Computational identification of G quadruplexes secondary structures
G dörtlü yapılarının ikincil yapılarının hesaplamalı tanımlanması
- Tez No: 747099
- Danışmanlar: DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA, DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA OĞUZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
G-dörtlü yapılarının ikincil yapı sınıflandırması için bir standart eksikliği uzun bir süredir bulunmaktadır. Çıkıntı yapan G-bölgelerinin ve uyumsuz G-dörtlülerinin keşfiyle durum, hayal edilenden daha da karmaşık bir hal almıştır. Bu nedenle, günümüze kadar G4 ikincil yapılarını tanımlamak için bir standart getirmeyi amaçlayan sınırlı sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada, üç boyutlu yapısal verileri kullanarak G-dörtlülerinin ikincil yapılarının tanımlanması için yeni bir yöntem öneriyoruz. Kısaca, tetradları ve döngüleri tanımlamak için guaninlerin koordinatları işlenir. Daha sonra, her bir tetrada katılan guaninleri ve döngüleri gösteren ikincil yapıyı bir figür şeklinde sunuyoruz. Ayrıca, dörtlü ve dörtlü yapıların topoloji tabanlı sınıflandırmasına dayalı ONZ sınıflandırması uygulanmış ve çalışmamızın sonuçları bununla karşılaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Establishment of a standard for classification of G-quadruplexes has been evaded for a long time. The situation became even more complex, with discovery of bulged G-tracts and mismatched G-tetrads. For this reason there has been a very limited number of studies aiming to bring forth a standard to define G4 secondary structures. In this study, we propose a new method for the identification of secondary structures of G-quadruplexes based on three-dimensional structural data. Briefly, coordinates of guanines are processed to identify tetrads and loops. Then, we present the secondary structure in the form of a figure which shows the loop types and guanines that participate in each tetrad. Additionally, ONZ classification based on topology-based classification of tetrads and quadruplex structures is implemented and the results of our study are compared.
Benzer Tezler
- G4ML: Antibody and cell-type specific machine learning approach for DNA G-Quadruplex identification based on G4-CHIP-SEQ data
G4ML: DNA G-Quadripleks tanımlanması için G4-CHIP dizileme verileri kullanılarak antikora ve hücre tipine özgü bir makine öğrenmesi yaklaşımı
POLEN NEHİR ULAŞ
- A multiscale computational study to elucidate dynamics, reactivity, and inhibition of enzymes
Enzimlerin dinamiğinin, reaktivitesinin ve inhibisyonunun aydınlatılmasına yönelik hesaplamalı bir çalışma
ERDEM ÇİÇEK
Doktora
İngilizce
2025
İstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Identification of molecular signatures and potential therapeutics in pulmonary hypertension via systems biology approaches
Pulmoner hipertansiyon için aday biyobelirteç ve potansiyel terapötiklerin sistem biyolojisi yaklaşımı ile belirlenmesi
DEFNE ÇIĞ
- Türk makam müziğinde farklı dinleyici grupları ve hesaplamalı modellerden elde edilen melodik gruplama sınırlarının karşılaştırmalı incelemesi
A comparison of makam music segmentation by three computational models and trained and not-trained listeners
ZEYNEP FUNDA YAZICI
Doktora
Türkçe
2016
İstanbul Teknik ÜniversitesiMüzikoloji ve Müzik Teorisi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Investigating the potential of incorporating protein language models (pLMs) into ML/DL approaches for enhanced prediction of allosteric sites in proteins
Proteinlerdeki allosterik bölgelerin gelişmiş tahmini için protein dil modellerini (pLM'ler) ML/DL yaklaşımlarına dahil etme potansiyelinin araştırılması
MOAAZ UR REHMAN AZHAR KHOKHAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Koç ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...