Computational identification of G quadruplexes secondary structures
G dörtlü yapılarının ikincil yapılarının hesaplamalı tanımlanması
- Tez No: 747099
- Danışmanlar: DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA, DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA OĞUZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
G-dörtlü yapılarının ikincil yapı sınıflandırması için bir standart eksikliği uzun bir süredir bulunmaktadır. Çıkıntı yapan G-bölgelerinin ve uyumsuz G-dörtlülerinin keşfiyle durum, hayal edilenden daha da karmaşık bir hal almıştır. Bu nedenle, günümüze kadar G4 ikincil yapılarını tanımlamak için bir standart getirmeyi amaçlayan sınırlı sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada, üç boyutlu yapısal verileri kullanarak G-dörtlülerinin ikincil yapılarının tanımlanması için yeni bir yöntem öneriyoruz. Kısaca, tetradları ve döngüleri tanımlamak için guaninlerin koordinatları işlenir. Daha sonra, her bir tetrada katılan guaninleri ve döngüleri gösteren ikincil yapıyı bir figür şeklinde sunuyoruz. Ayrıca, dörtlü ve dörtlü yapıların topoloji tabanlı sınıflandırmasına dayalı ONZ sınıflandırması uygulanmış ve çalışmamızın sonuçları bununla karşılaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Establishment of a standard for classification of G-quadruplexes has been evaded for a long time. The situation became even more complex, with discovery of bulged G-tracts and mismatched G-tetrads. For this reason there has been a very limited number of studies aiming to bring forth a standard to define G4 secondary structures. In this study, we propose a new method for the identification of secondary structures of G-quadruplexes based on three-dimensional structural data. Briefly, coordinates of guanines are processed to identify tetrads and loops. Then, we present the secondary structure in the form of a figure which shows the loop types and guanines that participate in each tetrad. Additionally, ONZ classification based on topology-based classification of tetrads and quadruplex structures is implemented and the results of our study are compared.
Benzer Tezler
- Doğrusal olmayan kıyı ve okyanus dinamiklerinin seyrek tanılanması (Sinecod): Sindy algoritması kullanarak öncü analizler
Sparse identification of nonlinear coastal and ocean dynamics (Sinecod): Pioneering analyses using Sindy algorithm
TAYYİBE ERİŞTİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Deniz Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiKıyı Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHAN BAYINDIR
- Identification of multiword expressions in Turkish based on web data
Web verisi kullanılarak Türkçe çok sözcüklü ifadelerin belirlenmesi
HANDE AKA UYMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Ekonomi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SENEM KUMOVA METİN
- The genetics of sporadic als: The first Turkish gwas and novel snp and cnv association
Sporadik als genetiği: İlk Türk gwas çalışması ve yeni snp ve cnv ilişkileri
ÖZGÜN UYAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. A. NAZLI BAŞAK
- Dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu olan çocukların el yazılarının görüntü işleme teknikleri ile analizi
Analysis of handwriting of children with attention deficit hyperactivity disorder using image processing techniques
ÖZLEM YILDIZ BUDAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar ve Bilişim Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED FATİH ADAK
- Segmentation of colon nuclei images using deep learning
Kalın bağırsak hücre görüntülerinin derin öğrenme kullanılarak bölütlenmesi
ATAKAN ÖZKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER METE EKŞİOĞLU