Frontonazal nadir bir yüz malformasyonu ile ilişkili aday genlerde protein düzeyinde ın silico analiz
Protein level in silico analysis of a rare frontonasal facial malformation associated candidate genes
- Tez No: 742532
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Frontonazal malformasyonlar orta yüz bölgesinde gelişen ve değişken fenotipik özellikler gösteren hastalıklardır. Nadir bir frontonazal malformasyon fenotipi açısından mikrodizin ve tüm ekzom dizileme yöntemleri ile, tez çalışması öncesinde, 5 etkilenmiş ve 2 etkilenmemiş birey bulunan bir aile incelenmiştir. Bu ailede linkaj analizi ile belirlenen hastalıktan sorumlu olabilecek aday gen bölgelerinde tüm ekzom verisi ile 3 aday yanlış anlamlı mutasyon (UBXN4; p.E260D, ANK; p.R1604K, TRAM2; p.E282K) tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında, elde edilen 3 aday varyantın protein üzerindeki olası yapısal ve fonksiyonel etkilerinin in silico yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle dizi tabanlı PredictSNP, MetaSNP, I-Mutant 3.0, MUpro ve HOPE araçları kullanılmıştır. Daha sonra proteinlerin deneysel olarak oluşturulmuş bütüncül 3 boyutlu yapıları UniProt veri tabanında bulunmadığından, 3 aday genin kodladığı proteinlerin 3 boyutlu yapıları farklı yöntemler kullanılarak modellenmeye çalışılmıştır. ANK2 proteinine ait tahmini 3 boyutlu yapı oluşturulamamışken, UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinin 3 boyutlu yapıları ise AlphaFold veri tabanından elde edilmiştir. UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinde gözlemlenen mutasyonların protein yapısı üzerindeki etkilerini araştırmak için yapı tabanlı Missense3D, COACH, COFACTOR ve PremPS araçları kullanılmıştır. Sonuç olarak, bu araçlara göre, 3 aday varyantın protein üzerinde olası bir yapısal ve fonksiyonel etkiye sahip olmadığı tahmin edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Frontonasal malformations are diseases that develop in the median facial line and appear in variable phenotypic features. A family of 5 affected and 2 unaffected individuals were studied by microarray and whole-exome sequencing for a rare frontonasal malformation phenotype prior to the thesis study. In this family, 3 candidate missense mutations (UBXN4; p.E260D, ANK2; p.R1604K, TRAM2; p.E282K) were detected by whole-exome data in candidate gene regions that may be responsible from the disease determined by linkage analysis. In this thesis, it was aimed to investigate the possible structural and functional effects of the 3 candidate mutations on the proteins by in silico methods. For this purpose, primarily sequence-based PredictSNP, MetaSNP, I-Mutant 3.0, Mupro and HOPE tools were used. Afterwards, as the complete experimentally produced 3D structures of proteins could not be obtained from UniProt database, the 3D structures of proteins, encoded by the candidate three genes, were intended to be modelled with different approaches. While the predicted 3D structure of the ANK2 protein could not be formed, the 3D structures of the UBXN4 and TRAM2 proteins were extracted from the AlphaFold database. Structure-based Missense3D, COACH, COFACTOR and PremPS tools were used to survey the effects of mutations that were observed on UBXN4 and TRAM2 proteins on protein structure. In conclusion, 3 candidate variants were predicted to have no possible structural and functional effect on the protein, according to these tools.
Benzer Tezler
- Frontonasal displazi tip 3 ailelerinde malformasyondan sorumlu genin araştırılması
Investigation of the gene responsible at frontonasal dysplasia TYPE 3 families
YAVUZ ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
GenetikHacettepe ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU
- Frontonazal displazi olgularında klinik sınıflandırma ve nörokristopati ile ilişkilendirilmiş genlerin araştırılması
Clinical classification of frontonasal dysplasia cases and screening of neurocristopathy related genes
UMUT ALTUNOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA KAYSERİLİ KARABEY
- Nazolakrimal kanal tıkanıklığı olan hastalarda bilgisayarlı tomografi ile lakrimal drenaj sisteminin değerlendirilmesi
Evaluation of the lacrimal drainage system by computed tomography in patients with nasolacrimal canal occlusion
BURCU KAZANCI
- Maksiller protraksiyon amacıyla kullanılan iki farklı sistemin sonlu elemanlar analizi ıle incelenmesi
Evaluation of two different systems used for maxillary protraction by finite element analysis
MUHAMMED ÇAĞRI ŞİBAL
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2017
Diş HekimliğiHacettepe ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CENK AHMET AKCAN