Geri Dön

Python ile CRISPR/Cas nükleaz RNA kılavuzlu genom düzenleme kütüphanesi geliştirilmesi

Development of CRISPR/Cas nuclease RNA guided genome editing library with python

  1. Tez No: 714506
  2. Yazar: SEZER İSLAMBEY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZEYNEL CEBECİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 121

Özet

Bu çalışmada Python programlama dili kullanılarak CRISPR/Cas sistemlerinde gRNA'ları tanımlamak için pycrisprcas9 adında bir açık kaynaklı Python kütüphanesi geliştirilmiştir. Geliştirilen yazılımda gRNA verimliliklerini hesaplamak için Doench ve ark (2014) tarafından oluşturulan kural seti 1, Hsu ve ark (2013) tarafından oluşturulan ceza matrisi kulanılmıştır. Geliştirilen kütüphanenin doğruluğu R paketlerinden CRISPRseek paketi (Zhu ve ark., 2014) kullanılarak test edilmiştir. Geliştirilen paket için kullanım rehberleri hazırlanarak GitHub üzerinde https://github.com/sezerislambey adresindeki pycrisprcas9 adlı depodan dağıtıma açılmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study, an open-source Python library named pycrisprcas9 was developed to identify gRNAs in CRISPR/Cas systems using the Python programming language. In the developed software, rule set 1 created by Doench et al (2014) and penalty matrix created by Hsu et al (2013) were used to calculate gRNA efficiencies. The datasets used to test the accuracy of the developed library were tested using the package in the CRISPRseek package (Zhu et al., 2014), one of the R packages previously developed in R. results were compared. The accuracy of the results has been confirmed in the analysis. The user guides for the library are available on the Github repository that can be accessed at https://github.com/sezerislambey

Benzer Tezler

  1. Intuitionistic bulanık veriler ile hipotez testleri için bir yaklaşım

    An approach to fuzzy hypothesis testing with intuitionistic fuzzy data

    MELİS AKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    İstatistikEge Üniversitesi

    İstatistik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ MERT

  2. İstanbul metro hatları için makine öğrenmesi ile yolcu sayılarının tahminlenmesi

    Prediction of passenger numbers with machine learning for istanbul metro lines

    MURAT EREN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYDIN SİPAHİOĞLU

  3. Python ile linux sistemler üzerinde uzaktan adli bilgi toplama aracı geliştirilmesi

    Data collection tool on remote linux system with python

    FEYZA RÜMEYSA ALİŞER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat Üniversitesi

    Adli Bilişim Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ERHAN AKBAL

  4. Python ile dinamik programlama üzerine bir çalışma

    A study of dynamic programming with python

    CEREN BEKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    İstatistikOndokuz Mayıs Üniversitesi

    İstatistik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TALAT ŞENEL

  5. Python ile makine öğrenmesi algoritmalarını kullanarak rüzgar santralinin elektrik üretim tahmini

    Electricity generation prediction of wind farm using machine learning algorithms with python

    MUHSİN BAKDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    EnerjiOrdu Üniversitesi

    Yenilenebilir Enerji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SİBEL AKKAYA OY