Docking studies on selected sapogenins targeting androgen and estrogen receptors
Androjen ve östrojen reseptörlerini hedefleyen seçilmiş sapogeninler üzerinde doking çalışmaları
- Tez No: 684309
- Danışmanlar: PROF. DR. ERDAL BEDİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Doğal ürünler tarih boyunca çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılmış ve günümüzde de kullanılmaktadır. Sapogeninler, aynı zamanda çok sayıda biyolojik aktiviteye sahip olan bitki ve hayvan kaynaklarından elde edilen doğal ürünlerdir. Ayrıca, bazı sapogeninlerin prostat ve östrojen alfa aracılı meme kanseri gibi yaygın kanserlerde aktif oldukları ve etkilerini androjen ve östrojen reseptörleri aracılığıyla uyguladıkları bulunmuştur. Bu nedenle, bu reseptörler için alternatif ligandların belirlenmesi, faydaların arttırılmasına veya olumsuz etkilerden kaçınılmasına yardımcı olabilir. Geleneksel veya gelişmiş moleküler tarama teknikleri, ilgili uygulamalarıyla birlikte mevcuttur. Bununla birlikte, bu uygulamaların karmaşık ve maliyetli olması veya çok sayıda molekül içermesi nedeniyle önemli miktarda zaman gerektirmesi gibi bazı sınırlamaları vardır. Teknolojideki gelişmelerle birlikte, moleküler yerleştirme gibi in-siliko yöntemler, yüksek verimli tarama için son derece doğru ve uygun maliyetli bir yönteme dönüşmüştür. Ek olarak, kenetlenmiş ligandların ve bunların etkileşimlerinin hızlı ve yüksek kaliteli in-siliko görselleştirilmesi, yapı-aktivite ilişkilerinin belirlenmesine yönelik bir ön adım olarak hizmet eder. Bu çalışmada, araştırma grubumuzun molekül kütüphanesinden seçilen yeni androjen ve östrojen reseptör ligandlarını belirlemek ve sapogenin moleküllerinin yapı-aktivite ilişkisini değerlendirmek için moleküler docking yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca, moleküler yerleştirmeden önce bağlanma olasılığını belirlemek için Swiss Target Prediction web hizmeti kullanılmıştır. Moleküler yerleştirme sonuçları, seçilen sapogeninlerden dokuzunun androjen reseptörüne testosterondan daha fazla bağlanabildiğini, diğer dokuzunun ise östrojen reseptörüne estradiolden daha fazla bağlanabildiğini gösterdi. Ek olarak, androjen reseptörü bağlanması için PSA seviyeleri üzerindeki etkilerini inceleyerek birkaç molekülün aktivitesini doğrulamak için immünoblotlama kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Natural products have been used in the treatment of various diseases in history, and they are still in use today. Sapogenins are natural products derived from plant and animal sources that also have numerous biological activities. Furthermore, some sapogenins have been found to be active in common cancers such as prostate and estrogen alpha-mediated breast cancer and exert their effects via the androgen and estrogen receptors. For this reason, identifying alternative ligands for these receptors may aid in enhancing the benefits or avoiding adverse effects. Traditional or advanced molecular screening techniques are available with their respective applications. However, these applications have some limitations, such as being complicated and costly or requiring a significant amount of time due to the large number of molecules involved. With advancements in technology, in-silico methods such as molecular docking have developed into a highly accurate and cost-effective method for high throughput screening. Additionally, rapid and high-quality in-silico visualization of docked ligands and their interactions serves as a preliminary step toward determining structure-activity relationships. The molecular docking method was used in this study to identify novel androgen and estrogen receptor ligands, and to evaluate the structure-activity relationship of sapogenin molecules, which were selected from our research group's molecule library. Moreover, the Swiss Target Prediction web service was used to determine the probability of bindings prior to molecular docking. The molecular docking results demonstrated that nine of the selected sapogenins were more bindable to the androgen receptor than testosterone, whereas another nine were found to be more bindable to the estrogen receptor than estradiol. Additionally, immunoblotting was utilized to validate the activity of several molecules by examining their effects on PSA levels for androgen receptor binding.
Benzer Tezler
- Yeni bir grup potansiyel anti-alzheimer etkili takrin-donepezil hibritleri üzerinde çalışmalar
Studies on A group of novel tacrine-donepezil hybrids as anti-alzheimer compounds
GÜLŞAH BAYRAKTAR
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİLDAN ALPTÜZÜN
- Bioactivity analysis of novel indole derivatives on hepatocellular carcinoma as sirtuin inhibitors
İndol türevi yeni sirtuın inhibitörlerinin hepatosellülar karsinoma üzerinde biyoaktivite analizi
BÜŞRA BINARCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
DR. DENİZ CANSEN KAHRAMAN
- Yeni hekzahidrokinolin türevlerinin sentezi, karakterizasyonu, sitotoksisite, intrasellüler ros üretimi ve enflamasyon mediyatörlerine inhibitör etkilerinin saptanması
Synthesis, characterization, cytotoxicity, intracellular ros production and detection of inhibitory effects on inflammation mediators of novel hexahydroquinoline derivatives
EZGİ PEHLİVANLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAHİME ŞİMŞEK
- Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları
Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections
SEVİM KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL
- Asetilkolinesteraz inhibitörü olarak flavonoidlerin moleküler kenetleme çalışmaları
Molecular docking studies of flavonoids as acetylcholinesterase inhibitors
JAMILEH SALIMI