PROT-ON: Structure-based detection of critical mutations in redesigning protein-protein interfaces
Protein-protein arayüzlerini yeni yaklaşım PROT-ON algoritması ile yeniden tasarlanması
- Tez No: 756234
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biostatistics, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Vücudumuzdaki çoğu biyokimyasal olay protein-protein etkileşimleri (PPE) aracılığıyla gerçekleşir. PPE'leri anlamak ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için son derece önemlidir. Bu yüzden arayüz mutasyonlarının protein-protein etkileşimlerinin doğasını nasıl değiştirdiğini bilmek gerekmektedir. EvoEF ve FoldX gibi çeşitli hesaplamalı yaklaşımlar farklı matematiksel algoritmalar kullanarak etkileşim enerjisindeki değişimleri tahmin etmektedirler. Bu tezde, PPE'deki tüm mutasyonları tarayıp etkileşim enerjilerini bu programlarla hesaplayacak PROT-ON yaklaşımını geliştirdik. PROT-ON, arayüz mutasyonlarındaki etkileşim enerjileri değişimlerini çeşitli metrikler kullanarak bağlanmayı en iyileştiren ve en kötüleştiren mutasyonlar olarak sınıflandırmaktadır. PROT-ON'un performansını MDM2-P53 ve AXL-GAS6 kompleksleri üzerinde test ettik ve kompleks için kritik mutasyonları geliştirdiğimiz yaklaşım ile başarılı bir şekilde tahmin edebildik. PROT-ON'un kendi başına çalışan sürümünü GitHub'dan (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) Linux ve MacOS sistemleri için indirebilir ya da kullanıcı dostu bir web portalı (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001) üzerinden erişilebilirsiniz.
Özet (Çeviri)
Many biological activities in the body are mediated through protein-protein interactions (PPI). Understanding the PPIs is crucial for developing vaccines and drugs. Therefore, it is of utmost importance to understand how interfacial mutations change the nature of protein-protein interactions. To understand this phenomenon, several computational approaches such as FoldX and EvoEF have been developed. These tools estimate the change in the interaction energy by using different mathematical algorithms. In this thesis, by making use of these programs, we developed PROT-ON, which can scan all the interfacial mutations to explore the mutational landscape of a protein-protein interface. PROT-ON then classifies the mutations as most depleting or enriching, based on several metrics. We tested PROT-ON on MDM2-p53 and AXL-GAS6 complexes. For these cases, our approach was able to predict mutations that are critical to the vitality of the complex. The standalone version of PROT-ON can be cloned for Linux and macOS systems from GitHub (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) or can be accessed through a user-friendly web server (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001).
Benzer Tezler
- Yerel alan ağ yönetimi ve SNMP protokol uyumlu yeni bir kullanıcı analizi
Başlık çevirisi yok
ÖZGÜR ÇELİKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK
- Mikro ve nano boyutlu polimer esaslı floresans kemosensörlerin dizaynı
Designing of micro and nano sized polymer based fluorescence chemosensors
ECE AKKOÇ
- Polimerik kaliksarenler kullanılarak sulu ortamdaki bazı aromatik kirliliklerin kuartz kristal mikrobalans (QCM) sisteminde tespit edilmesi
Determination of some aromatic pollutants in aqueous media by using polymeric calixarenes in quartz crystal microbalance (QCM)
ZEHRA TOSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Kimya MühendisliğiKonya Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA TABAKCI
- Kumarin-pirazol-triazin halkası içeren floresans melez moleküllerin sentezi, fotofiziksel özellikleri ve anyon algılayıcısı olarak kullanılma potansiyelinin incelenmesi
The synthesize of the fluorescence hybride molecules that have coumarine-pyrazol/pyrazolone-triazine ring, the examination of photophysical features and potential as anion sensor
MELTEM ALKIŞ
- Development of a segmented detector for reactor antineutrinos
Reaktör antinötrinoları için bölmeli bir dedektörün geliştirilmesi
MUSTAFA KANDEMİR
Doktora
İngilizce
2020
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUAMMER ALTAN ÇAKIR