Geri Dön

Metaproteomic analysis of saliva samples from parkinson's disease patients with cognitive impairments

Kognitif bozukluğu olan parkinson hastalarından alınan tükürük örneklerinin metaproteomik analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 756702
  2. Yazar: BALKIS KURBEH
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SÜLEYMAN YILDIRIM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 44

Özet

Parkinson Hastalığı (PD), beyindeki dopaminerjik nöronların bozulmasını ve ölümünü ve alfa-sinüklin (α-syn) protein birikimini (Lewy cisimcikleri) içeren bir Nörodejeneratif Hastalıktır (NDD). PD semptomları, hem titreme gibi motor semptomları hem de anormal tükürük üretimi ve bilişsel bozulma (CI) gibi motor olmayan semptomları içerir. CI, PD hastalarının ve bakıcılarının yaşamlarını trajik bir şekilde etkileyen ve yaşamı tehdit eden aşamalara ulaşan demansa dönüşebilir. Bu nedenle, PH'de CI ve demans ilerlemesini saptamak ve izlemek için invaziv olmayan ve doğru biyobelirteçler geliştirmek acildir. Beyin omurilik sıvısı (BOS), PH'de CI biyobelirteçleri için yararlı bir kaynak olmasına rağmen, elde etme yöntemi invaziv olarak kabul edilir. Böylece tükürük, hem insan hem de mikrobiyal proteinlerin saptanmasına yardımcı olan iyi bir ikamedir ve sağlık/hastalık ile mikrobiyom-konak ilişkisini göz önünde bulundurarak MetaProteomik analizine izin verir. Ek olarak, Kütle Spektrometrisi (MS) teknolojilerinin ve biyoinformatik araçlarının geliştirilmesi, metaproteomik çalışmalara yardımcı olur. Burada, üç çalışma grubunun tükürük metaproteome içeriğini analiz ettik; nano-Sıvı Kromatografi tandem Kütle Spektrometresi (nLC-MS/MS), DIA-NN kullanılarak Sağlıklı Kontrol (HC: 28), Hafif Bilişsel Bozukluğu olan Parkinson hastaları (PD-MCI: 40) ve Demanslı Parkinson hastaları (PDD: 40) boru hattı ve R-programı. Sonuçlar, bakteriyel proteinlerin üç çalışma grubunu farklılaştırdığını ve tanımlanan 435 protein grubu bolluğu dışında, protein grubunun Uzama Faktörü Tu (EF-Tu) azalmasının CI ilerlemesi ile anlamlı bir ilişki gösterdiğini gösterdi (p

Özet (Çeviri)

Parkinson's Disease (PD) is a NeuroDegenerative Disease (NDD) that includes impairment and death of dopaminergic neurons at the brain and alpha-synuclein (α-syn) protein accumulation (Lewy bodies). PD symptoms include both motor symptoms, such as tremor, and non-motor symptoms, such as abnormal saliva production and cognitive impairment (CI). CI can develop to dementia tragically affecting the lives of PD patients and their caregivers, reaching to life threating stages. Therefore, developing non-invasive and accurate biomarkers for detecting and monitoring CI and dementia progression in PD is urgent. Although, cerebrospinal fluid (CSF) is a useful source for CI-biomarkers in PD, its obtainment method is considered invasive. Thereby, saliva is a good replacement aiding the detection of both human and microbial proteins, allowing MetaProteomics analysis considering microbiome-host relationship with health/disease. Additionally, the development of Mass Spectrometry (MS) technologies and bioinformatics tools aid metaproteomics studies. Here, we analyzed salivary metaproteome content of three study groups; Healthy Control (HC: 28), Parkinson's patients with Mild Cognitive Impairment (PD-MCI: 40), and Parkinson's patients with Dementia (PDD: 40), using nano-Liquid Chromatography tandem Mass Spectrometry (nLC-MS/MS), DIA-NN pipeline, and R-program. Results showed that bacterial proteins differentiate the three study groups, and out the 435 protein groups abundances identified, the decrease of the protein group Elongation Factor Tu (EF-Tu) showed significant association with CI progression (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    884290

    Metaproteomic analysis of barley germination regime under the influence of increased temperature

    Arttırılmış sıcaklık etkisi altında arpa çimlenme rejiminin metaproteomik analizi

    ELİF GÖKSU KIZILYAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyokimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİDEM BALKANLI

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FLORİAN WEİLAND

  2. Tez No

    662696

    Discovery of novel enzymes using proteomic approaches

    Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi

    MERVE ÖZTUĞ KILINÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ

  3. Tez No

    496584

    Reşadiye kaplıcasının genomik ve metaproteomik açıdan incelenmesi

    A genome and metaproteomic investigation of Resadiye spring

    MELİS ÇAKDİNLEYEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİLGE HİLAL ÇADIRCI

  4. Tez No

    646267

    Alzheimer hastalığı transgenik fare modelinde nano-LC-MS/MS metaproteomik analiz yöntemi ile bağırsak florasındaki değişimin araştırılması

    Investigation of change in intestinal flora in alzheimer's disease transgenic mouse model BY nano-LC-MS / MS metaproteomic method

    ESRA AYAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL

Geri Dön