Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
- Tez No: 662696
- Danışmanlar: PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER, DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 158
Özet
Son on yılda, aşırı ortamlarda, 50 °C' nin üzerindeki sıcaklıklarda hayatta kalan ve büyüyen termofilik mikroorganizmalar ve bu mikrobiyal toplulukların bileşimsel ve işlevsel potansiyeli hakkındaki bilgimizi artırmamıza izin verecek şekilde çalışmalar artmıştır. Bu mikroorganizmalar, gelecekte biyokatalizör görevi görme potansiyeline sahip ısıya dirençli enzimleri ifade ettikleri için endüstriyel işlemler için büyük önem taşımaktadır. Çevresel örneklerden yeni enzimleri keşfetmek için proteomik ve metaproteomik yaklaşımlar geliştirmek, gelişmiş kütle spektrometrisi (MS) tabanlı teknikler sayesinde artan bir ilgi araştırmasıdır. Bu çalışmada, zorlu çevre koşullarından yeni enzimler keşfetmek için proteomik ve metaproteomik yaklaşımlar uygulanmıştır. Jeotermal kaynaklar, termofilik bakterilerin habitatları arasındadır. Türkiye'de çok sayıda termofilik bakteri için potansiyel yaşam alanına sahip çok sayıda kaplıca vardır ve bu, yeni termofilik mikroorganizmaların keşfi için iyi bir fırsat sunmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'nin Yalova bölgesindeki Armutlu kaplıcası ilk kez bu çalışma ile mikrobiyal çeşitlilik açısından taranmış ve termofilik bakteri konsorsiyumu, proteomik yaklaşımlar kullanılarak incelenmiştir. Çalışmada thermofilik bakteri açısından zenginleştirilmiş bakteri kültürünün tam proteom analizi, sıvı kromatografi (LC) yüksek çözünürlüklü (HR) kütle spektrometresi (MS) teknikleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Tanımlanan proteinler, metaproteomik veri analizi ve yorumlanması yoluyla taksonomi, moleküler fonksiyon, hücresel bileşen ve biyolojik süreçler kategorilerine ayrılmış ve bakteriyel çeşitlilik karakterize edilmiştir. Kültürlerden alınan numunelerin her birinde 1500'den fazla protein tanımlanmıştır. Birçok termofilik mikroorganizma ve ayrıca asidotermofiller tespit edilmiştir. Firmiküt ve proteobakteri'nin, mikrobiyomun yaklaşık % 53'ünü temsil ettiği tespit edilmiştir. Çalışmalar, Geobacillus suşunun ağırlıklı olarak kaplıca ağzından toplanan su örneğinin mikrobiyomunu temsil ettiğini (T = 79 °C), havuzdan alınan numunenin (T = 56 °C) baskın olarak Bacillus, Geobacillus, Staphylococcus, Anoxybacillus suşları ile temsil edildiğini doğrulamıştır. Mikrobiyal çeşitlilik analizi dışında Armutlu'dan toplanan örnekler termofilik organizmalar açısından zenginleştirilerek proteaz, amilaz, lipaz ve pullulanaz aktivitesi açısından taranmıştır. Kaplıcanın termofilik bakteri içeriği, taranan enzimler için aktiviteler göstermiş ve bu da onu termofilik mikroorganizma araştırmaları için iyi bir kaynak haline getirmiştir. Armutlu Kaplıca ağzından (74.9 °C, pH: 7.1) toplanan su örneğinden çubuk şeklinde, gram pozitif ve aerobik bir bakteri izole edilmiştir. Örnek toplama sahasının GPS koordinatları 40.545557 ° K, 28.841777 ° şeklindedir. Bakterilerin 80 °C'de hayatta kaldığı ve optimum yetiştirme sıcaklığının 65 °C olduğu gözlenmiştir. İzole edilmiş bakterinin 16S rRNA gen diziliminin, % 