Geri Dön

PROT-ON: Structure-based detection of critical mutations in redesigning protein-protein interfaces

Protein-protein arayüzlerini yeni yaklaşım PROT-ON algoritması ile yeniden tasarlanması

  1. Tez No: 756234
  2. Yazar: MEHDİ KOŞACA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biostatistics, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Vücudumuzdaki çoğu biyokimyasal olay protein-protein etkileşimleri (PPE) aracılığıyla gerçekleşir. PPE'leri anlamak ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için son derece önemlidir. Bu yüzden arayüz mutasyonlarının protein-protein etkileşimlerinin doğasını nasıl değiştirdiğini bilmek gerekmektedir. EvoEF ve FoldX gibi çeşitli hesaplamalı yaklaşımlar farklı matematiksel algoritmalar kullanarak etkileşim enerjisindeki değişimleri tahmin etmektedirler. Bu tezde, PPE'deki tüm mutasyonları tarayıp etkileşim enerjilerini bu programlarla hesaplayacak PROT-ON yaklaşımını geliştirdik. PROT-ON, arayüz mutasyonlarındaki etkileşim enerjileri değişimlerini çeşitli metrikler kullanarak bağlanmayı en iyileştiren ve en kötüleştiren mutasyonlar olarak sınıflandırmaktadır. PROT-ON'un performansını MDM2-P53 ve AXL-GAS6 kompleksleri üzerinde test ettik ve kompleks için kritik mutasyonları geliştirdiğimiz yaklaşım ile başarılı bir şekilde tahmin edebildik. PROT-ON'un kendi başına çalışan sürümünü GitHub'dan (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) Linux ve MacOS sistemleri için indirebilir ya da kullanıcı dostu bir web portalı (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001) üzerinden erişilebilirsiniz.

Özet (Çeviri)

Many biological activities in the body are mediated through protein-protein interactions (PPI). Understanding the PPIs is crucial for developing vaccines and drugs. Therefore, it is of utmost importance to understand how interfacial mutations change the nature of protein-protein interactions. To understand this phenomenon, several computational approaches such as FoldX and EvoEF have been developed. These tools estimate the change in the interaction energy by using different mathematical algorithms. In this thesis, by making use of these programs, we developed PROT-ON, which can scan all the interfacial mutations to explore the mutational landscape of a protein-protein interface. PROT-ON then classifies the mutations as most depleting or enriching, based on several metrics. We tested PROT-ON on MDM2-p53 and AXL-GAS6 complexes. For these cases, our approach was able to predict mutations that are critical to the vitality of the complex. The standalone version of PROT-ON can be cloned for Linux and macOS systems from GitHub (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) or can be accessed through a user-friendly web server (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001).

Benzer Tezler

  1. Yerel alan ağ yönetimi ve SNMP protokol uyumlu yeni bir kullanıcı analizi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZGÜR ÇELİKOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK

  2. Mikro ve nano boyutlu polimer esaslı floresans kemosensörlerin dizaynı

    Designing of micro and nano sized polymer based fluorescence chemosensors

    ECE AKKOÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜNYAMİN KARAGÖZ

  3. Polimerik kaliksarenler kullanılarak sulu ortamdaki bazı aromatik kirliliklerin kuartz kristal mikrobalans (QCM) sisteminde tespit edilmesi

    Determination of some aromatic pollutants in aqueous media by using polymeric calixarenes in quartz crystal microbalance (QCM)

    ZEHRA TOSUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Kimya MühendisliğiKonya Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA TABAKCI

  4. Kumarin-pirazol-triazin halkası içeren floresans melez moleküllerin sentezi, fotofiziksel özellikleri ve anyon algılayıcısı olarak kullanılma potansiyelinin incelenmesi

    The synthesize of the fluorescence hybride molecules that have coumarine-pyrazol/pyrazolone-triazine ring, the examination of photophysical features and potential as anion sensor

    MELTEM ALKIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaGazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEYNEL SEFEROĞLU

  5. Development of a segmented detector for reactor antineutrinos

    Reaktör antinötrinoları için bölmeli bir dedektörün geliştirilmesi

    MUSTAFA KANDEMİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUAMMER ALTAN ÇAKIR