Geri Dön

Nauphoeta cinera (Olivier, 1789) (Blattodea, blaberıdae) türündegerçek zamanlı RT-qPCR ile kantitatif ekspresyon analiziiçin referans genlerin tanımlanması ve doğrulanması

Identification and verification of reference genes for quantitative expression analysis by real-time RT-qPCR in nauphoeta cinera (Olivi̇er, 1789) (Blattodea, blaberidae)

PDF İndir

  1. Tez No: 755154
  2. Yazar: KÜBRA ÖZCAN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEYDA BERK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 60

Özet

Gen ekspresyon çalışmalarında farklı deneysel veya klinik koşullar altında genlerin ekspresyon seviyelerinin karşılaştırılması için kullanılan en yaygın teknik Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR)'dur. RT-qPCR'da güvenilir sonuçlar elde etmek için verilerin housekeeping genler (HKG) (referans genler) ile normalizasyonunun yapılması gerekmektedir. Delta-delta Ct yöntemi gibi gen ekspresyonunun hesaplanması için, PCR primer verimliliğinin ilgili gen ve housekeeping geni için karşılaştırılabilir olduğu varsayılmaktadır. Farklı PCR primer verimlilikleri (E) sonucu etkileyebilir. Bu nedenle, veri normalizasyonu için uygun bir referans genin tanımlanması, qPCR deneylerinin geliştirilmesinde önemli bir adımdır. Bununla birlikte; çalışma tasarımına uygun en stabil HKG'in kullanılması, çalışma sonuçlarının güvenilirliğini artırmaktadır. Güvenilir veri elde etmek için çalışma tasarımına uygun stabil HKG'in seçimi ve validasyonu önemli bir adımdır ki bu ekspresyon bazlı çalışmalarda bütünleyici bir adım olmuştur. HKG seçimi için farklı yazılım programları geliştirilmiştir. Normalizasyon için seçilecek en stabil HKG'in seçilmeden önce deneysel çalışmalar ile dikkatli bir şekilde değerlendirmesinin yapılması gerekmektedir. N. cinerea lobster hamam böceği cinsel seçilim, bakteriyel enfeksiyonlar, toksiloji çalışmaları ve metabolik hız ile uyum çalışmaları arasındaki korelasyonlar için model olarak kullanılan türdür. Bu çalışmada altı aday referans gen ACTB (Beta-aktin), RPS18 (40S Ribozomal protein S18), EF1α (Uzama faktörü 1-alfa), α-Tub (α-Tubulin), ArgK ix (Arginine kinaz) ve GADPH (Gliseraldehit-3-fosfat) RT-qPCR analizi için aday olarak seçilmiştir. Bu adayların ifade profillerinin kararlılığı geNorm, NormFinder, BestKeeper, ΔCt ve RefFinder yöntemi ile analiz edilmiştir. Sonuçlarımız, α-Tub geninin N. cinerea erişkinlerinde gen ekspresyon seviyelerinin doğru normalizasyonu için en satabil gen olduğunu göstermiştir. Ayrıca, GADPH'ın ikinci en stabil referans gen olduğu saptanmıştır. Nauphoeta cinera türünde RT-qPCR analizi için referans gen tanımlanması, doğrulanması ve ekpresyon gen stabilitesinin saptanması ile ilgili herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle, sonuçlar hamamböceklerinde q-RT-PCR çalışmalarında biyotik ve abiyotik koşullar altında referans genlerin doğrulanması ihtiyacını vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

The most common technique used in gene expression studies to compare the expression levels of genes under different experimental or clinical conditions is Quantitative RealTime Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR). In order to obtain reliable results in RTqPCR, the data should be normalized with housekeeping genes (HKG). For the calculation of gene expression, such as the delta-delta Ct method, different PCR primer efficiencies (E) may affect the result, as PCR primer yields are assumed to be comparable for the gene of interest and housekeeping gene. However, Using the most stable HKG suitable for the study design increases the reliability of the study results. Selection and validation of stable HKG suitable for study design is an important step to obtain reliable data, which has been an integral step in expression-based studies. Different software programs have been developed for HKG selection. Before choosing the most stable HKG to be selected for normalization, it should be carefully evaluated with experimental studies. N. cinerea lobster cockroach is the species used as a model for sexual selection, bacterial infections, toxicology studies, and correlations between metabolic rate and compliance studies. In this study, six candidate reference genes ACTB (Beta-actin), RPS18 (40S Ribosomal protein S18), EF1α (Elongation factor 1-alpha), α-Tub (αTubulin), ArgK (Arginine kinase), and GADPH (Glyceraldehyde-3 -phosphate) was selected as a candidate for RT-qPCR analysis. The stability of the expression profiles of these candidates was analyzed by the geNorm, NormFinder, BestKeeper, ΔCt and RefFinder methods. Our results showed that the α-Tub gene is the most stable gene for accurate normalization of gene expression levels in N. cinerea adults. In addition, GADPH was found to be the second most stable reference gene. There are no studies on xi reference gene identification, validation and determination of expression gene stability for RT-qPCR analysis in Nauphoeta cinera. Therefore, the results highlight the need for validation of reference genes under biotic and abiotic conditions in q-RT-PCR studies in cockroaches.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    798042

    Endüstriyel olarak yetiştirilen bazı böcek türlerinin besin madde kompozisyonu ile ın vıtro sindirilebilirlik ve metan üretimlerinin belirlenmesi

    Determination of nutritional composition, in vitro digestibility and methane production of some industrial-growth insect species

    HANİFE FİDAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SELMA BÜYÜKKILIÇ BEYZİ

Geri Dön