98.2'lik bir dizi benzerliği ile termofilik Geobacillus kaustophilus suşu BGSC 90A1'e oldukça yakın olduğunu görsterilmiştir. Termofilik mikroorganizmalar tarafından sentezlenen enzimler tipik olarak ısıya dayanıklıdır ve yüksek sıcaklıklarda optimal olarak aktivite gösterir. Bu nedenle, bu yeni tür veya suş, biyoteknolojik uygulamalarda kullanılabilecek yeni enzimleri ifade etme potansiyeline sahip bir gen kütüphanesi olarak hizmet etmesi için tüm genom dizileme (WGS) analizine tabi tutulmuştur. WGS analizi, bakterinin Geobacillus thermoleovorans ailesinin yeni bir türü olduğunu göstermiştir. Geobacillus thermoleovorans'ın bu yeni türü ARTRW1 olarak adlandırılmıştır. Geobacillus thermoleovorans ARTRW1'in genom dizileri, CP042251 erişim numarası altında DDBJ / EMBL / Genbank'ta saklanmaktadır. İlişkili BioProject ve BioSample erişim numaraları sırasıyla PRJNA556596 ve SAMN12360852'dir. Ham okumalar SRA erişim numarası SRX7882959 altında Kısa Okuma Arşivinde saklanmıştır. Ayrıca, bu yeni ARTRW1 suşu, TPP (Termal Proteom Profilleme) kullanılarak proteom çapında termal stabilite için araştırılmıştır. TPP, her bir proteinin termal denatürasyon profillerini belirleyerek aynı anda binlerce proteinin yapısal bilgilerini ve erime davranışını incelememizi sağlayan yeni bir çoklanmış kantitatif kütle spektrometresi yöntemidir. Geobacillus thermoleovorans ARTRW1 proteomunun TPP analizi, 1321 proteinin tanımlanması ve termal stabilite profillemesiyle sonuçlanmıştır.“Veriler, PXD018380 tanımlayıcısına sahip ProteomeXchange aracılığıyla elde edilebilir.”Geobacillus thermoleovorans proteomunun çoğunluğunun 62.5 °C ile 72 °C arasında eridiği ve Tm ortalama değerinin 68.11 ± 6.6 °C olduğu gözlemlenmiştir. Proteom, endüstriyel uygulamalarla ilgili olan termostabil enzimler açısından araştırılmıştır. Amilaz, proteaz ve lipazlar dahil olmak üzere çeşitli enzimlerin erime özellikleri gösterilmiştir. Bu bilgi ilgili enzimlerin spesifik endüstriyel proseslere uygulanabilirlikleri açısından oldukça bilgilendiricidir. Protein erime sıcaklığı ile yapısal özellikler arasında korelasyon analizi yapılmıştır; moleküler ağırlık, bolluk ve α-sarmal yapı yüzdeleri ile çok zayıf korelasyon gözlenmiştir. Birlikte ele alındığında, bu çalışmada termal bir proteomun özellikle tıp, gıda mühendisliği ve kozmetik uygulamalarında oldukça umut verici olan yüksek Tm değerlerine sahip tüm proteinleri listelenmiş ve sistem genelinde erime profili analizi gösterilmiştir. Elde edilen Tm değerleri, saflaştırılmış proteinlere uygulanan biyofiziksel yöntemlerle elde edilenlere benzer bulunmuştur. Elde edilen tüm bulguların ışığında şunu söyleyebiliriz ki, TPP analizi, termofilik enzim araştırmalarını ve yeniliklerini hızlandırmak için önemli endüstriyel ve biyomedikal potansiyellere sahiptir. Son olarak, WGS verilerine bağlı olarak endüstriyel olarak ilgili enzimleri kodlayan genler araştırılmıştır. Derin bir literatür araştırmasının ardından, aşağıdaki nedenlerden dolayı Serine proteaz AprxX geninin klonlanmasına ve karakterize edilmesine karar verilmiştir; İlk olarak, bu proteaz, endüstride kullanılabileceği varsayılan yeni bir proteaz olma potansiyeline sahiptir, çünkü gen daha önce