Geri Dön

PROT-ON: Structure-based detection of critical mutations in redesigning protein-protein interfaces

Protein-protein arayüzlerini yeni yaklaşım PROT-ON algoritması ile yeniden tasarlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 756234
  2. Yazar: MEHDİ KOŞACA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biostatistics, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Vücudumuzdaki çoğu biyokimyasal olay protein-protein etkileşimleri (PPE) aracılığıyla gerçekleşir. PPE'leri anlamak ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için son derece önemlidir. Bu yüzden arayüz mutasyonlarının protein-protein etkileşimlerinin doğasını nasıl değiştirdiğini bilmek gerekmektedir. EvoEF ve FoldX gibi çeşitli hesaplamalı yaklaşımlar farklı matematiksel algoritmalar kullanarak etkileşim enerjisindeki değişimleri tahmin etmektedirler. Bu tezde, PPE'deki tüm mutasyonları tarayıp etkileşim enerjilerini bu programlarla hesaplayacak PROT-ON yaklaşımını geliştirdik. PROT-ON, arayüz mutasyonlarındaki etkileşim enerjileri değişimlerini çeşitli metrikler kullanarak bağlanmayı en iyileştiren ve en kötüleştiren mutasyonlar olarak sınıflandırmaktadır. PROT-ON'un performansını MDM2-P53 ve AXL-GAS6 kompleksleri üzerinde test ettik ve kompleks için kritik mutasyonları geliştirdiğimiz yaklaşım ile başarılı bir şekilde tahmin edebildik. PROT-ON'un kendi başına çalışan sürümünü GitHub'dan (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) Linux ve MacOS sistemleri için indirebilir ya da kullanıcı dostu bir web portalı (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001) üzerinden erişilebilirsiniz.

Özet (Çeviri)

Many biological activities in the body are mediated through protein-protein interactions (PPI). Understanding the PPIs is crucial for developing vaccines and drugs. Therefore, it is of utmost importance to understand how interfacial mutations change the nature of protein-protein interactions. To understand this phenomenon, several computational approaches such as FoldX and EvoEF have been developed. These tools estimate the change in the interaction energy by using different mathematical algorithms. In this thesis, by making use of these programs, we developed PROT-ON, which can scan all the interfacial mutations to explore the mutational landscape of a protein-protein interface. PROT-ON then classifies the mutations as most depleting or enriching, based on several metrics. We tested PROT-ON on MDM2-p53 and AXL-GAS6 complexes. For these cases, our approach was able to predict mutations that are critical to the vitality of the complex. The standalone version of PROT-ON can be cloned for Linux and macOS systems from GitHub (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) or can be accessed through a user-friendly web server (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    412762

    Larengofarengeal reflü hastalarında lansoprazol ve lansoprazol+domperidon tedavilerinin etkinliklerinin karşılaştırılması

    Comparison of the efficacy of lansoprazole and lansoprazole + domperidone treatment on the laryngopharyngeal reflüx patients

    İBRAHİM AKIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Kulak Burun ve BoğazBozok Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZELİHA KAPUSUZ GENCER

  2. Tez No

    413368

    Poli (linoleik asit)-g-poli (metil metakrilat) graft kopolimerin sentezi ve elektriksel karakterizasyonu

    Synthesis and electrical characterization of poly (linoleic acid)-g-poly(methyl methacrylate) graft copolymer

    HAYAT ÇULCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Fizik ve Fizik MühendisliğiDüzce Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHARREM GÖKÇEN

  3. Tez No

    413398

    Computational study on the effect of ph on the binding behaviour of HLA-B alleles

    HLA-B alellerinin bağlanma davranişinda ph etkisi üzerine hesapsal çalişma

    ZEYNEP KUTLU KABAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA

  4. Tez No

    413458

    Sülfonamit içeren aminobenzotiyazol ile proton transfer tuzunun sentezi, geçiş metal komplekslerinin hazırlanması ve kullanım alanlarının araştırılması

    The synthesis of the proton transfer salt with aminobenzothiazole including sulfonamide and their transition metal complexes, and studies on their applications

    ZEYNEP ALKAN ALKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaDumlupınar Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CENGİZ YENİKAYA

  5. Tez No

    414152

    Omuz manyetik rezonans görüntülerinden Humerus bölütlenmesi ve Hill-Sachs lezyonlarının tespiti

    Segmentation of Humeral head from magnetic resonans shoulder images and determination of Hill-Sachs lesions

    AYSUN SEZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SONGÜL ALBAYRAK

Geri Dön