Geri Dön

SARS-CoV-2 proteinlerinin anlatımını yapan memeli hücrelerinin yüzeyde zenginleştirilmiş raman saçılması ile incelenmesi

Investigation of mammalian cells expressing SARS-CoV-2 proteins by surface enhanced raman scattering (SERS)

  1. Tez No: 685443
  2. Yazar: MÜNEVVER AKDENİZ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER AYDIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

SARS-CoV-2, 2019 yılının sonlarına doğru ortaya çıkarak COVID-19 olarak adlandırılan akut solunum yolu hastalığına sebep olmuştur. COVID-19, nükleik asit testleri ve serolojik testler kullanılarak tespit edilmektedir. Fakat bu testlerin pahalı olması, uzun zaman alması ve yanlış negatif sonuçlar vermesi dezavantaj oluşturmaktadır. Plazmonik nanoyapıların numune ile etkileşimi sonucu Raman sinyallerini güçlendiren yüzeyde zenginleştirilmiş Raman saçılması (YZRS) ile bu dezavantajlar giderilebilir. Bu tez çalışmasında YZRS ile SARS-CoV-2 virüsünün yapısal proteinleri kullanılarak virüs tespitinin yapılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, memeli hücre hattına (HEK293) virüsün M, N ve E protein kodlarını taşıyan plazmitler transfekte edilerek hücresel bir model oluşturulmuştur. Plazmitlerin %50'nin üzerinde memeli hücrelerine transfekte olduğu floresan mikroskop görüntüleri ve akış sitometrisi sonuçları ile doğrulanmıştır. Plazmitlerin proteine eksprese olduğu Western Blot ile incelenmiş ve transfekte edilen hücrelerden proteinler izole edilerek altın nanoparçacık ve CuSO4 kullanılarak hazırlanan YZRS substratı ile proteinlerin spektrumları toplanmıştır. Tez çalışmasının ikinci kısmında virüsün kendisiyle çalışmak zor olduğu için laboratuvar ortamlarında oluşturulmuş yapısında M, N, S, ACE2, VSVG proteinlerini bulunduran virüs benzeri parçacıklar (VLP) ile yapısında S, ACE2, VSVG proteini bulunduran pseudovirüsler kullanılmıştır. VLP ve pseudovirüslerin altın substrat kullanarak YZRS spektrumları toplanmış ve PCA ile grupların sınıflandırmaları yapılmıştır.

Özet (Çeviri)

SARS-CoV-2 virus emerged towards end of 2019 and caused acute respiratory disease called COVID-19. COVID-19 is currently detected using nucleic acid tests and serological tests. However, these tests are expensive, time consuming and give false negative results. These disadvantages can be eliminated with SERS, which enhanced Raman signals as a result of interaction of plasmonic nanostructures with analyte. In this thesis, it is aimed to demonstrate applicability of virus detection by using structural proteins of SARS-CoV-2 virus with this method. For this purpose, plasmids carrying M, N and E protein codes of virus were transfected into mammalian cell line (HEK293) and a virus-infected cell model was created. More than 50% of plasmids were transfected into mammalian cells, which was confirmed by fluorescent microscope images and flow cytometry results. Expression of plasmids to protein was examined by Western Blot and SERS spectra of proteins isolated from transfected cells were collected with SERS substrate prepared by using gold nanoparticle and CuSO4. In second part of thesis, virus-like particles (VLP) containing M, N, S, ACE2, VSVG proteins in their structure and pseudoviruses containing S, ACE2, VSVG proteins in their structure were used because it is difficult to work with the virus itself. In addition to this study, the SERS spectra of pseudoviruses and virus-like were collected by using gold substrate, and the groups were classified by PCA.

Benzer Tezler

  1. Characterization of the NLRP3 inflammasome involvement in cellular immunity to SARS-CoV-2

    SARS-CoV-2 virüsüne karşı hücre bağışıklığında NLRP3 inflamazomunun rölünün belirlenmesi

    SAFA RAMADAN SALEEM FITOURI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Allerji ve İmmünolojiBahçeşehir Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ELİF EREN

  2. Investigation of inflammasome activation by SARS-CoV-2 proteins

    Inflamazomun SARS-CoV-2 proteinleri tarafindan aktivasyonunun belirlenmesi

    MOSTAFA AL BAKRI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyomühendislikBahçeşehir Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF EREN

  3. SARS-CoV-2 proteini ile insan proteini arasindaki etkileşimlerin makine öğrenmesi yöntemleri ile tahmini

    Prediction of interactions between SARS-CoV-2 protein and human protein using machine learning methods

    FİRDES GÜL KORKUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYalova Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT GÖK

  4. Development and immunological evaluation of SARS-CoV-2 virus-like particles (VLP) expressing the prefusion stabilized variants of the spike protein

    Prefüzyon stabilize Spike proteini varyantlarını taşıyan SARS-CoV-2 virüs benzeri parçacıkların geliştirilmesi ve immünolojik değerlendirilmesi̇

    EMRE MERT İPEKOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAYDA GÜRSEL

  5. SARS-COV-2 ile ilişkili hedef moleküllerin regülasyonunda ısı şok proteinlerinin rolünün araştırılması

    Investigation of the role of heat shock proteins in the regulation of target molecules associated with SARS-COV-2

    AYSEL ERİNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Tıbbi BiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMEL ŞAHİN