Geri Dön

Computational identification of G quadruplexes secondary structures

G dörtlü yapılarının ikincil yapılarının hesaplamalı tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 747099
  2. Yazar: TUGAY DİREK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA, DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA OĞUZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

G-dörtlü yapılarının ikincil yapı sınıflandırması için bir standart eksikliği uzun bir süredir bulunmaktadır. Çıkıntı yapan G-bölgelerinin ve uyumsuz G-dörtlülerinin keşfiyle durum, hayal edilenden daha da karmaşık bir hal almıştır. Bu nedenle, günümüze kadar G4 ikincil yapılarını tanımlamak için bir standart getirmeyi amaçlayan sınırlı sayıda çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada, üç boyutlu yapısal verileri kullanarak G-dörtlülerinin ikincil yapılarının tanımlanması için yeni bir yöntem öneriyoruz. Kısaca, tetradları ve döngüleri tanımlamak için guaninlerin koordinatları işlenir. Daha sonra, her bir tetrada katılan guaninleri ve döngüleri gösteren ikincil yapıyı bir figür şeklinde sunuyoruz. Ayrıca, dörtlü ve dörtlü yapıların topoloji tabanlı sınıflandırmasına dayalı ONZ sınıflandırması uygulanmış ve çalışmamızın sonuçları bununla karşılaştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

Establishment of a standard for classification of G-quadruplexes has been evaded for a long time. The situation became even more complex, with discovery of bulged G-tracts and mismatched G-tetrads. For this reason there has been a very limited number of studies aiming to bring forth a standard to define G4 secondary structures. In this study, we propose a new method for the identification of secondary structures of G-quadruplexes based on three-dimensional structural data. Briefly, coordinates of guanines are processed to identify tetrads and loops. Then, we present the secondary structure in the form of a figure which shows the loop types and guanines that participate in each tetrad. Additionally, ONZ classification based on topology-based classification of tetrads and quadruplex structures is implemented and the results of our study are compared.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    885715

    Doğrusal olmayan kıyı ve okyanus dinamiklerinin seyrek tanılanması (Sinecod): Sindy algoritması kullanarak öncü analizler

    Sparse identification of nonlinear coastal and ocean dynamics (Sinecod): Pioneering analyses using Sindy algorithm

    TAYYİBE ERİŞTİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Deniz Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CİHAN BAYINDIR

  2. Tez No

    434360

    Identification of multiword expressions in Turkish based on web data

    Web verisi kullanılarak Türkçe çok sözcüklü ifadelerin belirlenmesi

    HANDE AKA UYMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Ekonomi Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SENEM KUMOVA METİN

  3. Tez No

    325515

    The genetics of sporadic als: The first Turkish gwas and novel snp and cnv association

    Sporadik als genetiği: İlk Türk gwas çalışması ve yeni snp ve cnv ilişkileri

    ÖZGÜN UYAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. A. NAZLI BAŞAK

  4. Tez No

    464956

    Türk makam müziğinde farklı dinleyici grupları ve hesaplamalı modellerden elde edilen melodik gruplama sınırlarının karşılaştırmalı incelemesi

    A comparison of makam music segmentation by three computational models and trained and not-trained listeners

    ZEYNEP FUNDA YAZICI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Müzikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Müzikoloji ve Müzik Teorisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİLGÜN DOĞRUSÖZ DİŞİAÇIK

  5. Tez No

    380983

    Advances in robust identification of spline models and networks by robust conic optimization, with applications to different sectors

    Değişik sektörlere uygulamalarıyla birlikte sağlam konik optimizasyon ile eğri modelleri ve ağların sağlam tanımlanmasındaki gelişimler

    AYŞE ÖZMEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    MatematikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GERHARD WİEHELM WEBER

Geri Dön