Geri Dön

Preeklampsili hastaların plasenta ve ilgili dokularından elde edilen RNA dizilerinden yolak analizi

Pathway analysis from RNA sequencing obtained from placenta and related tissues of patients with preeclampsia

PDF İndir

  1. Tez No: 688108
  2. Yazar: FADİME ARIK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Anne ve bebeği olumsuz etkileyerek çeşitli hastalıklara hatta ölüme bile neden olabilen preeklampsi, %2-5 oranında insidans sergilemektedir. Anjiyojenik faktörlerin moleküler düzeyde düzensizliğine dayanan bu hastalık, endotelyal hasar ve koagülopati sergiler. Böbrekteki endotel hasarı proteinüriye neden olurken, damarlarda vazokonstriksiyon disfonksiyonuna; maternal kardiyovasküler sistemi istila ederek kaçınılmaz hipertansiyona neden olur. Bu çalışmada, normal doğum yapan ve preeklampsi hastalarınIN plasental doku, kordon, plasenta yatağı, plasenta kendisinden izole edilen RNA örneklerinden, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile gerçekleştirilen RNA-seq ile gen ekspresyon profilinin çıkarılması, genlerin ilişkili oldukları biyolojik yolaklar ve ağ analizlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Önceki çalışmada, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile dizilenen RNA-seq verilerinin analizleri ve farklı ifade edilen genlerin tespiti Tuxedo Protokolü ile gerçekleştirildi. Tez kapsamında, farklı ifade edilen genlerin ileri analizi için 0.05 p_value seviyesinde inceleme yapılarak, anlamlı olarak ifadesi değişmiş genler tespit edildi. Genlerin protein-protein xii etkileşimleri, RStudio kullanılarak KPM 4.0 aracılığıyla belirlendi. Yukarı ve aşağı düzenlenen ilgili genleri belirledikten sonra yolak analizi için g: PROFILER veritabanına ayrı ayrı girildi. Sonuçların GO terimleri ve genlerin hangi yollarda zenginleştirildiği saptanmıştır. CYTOSCAPE 3.8.2, ilgili genlerin düğümlerini ve bağlantılarını görselleştirmek ve KPM şablonuna göre ağ analizi yapmak için kullanıldı. Analiz sonuçlarına göre, aşağı düzenlenen 130, yukarı düzenlenen 256 tane gen bulunmuştur. Hem yukarı regülasyonda hem de aşağı regülasyonda en çok etkileşime sahip gen APP genidir. Aşağı düzenlenen genlerin zenginleştiği yolaklar, kanserde liganda duyarlı EGFR varyantları ile sinyalleşme yolağı, CBL tarafından sinyallemenin düzenlenmesi, Beyin Türevli Nörotrofik Faktör (BDNF) sinyal yolu, Kit reseptör sinyalleme yolağı, Koronavirüs hastalığı-Covid-19, Fc epsilon RI signalleme yolağı, Nörotrofin sinyalleme yolaklarıdır. Yukarı düzenlenen genler ise Östrojen sinyal yolağı, Hücre-hücre iletişimi, Beyin türevli nörotrofik Faktör (BTNF) sinyal yolağı, Kornifiye zarfın oluşumu, Gelişimsel biyoloji, Gastrin sinyalleme yolağında zenginleşmiştir.

Özet (Çeviri)

Preeclampsia causing various diseases and even death by affecting the mother and baby, has an incidence of 2-5% with based on the dysregulation of angiogenic factors, exhibits endothelial damage and coagulopathy. While endothelial damage in the kidney causes proteinuria, vasoconstriction dysfunction in vessels; It invades the maternal cardiovascular system, causing inevitable hypertension. In this study, it was aimed to determine the gene expression profile by RNA-seq performed by the Next Generation Sequencing method and to determine the biological pathways and network analyzes to which genes are related, from RNA samples isolated from placenta and related tissues in normal delivery and preeclamptic patients. The previous study analyzed RNA-seq data sequenced by xiv Next Generation Sequencing and detection of differentially expressed genes by the Tuxedo Protocol. In this thesis, for the further analysis of the differentially expressed genes examining the 0.05 p_value level, and the genes with significantly changed expression were detected. KPM 4.0 using RStudio determined protein-protein interactions. After identifying the genes of upregulated and downregulated, they were separately entered into the g:Profiler database for pathway analysis. The GO terms of the results and how the genes were enriched were determined. CYTOSCAPE 3.8.2 was used to visualize nodes and interaction of genes and perform network analysis according to the KPM template. As a result, 130 genes exhibited downregulation and 256 upregulations. The gene with the most interaction in both up-regulation and down-regulation was the APP gene. Pathways in which downregulated genes are enriched in the Signaling by ligand-responsive EGFR variant in cancer, Regulation of signaling by CBL, Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) signaling, Kit receptor signaling pathway, Coronavirus disease-Covid-19, Fc epsilon RI signaling pathway, Neurotrophin signaling pathway. Upregulated genes were enriched in the Estrogen signaling pathway, Cell-cell communication, Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) signaling, Formation of the cornified envelope, Developmental biology, Gastrin signaling pathway.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    141773

    Kliniğimizin 3.5 yıllık eklampsi olgularının değerlendirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    SERCAN ESEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Kadın Hastalıkları ve DoğumDicle Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TALİP GÜL

  2. Tez No

    69814

    HELLP sendromu (Hemoliz, yükselmiş karaciğer enzimleri ve düşük trombosit sayısı) olan 75 gebede maternal morbidite ve mortalite

    Maternal morbidity and mortality in 75 patients suffering from HELLP syndrome (Hemolysis, elevated liver enzymes and low platelets)

    HAKAN GÜRBÜZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YILDIRIM ALKAN

  3. Tez No

    482678

    Antenatal eğitim alan ve almayan gebelerin doğum sonuçlarının karşılaştırılması

    Comparison of the birth outcomes between pregnant women whom received antenatal training and whom did not

    MUSTAFA BAKIRCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FULYA KAYIKÇIOĞLU

  4. Tez No

    388684

    Preeklampsi olan annelerin bebeklerinde ortalama trombosit hacmi değerleri ve morbiditeler ile ilişkisi

    Mean platelet volume measures in preeclamptic mothers' babies and the relevancy to other morbities

    SİNEM NUR SELÇUK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT YURDAKÖK

  5. Tez No

    440434

    Yenidoğan yoğun bakım ünitesinde izlenen geç preterm bebeklerin maternal risk faktörlerine bağlı morbiditelerinin değerlendirilmesi

    The effects of maternal risk factors on the morbidity of late preterm infants in the neonatal intensive care unit

    EMRAH ÇIĞRI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBaşkent Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE NUR ECEVİT

Geri Dön