Development of aptamer based CD62 diagnostic kit
Aptamer tabanlı CD62 tanı kiti geliştirilmesi
- Tez No: 663255
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGE ÇEVİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hastalığa özgü biyobelirteçler, teşhis ve önleyici veya terapötik stratejilerin etkinliğinin izlenmesi dahil olmak üzere patolojik süreçlerin zamanında ve etkin yönetimi için önemli bir araçtır. P-selektin, aktive edilmiş trombositler ve endotel hücreleri tarafından spesifik olarak eksprese edilir ve trombüs oluşumu, immün yanıt oluşumu gibi birçok fizyolojik süreçte rol alır. Kalp krizi, felç, bazı immün hastalıklar ve kanser gibi bazı patolojik durumlarda serum ve plazma p-selektin (CD62) düzeylerinin arttığı bilinmektedir. Günümüze kadar, p-selektin düzeylerini ölçmek için birçok yöntem geliştirilmiştir. Aptamerler, moleküler şekilleri temelinde belirli biyomolekülleri hedeflemek için kullanılabilir. Eksponansiyel zenginleştirme ile Ligandların Sistematik Evrimi (SELEX), spesifik makromoleküler hedefler için yüksek afiniteli aptamerlerin seçilmesinde kullanılan yaklaşımdır. Bu çalışmada, CD62'nin ölçümü için aptamer tabanlı yeni bir kit geliştirilmiştir. Ġlk olarak, CD62'ye spesifik olarak bağlanan aptamerler, SELEX yöntemi kullanılarak izole edilmiştir. Kullanılan aptamerler arasında Apt-1, Apt-2 ve Apt-3 yüksek afinite ile CD62 proteinine bağlanmıştır. CD62'ye en yüksek afinite ile bağlanan Apt-2 için bağlanma sabiti -9,6 kcal/mol ve ayrılma sabiti (Kd) 18,15 ± 2,36 nM olarak bulunmuştur. Özgünlük testinde negatif kontrol olarak sığır serum albümini kullanılmış ve seçilen aptamerlerin bu proteine bağlanmadığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma ile CD62'nin ölçümü için hassas, spesifik, zaman tasarruflu ve düşük maliyetli bir kit geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Disease-specific biomarkers consider as important tool for the pathological conditions efficient management, including susceptibility determination, diagnosis, and preventive monitoring efficacy. P-selectin is selectively expressed after platelets activation, and it is involved in formation of thrombus, and also in immune response. It is known that serum and plasma p-selectin (CD62) levels increase in some pathological conditions such as heart attack, stroke, some immune diseases and cancer. To date, a lot of methods have been developed to measure p-selectin level. Aptamers use for targeting specific biomarkers on their molecular shape the basis. SELEX (The Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment) is a process which uses to choose aptamers with high affinity for targeting specific macromolecular. In this study, a new aptamer-based kit was developed to measure CD62. Firstly, aptamers that specifically bind to CD62 were isolated using the SELEX method. Among the used aptamers, Apt-1, Apt-2 and Apt-3 were bound to CD62 protein with high affinity. The Apt-2, which binds with the highest affinity to CD62, the binding constant is -9,6 kcal/mol and dissociation constant (Kd) is 18.15±2.36 nM. We used Bovine serum albumin in the specificity test as a negative control and it was determined that there is no binding between the selected aptamers did not and this protein. The Intra and Inter assay performing showed that the average of Intra-assay was CV % 6,52 and the average of Inter-assay CV % 3,96. As a result, a sensitive, specific, time-saving and low cost kit was developed for the measurement of CD62 with this study
Benzer Tezler
- Development and applications of nanomaterials enriched aptamer based electrochemical biosensors
Nanomalzemelerle zenginleştirilmiş aptamer tabanlı elektrokimyasal biyosensör geliştirilmesi ve analitik uygulamaları
İREM AYDIN KIRLANGIÇ
Doktora
İngilizce
2022
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA NİL ERTAŞ
PROF. DR. PINAR KARA KADAYIFCILAR
- Generation of aptamer against Salmonella serovar enteritidis and development of aptamer-based capillary biosensor
Salmonella enteritidis'e karşı aptamer seçimi ve aptamer tabanlı kapiler biyosensorün geliştirilmesi
CEREN BAYRAÇ
Doktora
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF. DR. FÜSUN EYİDOĞAN
- Crohn hastalığında kalprotektin tayini için aptamer temelli biyosensör geliştirilmesi
Development of aptamer-based biosensor for the determination of calprotectin in crohn's disease
ÇİĞDEM GÖZDE ASLAN
- Yasa dişi maddelerin tükürükten tespitine yönelik aptamer tabanlı In Vitro hızlı tanı kitlerinin geliştirilmesi
Development of aptamer based In Vitro diagnostic kits for the detection of illicit drugs in saliva
BİLGE ERKOÇYİĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE GÜLER ÇELİK
- Karsinoembriyonik antijen tayini için aptamer esaslı yöntemlerin geliştirilmesi
Development of aptamer-based methods for determination of carcinoembrionic antigen
ASLI ERKAL AYTEMUR
Doktora
Türkçe
2023
KimyaNecmettin Erbakan ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ENDER MÜLAZIMOĞLU
PROF. DR. ZAFER ÜSTÜNDAĞ