Çocuk idrar örneklerinden escherichia coli izolasyonu; genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz pozitif izolatların antibiyotik duyarlılıkları, direnç ile virülens genlerinin analizi ve filogenetik gruplarının belirlenmesi
Escherichia coli isolation from child urine samples; antibiotic sensitivity of expanded spectrum beta-lactamase positive isolates, analysis of resistance and virulian genes and determination of phylogenetic groups
- Tez No: 659271
- Danışmanlar: PROF. DR. MİTAT ŞAHİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Çocuk, İdrar yolu enfeksiyonları, E. coli, Antibiyotik duyarlılığı, Virülens geni, Filogenetik sınıflandırma, Child, Urinary tract infections, E. coli, Antibiotic susceptibility, Virülens gene, Phylogenetic classification
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yakın zamanlardaki akademik çalışmalar incelendiğinde, enfeksiyon türleri arasında üriner sistem enfeksiyonlarının yaygın olduğu görülmektedir. Özellikle çocuklarda sıklık bakımından ikinci sırada yer alan üriner sistem enfeksiyonlarının en önemli etkeni ise E. coli olarak açıklanmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Kafkas Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinin çeşitli polikliniklerine idrar yolu enfeksiyonu şikayetiyle başvuran çocuklardan alınan idrar örneklerinin farklı özelliklerinin incelenmesidir. Çalışmada, 1077 idrar örneği incelenmiş ve bunların 350 tanesinde, bakteri üremesi tespit edilmiştir. Bu izolatlardan 237 tanesi E. coli olarak tanımlanmıştır. Çift Disk Sinerji Testi ile 80 adet E. coli izolatında GSBL varlığı saptanmıştır. Elde edilen GSBL pozitif izolatların antibiyogram duyarlılık incelemelerinde, 16 farklı antibiyotik diski kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Daha sonra bu izolatlar içerisinde direnç genlerinin varlığı PCR yöntemleri ile incelenmiş ve bu amaçla TEM, SHV, CTX-M ve OXA-2 direnç genleri araştırılmıştır. Araştırmada ayrıca, GSBL pozitif E. coli izolatlarında pap, sfa, cnf, aer ve hly virülens genlerinin varlığı, multipleks PCR yöntemiyle incelenmiştir. Son aşamada ise, kullanılan E. coli izolatlarının hangi filogenetik grupta olduğunun belirlemesi multipleks PCR yöntemi ile yapılmıştır. GSBL pozitif izolatların antibiyogram testinde Ampisilin, 63 (%78,8) direnç oranı ile en fazla dirençle karşılaşan antibiyotik olmuştur. Bunu, 49 izolat (%61,3) ile Sefazolin, Sefiksim, Seftazidim, Sefuroksim aksetil takip etmiştir. 48 izolatta (%60) Seftriakson direnci ile karşılaşırken, Sefepim için bu değer 46 izolat (%57,5) olmuştur. Amoksisilin-klavulanik asite karşı belirlenen direnç miktarı 30 (%37,5) olarak belirlenmiştir. Buna yakın bir değer ise, 28 izolat ile (%35) Trimetoprim-sulfametoksazole karşı elde edilmiştir. Siprofloksasin 10 (%12,5), Levofloxacin 9 (%11,3), Gentamisin 7 (%8,8), Tazobaktam piperasillin 3 (%3,8), Amikasin ve Nitrofurantoine 2 (%2,5) oranında direnç gösteren E. coli izolatı belirlenmiştir. Fosfomisine dirençli izolat belirlenmemiştir. GSBL pozitif 80 E. coli izolatının 79 tanesinde PCR yöntemi ile direnç geni varlığı belirlenmiştir. En fazla rastlanan direnç geni 69 izolat (%86,3) ile TEM olurken, 39 izolat (%48,8) ile SHV ikinci sırada yer almıştır. CTX-M direnç genini bulunduran E. coli izolatlarının sayısı ise 20 (%25) olarak bulunmuştur. En düşük direncin ise 8 izolat (%10) ile OXA-2 direnç genine olduğu belirlenmiştir. Virülens genlerini belirlemek için yapılan PCR incelemelerinde, sırasıyla aer 41 (%51,2), pap 35 (%43,8), cnf 15 (%18,8), sfa ve hly 9 (%11,3) oranında tespit edilen virülens genler olmuştur. E. coli izolatlarının filogenetik gruplandırmasında ise en fazla B2 filogenetik grubuna ait izolat belirlenmiştir 51 (%63,7). İkinci sırada ise B1 filogenetik grubuna ait E. coli izolatları yer almıştır 15 (%18,8). A ve D filogenetik grubuna ait E. coli izolatlarının sayısı ise 7 (%8,8) olarak tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, idrar yolu enfeksiyonuna sebep olan GSBL pozitif E. coli izolatların direnç ve virülens genleri ile filogenetik grup bakımından farklılıkların olabileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
