Docking studies on selected sapogenins targeting androgen and estrogen receptors
Androjen ve östrojen reseptörlerini hedefleyen seçilmiş sapogeninler üzerinde doking çalışmaları
- Tez No: 684309
- Danışmanlar: PROF. DR. ERDAL BEDİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Reseptörler-androjen, Reseptörler-östrojen, Receptors-androgens, Receptors-estrogen
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Doğal ürünler tarih boyunca çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılmış ve günümüzde de kullanılmaktadır. Sapogeninler, aynı zamanda çok sayıda biyolojik aktiviteye sahip olan bitki ve hayvan kaynaklarından elde edilen doğal ürünlerdir. Ayrıca, bazı sapogeninlerin prostat ve östrojen alfa aracılı meme kanseri gibi yaygın kanserlerde aktif oldukları ve etkilerini androjen ve östrojen reseptörleri aracılığıyla uyguladıkları bulunmuştur. Bu nedenle, bu reseptörler için alternatif ligandların belirlenmesi, faydaların arttırılmasına veya olumsuz etkilerden kaçınılmasına yardımcı olabilir. Geleneksel veya gelişmiş moleküler tarama teknikleri, ilgili uygulamalarıyla birlikte mevcuttur. Bununla birlikte, bu uygulamaların karmaşık ve maliyetli olması veya çok sayıda molekül içermesi nedeniyle önemli miktarda zaman gerektirmesi gibi bazı sınırlamaları vardır. Teknolojideki gelişmelerle birlikte, moleküler yerleştirme gibi in-siliko yöntemler, yüksek verimli tarama için son derece doğru ve uygun maliyetli bir yönteme dönüşmüştür. Ek olarak, kenetlenmiş ligandların ve bunların etkileşimlerinin hızlı ve yüksek kaliteli in-siliko görselleştirilmesi, yapı-aktivite ilişkilerinin belirlenmesine yönelik bir ön adım olarak hizmet eder. Bu çalışmada, araştırma grubumuzun molekül kütüphanesinden seçilen yeni androjen ve östrojen reseptör ligandlarını belirlemek ve sapogenin moleküllerinin yapı-aktivite ilişkisini değerlendirmek için moleküler docking yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca, moleküler yerleştirmeden önce bağlanma olasılığını belirlemek için Swiss Target Prediction web hizmeti kullanılmıştır. Moleküler yerleştirme sonuçları, seçilen sapogeninlerden dokuzunun androjen reseptörüne testosterondan daha fazla bağlanabildiğini, diğer dokuzunun ise östrojen reseptörüne estradiolden daha fazla bağlanabildiğini gösterdi. Ek olarak, androjen reseptörü bağlanması için PSA seviyeleri üzerindeki etkilerini inceleyerek birkaç molekülün aktivitesini doğrulamak için immünoblotlama kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Natural products have been used in the treatment of various diseases in history, and they are still in use today. Sapogenins are natural products derived from plant and animal sources that also have numerous biological activities. Furthermore, some sapogenins have been found to be active in common cancers such as prostate and estrogen alpha-mediated breast cancer and exert their effects via the androgen and estrogen receptors. For this reason, identifying alternative ligands for these receptors may aid in enhancing the benefits or avoiding adverse effects. Traditional or advanced molecular screening techniques are available with their respective applications. However, these applications have some limitations, such as being complicated and costly or requiring a significant amount of time due to the large number of molecules involved. With advancements in technology, in-silico methods such as molecular docking have developed into a highly accurate and cost-effective method for high throughput screening. Additionally, rapid and high-quality in-silico visualization of docked ligands and their interactions serves as a preliminary step toward determining structure-activity relationships. The molecular docking method was used in this study to identify novel androgen and estrogen receptor ligands, and to evaluate the structure-activity relationship of sapogenin molecules, which were selected from our research group's molecule library. Moreover, the Swiss Target Prediction web service was used to determine the probability of bindings prior to molecular docking. The molecular docking results demonstrated that nine of the selected sapogenins were more bindable to the androgen receptor than testosterone, whereas another nine were found to be more bindable to the estrogen receptor than estradiol. Additionally, immunoblotting was utilized to validate the activity of several molecules by examining their effects on PSA levels for androgen receptor binding.
Benzer Tezler
- Potansiyel USP7 inhibitörlerinin MDM2-P53 moleküler etkileşimi üzerindeki etkilerinin seçili katı tümörlerde moleküler kenetlenme çalışmaları ile değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of potential USP7 inhibitors on MDM2-P53 molecular interaction by molecular docking studies in selected solid tumours
BUSE MERİÇ AÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUTLU
- Classification of distinct conformers of beta-2 adrenergic receptor based on binding affinity of ligands through docking studies
Beta-2 adrenerjı̇k reseptörünün farklı konformasyonlarının dockı̇ng çalışmaları ı̇le teşhı̇s edı̇lmesı̇
GONCA DİLCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Bilim ve TeknolojiKadir Has ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. E. DEMET AKTEN
- Molecular docking study on the DNA binding domain of master regulator of the mammalian HSR protein
Baş düzenleyici memeli HSR proteininin DNA bağlanma bölgesi üzerine moleküler kenetleme çalışması
GÜLBAHAR BOZAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Autonomous spacecraft rendezvous and docking on safe trajectories
Uzay aracının güvenli yörüngelerde otonom olarak yaklaşarak kenetlenmesi
ALİ TEVFİK BÜYÜKKOÇAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Havacılık ve Uzay MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiHavacılık ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OZAN TEKİNALP
- Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları
Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections
SEVİM KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL