Python ile CRISPR/Cas nükleaz RNA kılavuzlu genom düzenleme kütüphanesi geliştirilmesi
Development of CRISPR/Cas nuclease RNA guided genome editing library with python
- Tez No: 714506
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEYNEL CEBECİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Bu çalışmada Python programlama dili kullanılarak CRISPR/Cas sistemlerinde gRNA'ları tanımlamak için pycrisprcas9 adında bir açık kaynaklı Python kütüphanesi geliştirilmiştir. Geliştirilen yazılımda gRNA verimliliklerini hesaplamak için Doench ve ark (2014) tarafından oluşturulan kural seti 1, Hsu ve ark (2013) tarafından oluşturulan ceza matrisi kulanılmıştır. Geliştirilen kütüphanenin doğruluğu R paketlerinden CRISPRseek paketi (Zhu ve ark., 2014) kullanılarak test edilmiştir. Geliştirilen paket için kullanım rehberleri hazırlanarak GitHub üzerinde https://github.com/sezerislambey adresindeki pycrisprcas9 adlı depodan dağıtıma açılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, an open-source Python library named pycrisprcas9 was developed to identify gRNAs in CRISPR/Cas systems using the Python programming language. In the developed software, rule set 1 created by Doench et al (2014) and penalty matrix created by Hsu et al (2013) were used to calculate gRNA efficiencies. The datasets used to test the accuracy of the developed library were tested using the package in the CRISPRseek package (Zhu et al., 2014), one of the R packages previously developed in R. results were compared. The accuracy of the results has been confirmed in the analysis. The user guides for the library are available on the Github repository that can be accessed at https://github.com/sezerislambey
Benzer Tezler
- Intuitionistic bulanık veriler ile hipotez testleri için bir yaklaşım
An approach to fuzzy hypothesis testing with intuitionistic fuzzy data
MELİS AKAN
- İstanbul metro hatları için makine öğrenmesi ile yolcu sayılarının tahminlenmesi
Prediction of passenger numbers with machine learning for istanbul metro lines
MURAT EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYDIN SİPAHİOĞLU
- Python ile linux sistemler üzerinde uzaktan adli bilgi toplama aracı geliştirilmesi
Data collection tool on remote linux system with python
FEYZA RÜMEYSA ALİŞER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiAdli Bilişim Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERHAN AKBAL
- Python ile dinamik programlama üzerine bir çalışma
A study of dynamic programming with python
CEREN BEKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
İstatistikOndokuz Mayıs Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TALAT ŞENEL
- Python ile makine öğrenmesi algoritmalarını kullanarak rüzgar santralinin elektrik üretim tahmini
Electricity generation prediction of wind farm using machine learning algorithms with python
MUHSİN BAKDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
EnerjiOrdu ÜniversitesiYenilenebilir Enerji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİBEL AKKAYA OY