rekombinant olarak ifade edilmemiş ve karakterize edilmemiştir. Bazı termostabil serin proteaz genlerinin rekombinant olarak ifade edildiği ve karakterize edildiği gözlemlenmiştir. Bununla birlikte, NCBI BlastP analizi, incelenen en yakın genin Geobacillus thermoleoverans'ın serin proteaz AprX genine % 56 amino asit sekansı benzerliğine sahip olan Bacillus subtilis'e (168 suşu) ait olduğunu göstermiştir. İkincisi, Pseudomonas'tan serine proteaz AprX geni, UHT sütün potansiyel bozulmasından sorumlu tutulmaktadır ve Pseudomonas AprX enzimi bugün dünya çapınca birçok laboratuvar tarrafından çokça çalışılmaktadır. Geobacillus AprX enziminin biyofiziksel karakterizasyonu, başka organizmalara ait AprX proteazlara benzer motiflere sahip bir termostabil serin metaloproteaz olduğundan, bu tarz enzimlerin işlevini anlamaya ve aktivitesinin moleküler temelini ve substratlarıyla ilişkisini netleştirmeye yardımcı olabilir. Yeni enzimi rekombinant olarak üretmek için, hücre canlılığından ödün vermeden istenen formda mümkün olan en iyi protein verimini elde etmek için iki farklı ekspresyon sistemi oluşturulmuş ve bunlardan ikisine de His Tag saflaştırma etiketi dâhil edilmiştir: (i) proteaz yapısal geni (AprX ) indüklenebilir tac promotörü altında saflaştırmayı kolaylaştıran bir GST füzyon proteini oluşturan pET-42b vektöründe; (ii) serin proteaz yapısal geni (AprX) indüklenebilir güçlü promotör T7lac'ın kontrolü altında olan ve bir C Terminal His-Tag saflaştırma kriterine sahip olan pET-28a (+) vektöründe. pET-42b vektörü ile GST ve His Tag Füzyonları ile tam proteinin biyosentezini takiben, enzimin N terminalinden sonra 21 amino asit kalıntısından sonra proteazın kesilmesi şeklinde bir translasyon sonrası modifikasyonun meydana geldiği gözlemlenmiştir. Bulgu, çoğu serin proteazın, N-terminal kısmında bulunan kısa bir amino asit dizisinin translasyon sonrası bölünmesiyle modifiye edilen inaktif öncüler“zimojenler”olarak sentezlendiği gerçeğiyle tutarlıdır. Bu nedenle enzimin ekspresyonu, C-terminal his Tag yapısı kullanılarak Pet-28a (+) vektörü ile tamamlanmıştır. Protein ekspresyonunun optimizasyonu, 37 °C'de 1 mM IPTG varlığında 4 saat indüksiyon sonrası en fazla miktarda protein eldesiyle sonuçlanmıştır. Bununla birlikte, proteinin neredeyse %90'ı pelette inklüzyon cisimcikleri olarak bulunmuştur. Protein ekpresyonunun, 1 mM IPTG ile indüksiyonu sonrası 24 saat 18 °C 'da gerçekleştirilmesi, çözünür protein verimini önemli ölçüde iyileştirdiği gösterilmiştir. Gen başarıyla ifade edildikten sonra saflaştırma çalışmaları yapılmıştır. Protein, His etiketi yöntemi kullanılarak saflaştırılmıştır. Saflık, SDS PAGE ve western blot analizi kullanılarak teyit edilmiştir. SDS-PAGE analizinin bir sonucu olarak, saflaştırmadan sonra yaklaşık 43 kDa ve 25 kDa'lık moleküler ağırlığa karşılık gelen iki kalın bant ve daha küçük moleküler ağırlıklara tekabül eden ince bantlar gözlemlenmiştir. Western Blot analizi, yalnızca 43 kDa bandında gözlemlenen proteinin His-etiketli N-Terminal bölgesini içerdiğini göstermiştir. Bir serin proteaz inhibitörü olan PMSF varlığında ve yokluğunda proteazın uzun süreli inkübasyonu sonrası gerçekleştirilen SDS-PAGE analizi, daha