinin değerlendirilmesi
Development of surface modified antineoplastic agent-loaded solid lipid nanoparticle formulations and evaluation of the effects on melanoma
ZEYNEP İŞLEK
Doktora
Türkçe
2020
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEVSER ÖZGEN ÖZER
- Deri kanseri tedavisine yönelik pirol katkılı amiloid tabanlı nanofibröz doku iskelesinin kullanımının araştırılması
Investigation of the use of pyrrole doped amyloid based nanofibrous scaffold for skin cancer therapy
AHMET ERSİN MEYDAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH BÜYÜKSERİN
- BRAF ve CDKN2A mutant insan A375 melanom hücre hattında Vemurafenib ve Palbosiklib kombinasyonunun sitotoksisite ve apoptozis üzerine etkisi
The cytotoxic and apoptotic effects of Palbocyclib-Vemurafenib combination in BRAF and CDKN2A mutant human A375 melanoma cells
AYŞENUR ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
OnkolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞAZİYE BURÇAK KARACA
- Kanser tedavisinde kullanılan hedefe yönelik ilaçların dermatolojik yan etkileri ve yönetimi
Dermatologic side effects and management for patients used targeted cancer therapies
UĞUR ÇELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Dermatolojiİstanbul ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTUĞRUL HASBİ AYDEMİR
PROF. DR. BURHAN ENGİN