Association mapping of underground traits in potato (Solanum tuberosum L.)
Patateste (Solanum tuberosum L.) toprak alti özelliklerinin ilişkilendirme haritalamasi
- Tez No: 672790
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 238
Özet
Yumru bitkileri, kök, gövde ve yumru fenotiplemesinde ölçülebilir biyolojik varyasyona sahiptir ve bu varyasyonlar, bu özellikleri kontrol eden genomik bölgeleri tanımlamak için kullanılabilir. Bu çalışma, bu konuda yapılan ilk kapsamlı ilişkilendirme haritalaması çalışmasıdır. Biyolojik olarak önemli bir varyasyonu ortaya çıkarmak için genetik varyasyonu yüksek olan 192 tetraploid patates (Solanum tuberosum L.) genotipinden oluşan paneldeki bitkiler aeroponik ve saksılarda büyütülmüştür. Kök özellikleri için fenotipleme WinRHIZO programıyla yapılırken stolon ve yumru özellikleri için manuel fenotipleme yapılmıştır. SNP genotiplemesi için SolCAP 25K patates dizisi kullanılmıştır. Kök özellikleri bakımından patates genotipleri arasında yüksek kalıtsallık ile önemli istatistiksel farklılıklar gözlemlenmiştir. Markör-özellik ilişkileri için, Q + K doğrusal karma model uygulanmış ve 174 yeni genomik bölge tespit edilmiştir. STRUCTURE ve PCA analizi, genotipleri dört alt popülasyonda gruplandırırken 2.316 Mbps'de (r 2 = 0.29) LD bozunması belirlenmiştir. Tanımlanan SNP'ler varsayılan bir gen fonksiyonlarına sahiptir. Elde edilen bulgular, patates üretimindeki iyileştirmeler için ilerideki patates ıslah programlarında kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Tuber crops have measurable biological variation in root, stolon and tuber phenotyping, and these variations may be utilized to identify the genomic regions controlling these traits. This is the first comprehensive association mapping study related to potato underground traits. A diverse panel of 192 tetraploid potato (Solanum tuberosum L.) genotypes were grown in aeroponics and pots to reveal a biologically significant variation. High-throughput phenotyping was performed for root traits by WinRHIZO, and manual phenotyping was done for stolon and tuber traits, while SolCAP 25K potato array was used for SNP genotyping. Significant variation was observed among the potato genotypes for underground traits along with high heritabilities. For marker-trait associations, Q+K linear mixed model was implemented and 174 novel genomic regions were detected using additive gene action model. Structure and PCA analysis grouped genotypes into four sub-populations disclosing population genetic diversity. LD decay was observed at 2.316 Mbps (r2=0.29) in the population. The identified SNPs had a putative gene function. The findings of our study will be employed in the future potato breeding programs for the improvements in potato production.
Benzer Tezler
- Bakacak- Hendek (Sakarya) bölgesi metalik maden yatağının jeofizik ve uzaktan algılama yöntemleri ile incelenmesi
Detection of geological structures by remote sensingmethods using satellite images
FAZLI AHMET ZENGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeofizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNAY BEYHAN
- Yer radarı yöntemi ile Kuzey Anadolu fayının Balıkesir yöresinden geçen kesiminin belirlenmesi
Determination of the part of the North Anatolian fault crossing Balikesir district by the method of ground penetrating radar
MURAT SANDALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Jeofizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜNAY BEYHAN
- Eski bir askeri sahada İHA sistemleri kullanılarak patlamış ve patlamamış mühimmatların tespiti için havadan manyetik ile araştırılması
Aerial magnetic search for the detection of explosed and unexplosed munitions using UAV systems in an old military field
COŞKUN ERTUĞRUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeofizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYHAN KESKİNSEZER
- Association mapping of quality traits in potato (Solanum tuberosum L.)
Patateste (Solanum tuberosum L.) kalite özelliklerınin ilişkilndirme haritalandırması
MUHAMMAD NAEEM
Doktora
İngilizce
2021
BiyoteknolojiNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
- Association mapping of some agronomic and morphological traits in potato ( Solanum tuberosum L. )
Patateste ( Solanum tuberosum L. ) bazı agronomik ve morfolojik özelliklerin ilişki haritalaması
MUHAMMAD ABUBAKAR ZIA
Doktora
İngilizce
2018
BiyoteknolojiNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN