Generation of aptamer against Salmonella serovar enteritidis and development of aptamer-based capillary biosensor
Salmonella enteritidis'e karşı aptamer seçimi ve aptamer tabanlı kapiler biyosensorün geliştirilmesi
- Tez No: 385098
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM, PROF. DR. FÜSUN EYİDOĞAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 202
Özet
Gıda zehirlenmeleri insan sağlığını tehdit eden önemli hastalıklar arasında yerini almaktadır. Belirlenen bütün patojenler arasında Salmonella dünyada en yaygın görülen gıda kaynaklı enfeksiyon hastalıklarının sebebi olmaktadır. 2500 fazla serotip içinde Salmonella enterica serovar Enteritidis insan hastalıkları ile bağlantılı yaygın bir gıda patojenidir. Hücre kültürü ve polimeraz zincir reaksiyonu gibi sınırlı ve zaman alıcı tanı sistemleri yeni tanı sistemlerine duyulan ihtiyacı arttırmaktadır. Bu yüzden bu çalışmada S. Enteritidis' e bağlanıp tanıyabilen DNA aptamerlerini bulmak amacıyla Cell-SELEX adı verilen yöntem kullanılmış ve bunları aptamer tabanlı sandaviç çeşidinde tanıma platform geliştirmek için uygulanmıştır. Seçilim işlemi 12. SELEX turunda bitirilmiş ve 3 dizi daha sonraki çalışmalar için aday aptamer seçilmiştir. Bunların arasında, crn-1 ve crn2 S .Enteritidis e karşı yüksek özgünlük ve 0.971 x 10-6 M ve 0.309 x 10 -6 M K d değerleri ile yüksek afinite gösterdi. Aptamer tabanlı sandviç platform oluşturulması S. aureus aptameri (SA-31) ile optimize edildi. Optimum parametreler 10 μM yakalayıcı aptamer, 10 μM sinyal aptamer, 10 μL/sec enjeksiyon hızıyla yıkama ve % 5'lik BSA ile yüzey bloklama olarak bulundu. S. Enteritidis aptamerleri daha sonra bu optimum parametrelerle platform uygulandı. crn-1 ve crn-2 tabanlı platformların tanı limiti 103 CFU/mL bulundu. Tanı platformlarının 4ºC ve 37ºC'deki örneklere karşı yanıtları değerlendirildi. Crn-1 tabanlı platform sadece 4 ºC'de yanıt verirken crn-2 tabanlı platformun 4ºC ve 37ºC'de yanıt verdiği görüldü.
Özet (Çeviri)
Food poisoning became one of the most important diseases that threaten to human health. Among all the food-borne pathogens, Salmonella is the most common cause of food-borne infectious disease in the world. Among over 2500 serovars, Salmonella enterica serovar Enteritidis is a common foodborne pathogen associated with human diseases. Limited and time consuming diagnostic techniques such as culturing method or polymerase chain reaction lead to increase in the demands of new detection methods. Therefore, in this study we used Cell-SELEX to find DNA aptamers that bind and recognize S. Enteritidis as a sensing element and applied them to construct aptamer based sandwich type detection platform. Selection was finished at round 12 of SELEX and three sequences were determined as candidate aptamers for further studies. Among them, crn-1 and crn-2 showed high specificity and affinity against S. Enteritidis with K d of 0.971 x 10-6 M and 0.309 x 10-6 M, respectively. The construction of aptamer based sandwich type platform was optimized with the use of S. aureus aptamer (SA-31). The optimum parameters were found as 10 μM capturing aptamer, 10 μM signaling aptamer, washing at 10 μL/sec injection speed and 5% of BSA as surface blocker. Aptamers for S. Enteritidis were then applied to platform with these optimum parameters. The detection limits of crn-1 and crn-2 based platforms were 103 CFU/mL. The response of detection platforms were evaluated for samples at 4ºC and 37ºC. It was observed that crn-1 based platform gave responses only at 4ºC, while crn-2 based platform responded at 4ºC and 37ºC.
Benzer Tezler
- ICAM-1 proteinine karşı DNA aptamerlerinin geliştirilmesi
Development of DNA aptamers against ICAM-1 protein
DENİZ YİĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyomühendislikKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
- Streptococcus pneumoniae için DNA aptamerlerin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of DNA aptamers against streptococcus pneumoniae
SULTAN İLAYDA DÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
- Aptamer based biosensor design for gluten detection
Glüten tespiti için aptamer tabanlı biyosensör tasarımı
GÖKAY SU YEŞİLYURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyomühendislikİstanbul Bilgi ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜR GÜL
- Polimerleri temel alarak biyofonksiyonel yüzey tasarımı ve hücre adezyonuna yönelik uygulamaları
Design of biofunctional surfaces based on polymers and its' application to cell adhesion
SULTAN SACİDE GELEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK ODACI DEMİRKOL
DOÇ. DR. ESRA EVRİM YALÇINKAYA
- Three dimensional micro/nano-patterning of biomolecules for high throughput physiological sensing
Yüksek verimli fizyolojik teşhis için biomoleküllerin üç boyutlu mikro/nano-modellenmesi
LEYLA NESRİN KAHYAOĞLU
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikPurdue UniversityBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JENNA L RICKUS