Türkiye'deki tavuk orijinli salmonella enteritidis suşlarının MLVA ve PFGE ile genotiplendirilmesi ve antimikrobiyal direncin saptanması
Antimicrobial resistance and genotyping by MLVA and PFGE of chicken originated salmonella enteritidis in Turkey
- Tez No: 752370
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Salmonellozis enfeksiyonu, nontypfoidal Salmonella serovarlarının neden olduğu zoonoz bir enfeksiyondur. Dünya çapında yaygın, gıda kaynaklı zoonoz enfeksiyonların başında gelmektedir. Kontamine gıda ve içme suyu ile gıda zincirine bulaşmanın olması, halk sağlığında ciddi riskler oluşturmaktadır. İnsanlarda yıllık ortalama 94 milyon gastroenterit vakası ile 155,000 ölüm meydana gelmektedir. EFSA 2019 yılı zoonotik etkenler raporuna göre, insanlarda en yaygın gözlenen Salmonella serovarı, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis'dir (%50,3). Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis) için major bulaşma yolunun kontamine yumurta ve kanatlı eti tüketimi olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, kanatlı orijinli S. Enteritidis suşlarının çeşitlilik ve epidemiyolojilerinin belirlenmesi salmonellozis enfeksiyonunun izlenmesi ve kontrol altına alınması için oldukça önemlidir. Günümüzde salmonellozis salgın epidemiyolojisinin belirlenmesi amacıyla sıklıkla genotiplendirme yöntemleri kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden biri Multiple Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA)'dır. MLVA, Salmonella etkenlerinin moleküler epidemiyolojisinin saptanmasında kullanılan altın standart Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) ile kıyaslanabilir düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip bir genotiplendirme yöntemidir. Bu çalışmada, Türkiye'deki farklı illerde yer alan tavuk kümeslerinden izole edilmiş 200 adet S. Enteritidis suşunun MLVA ile PFGE genotiplendirildi ve AMR (antimicrobial resistance) profilleri belirlendi. AMR testi sonucunda %21 oranda MDR (multi-drug resistant) S. Enteritidis tespit edildi. Ülkemizde ilk kez bu çalışma ile tavuk orijinli S. Enteritidis suşları için MLVA ile genotiplendirme gerçekleştirildi. PFGE ile 32 PFGE genotipi (PT), MLVA ile 34 MLVA genotipi (MT) saptandı. Baskın genotiplerin PT6 ve MT22 olduğu belirlendi. İki yöntemin de belirli örnek gruplarında izolatların kümes yetiştirme tipi, izolasyon yılı ve coğrafik lokasyona göre ayırımına olanak sağladığı anlaşıldı. PFGE'e kıyasla MLVA yönteminin kolay ve kısa sürede tamamlanabilen bir genotiplendirme yöntemi olduğu belirlendi. Ayrıca MLVA'nın geniş örnek gruplarında kullanılabilir bir yöntem olduğu tespit edildi.
Özet (Çeviri)
Salmonellosis is a zoonotic infection caused by nontyphoidal Salmonella serovars. It is one of the leading food-borne zoonosis infections worldwide. Transmission to the food chain poses serious risks to public health with contaminated food and drinking water. In humans, an average of 94 million gastroenteritis cases occur annually, with 155.000 deaths. According to the EFSA 2019 zoonotic agents report, the most common Salmonella serovar in humans is Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (50.3%). The consumption of contaminated eggs and poultry meat is known to be the major transmission route for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis). Therefore, determination of diversity and epidemiology of poultry strains is important in monitoring and controlling salmonellosis infection. Nowadays, genotyping methods are frequently used to determine epidemiology of salmonellosis outbreaks. Multiple Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA), is one of these methods. MLVA is genotyping method that is used to reveal the molecular epidemiology of Salmonella agents and has a high discriminatory power comparable to the gold standard Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). In this study, a total of 200 S. Enteritidis strains genotyped by MLVA and PFGE and determined AMR (antimicrobial resistance) profiles which were isolated from chicken coops in different cities in Turkey. As result of the AMR test, MDR S. Enteritidis was detected with rate of 21%. For the first time in our country, genotyping was performed by MLVA for chicken originated S. Enteritidis strains. 32 PFGE genotypes (PT) were detected with PFGE, and 34 MLVA genotypes (MT) were detected with MLVA. Dominant genotypes were determined to be PT6 and MT22. It was understood that both methods allowed the separation of isolates according to poultry breeding type, isolation year and geographical location in some sample groups. Compared to PFGE, the MLVA method was determined to be an easy and short-term genotyping method. In addition, MLVA was detected to be a useful method in large sample groups.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki sultan ırkı tavuk popülasyonlarının mtDNA dizi analizine dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of sultan breed chicken populations in Turkey based on mtDNA sequence analysis
KEMAL ESKİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMİR ÖZDEMİR
- Tavuk çiftliklerinden kaynaklanan gübre atıklarının incelenmesi ve uygun arıtma sisteminin önerilmesi
Research of laying hens manure wastes and suggesting a suitable treatment system
EMEL ENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Çevre MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÖZTÜRK
- Türkiye'deki yerli tavuk ırkları ve ticari tavuk tipleri arasındaki, MHC gen bölgesindeki, genetik farklılıkların belirlenmesi
Determination of genetic diversity in MHC gene region between commercial chicken types and indigenous chicken breeds in turkey
ÖMER FARUK LENGER
Doktora
Türkçe
2011
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN
- Organik yumurta ve tavuk eti tüketimini etkileyen faktörler: Bursa ili örneği
Organic egg and chicken meat consumption analysis: Bursa case
BAHAR BARDAKCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatBursa Uludağ ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞULE TURHAN
- The Case study on the marketing practies of broiler companies in Turkey
Türkiye'deki broiler firmalarının pazarlama faaliyetlerine ilişkin vaka incelemesi
LALE USLU