When recent academic studies are examined, it is seen that urinary tract infections are common among types of infections. E. coli is the most important cause of urinary tract infections, which ranks second in frequency, especially in children. The aim of this study is to examine the different characteristics of urine samples taken from children who applied to various polyclinics of Kafkas University Research and Application Hospital with the complaint of urinary tract infection. In the study, 1077 urine samples were examined and bacterial growth was detected in 350 of them. 237 of these isolates were identified as E. coli. ESBL was detected in 80 E. coli isolates with the Double Disk Synergy Test. Antibiogram susceptibility studies of ESBL positive isolates were performed using 16 different antibiotic discs. Then, the presence of resistance genes in these isolates was investigated by PCR methods and for this purpose, TEM, SHV, CTX-M and OXA-2 resistance genes were investigated. In addition, the presence of pap, sfa, cnf, aer and hly virulence genes in ESBL positive E. coli isolates was investigated by multiplex PCR method. In the last stage, the phylogenetic group of E. coli isolates used was determined by multiplex PCR method. In the antibiogram test of ESBL positive isolates, Ampicillin was the antibiotic that encountered the most resistance with a resistance rate of 63 (%78,8). This was followed by Cefazolin, Cefixime, Ceftazidime, Cefuroxime axetil with 49 isolates (%61,3). While 48 isolates (%60) encountered Ceftriaxone resistance, this value was 46 isolates (%57,5) for Cefepime. The amount of resistance against Amoxicillin-clavulanic acid was determined as 30 (%37,5). A value close to this was obtained with 28 isolates (%35) against Trimethoprim-sulfamethoxazole. Ciprofloxacin 10 (%12,5), Levofloxacin 9 (%11,3), Gentamicin 7 (%8,8), Tazobactam piperacillin 3 (%3,8), E. coli isolates were determined to be resistant to Amikacin and Nitrofurantoin at a rate of 2 (%2,5). Fosfomycin resistant isolate has not been identified. Resistance gene presence was determined by PCR method in 79 of 80 ESBL positive E. coli isolates. While TEM was the most common resistance gene with 69 isolates (%86,3), SHV ranked second with 39 isolates (%48,8). The number of E. coli isolates containing the CTX-M resistance gene was found to be 20 (%25). The lowest resistance was determined to be OXA-2 resistance gene with 8 isolates (%10). In PCR examinations performed to determine virulence genes, aer 41 (%51,2), respectively; pap 35 (%43,8), cnf 15 (%18,8), sfa and hly were virulent genes detected in 9 (%11,3). In the phylogenetic grouping of E. coli isolates, the highest number of isolates belonging to the B2 phylogenetic group was determined 51 (%63,7). E. coli isolates belonging to the B1 phylogenetic group took the second place 15 (%18,8). The number of E. coli isolates belonging to the A and D phylogenetic group was determined as 7 (%8,8). The results obtained showed that there may be differences between resistance and virulence genes and phylogenetic groups of ESBL positive E. coli isolates that cause urinary tract infection.
Benzer Tezler
- İdrar yolu infeksiyonlarından bakteri izolasyonu ve izole edilen bakterilerin çeşitli antibiyotiklere duyarlılıkları
Bacteria isolation from urinary system infections and susceptibility to various antibiotics of isolated bacterias
HİÇRAN ALKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALİH OTLU
- İdrar yolu infeksiyonu olan çocuklarda escherichia coli izolasyon sıklığı, antibiyotik direnci ve çeşitli virulans faktörlerinin araştırılması
Investigation of antibiotics resistance and various virulance factors of escherichia coli starins isolated from children with urinary tract infection
NEŞE URDOĞAN İNAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherıchıa colı izolatlarında virülans faktörleri, filogenetik grup özellikleri ve st131 klonu varlığının araştırılması
Investigation of virulence factors, phylogenetic group features, and the presence of ST131 clone in escherichia coli isolates, A urinary tract infection agent in children
SELİN GAMZE KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLLÜ İŞTAR DOLAPÇI
- Çocukluk çağı üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherichia coli suşlarında siderofor varlığının araştırılması
Başlık çevirisi yok
FÜSUN ERLER
- Üriner sistem infeksiyonu bulunan çocukların idrarlarından izole edilen Escherichia coli suşlarında p fimbria ve diğer virülans özelliklerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA ZEKİ RUHİ
Doktora
Türkçe
1998
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ÖZENCİ