büyük moleküler ağırlıkta ki bandın zamanla azaldığını hatta neredeyse kaybolduğunu ve düşük MW ağırlıklı protein bandının arttığını göstermiştir. Proteazın tüm formlarının proteomik incelemesi sonunda yalnızca 43 kDa formunun tüm aktif bölge amino asitlerini (Asp-151, His-183 ve Ser-381) içerdiği gösterilmiştir. Tüm bu bilgiler ışığında proteazın, enzimin olgun aktif formunun moleküler ağırlığının 43 kDa olduğu, ve proteazın zaman içerisinde otoliz ile daha da bölünerek inaktif forma geçtiği söylenebilir. Proteinin aktivitesi, substrat olarak kazein kullanılarak kinetik deney ile belirlenmiştir. Enzim aktivitesinin, proteinin termofilik doğası ile tutarlı olarak 55 °C'de maksimum aktivite göstererek artan sıcaklıkla arttığı gösterilmiştir. Enzim sırasıyla 30,42 min-1 ve 30.123 min-1. mM-1 kcat ve Kcat / Km değerleri ile kazeine karşı maksimum aktivite göstermiştir. Enzim, 5-11 arasında geniş bir pH aralığında aktivite göstermiştir. Organik çözücülerin (%50 w/w) enzim aktivitesi üzerindeki etkisi de araştırılmıştır. Enzimin, metanol ve etanol varlığında aktivitesini tamamen koruduğu ve DMSO ve butanol varlığında aktivitesinin %60'ını koruduğu gözlemlenmiştir. Asetonitril, acetone, kloroform ve propanol'ün enzim üzerinde önleyici bir etkiye sahip olduğu gözlemlenmiştir. Çeşitli metal iyonlarının, deterjanların ve inhibitörlerin etkileri de araştırılmış olup, proteazın, literatürdeki benzer enzimlerle karşılaştırıldığında deterjanlara oldukça toleranslı olduğu bulunmuştur. Enzimin, PMSF tarafından inhibe edilmesi onun bir serin proteaz olduğunu doğrulamıştır. Tripsin benzeri serin proteaz özellikleriyle tutarlı olarak Zn2 + ve Ni2 + varlığında enzim tamamen inhibe olmuştur. % 10 ila 20 (w/v) NaCl varlığında, enzim optimum koşullar altında maksimum aktivite göstermiştir. Enzimin 30 ila 70 °C arasında stabil olduğu ve 55 °C 'de 3 saat boyunca% 80 aktiviteyi koruduğu gözlemlenmiştir. Enzimin deterjan toleransı, onu deterjan formülasyonlarında kullanılmak için uygun bir aday kılmaktadır, çünkü endüstriyel çamaşır koşullarında alkalin proteazlar genellikle 60 °C'de 10 dakika süreyle kullanılır. Sonuç olarak, Geobacillus thermoleovorans ARTRW1'den sübstratlarını spesifik olmayan bir şekilde kesen yeni bir tripsin benzeri termostabil serin proteaz üretilmiş ve karakterize edilmiştir. Bu yeni proteaz, yüksek sıcaklıklarda uzun vadeli stabilite gerektiren çeşitli endüstriyel uygulamalarda kullanım için bir önemli bir adaydır.
Özet (Çeviri)
Thermophilic microorganisms that survive and grow in extreme environments, above temperatures of 50 °C, have been well studied over the last decade allowing us to increase our knowledge of the compositional and functional potential of these microbial communities. These microorganisms are of great importance for industrial processes since they express heat resistive enzymes with the potential to serve as a biocatalyst in future. Developing proteomic and metaproteomic approaches to discover novel enzymes from environmental samples is growing research of interest owing to the advanced mass spectrometry (MS) based techniques. In this study, proteomics and metaproteomics approaches were applied to discover novel enzymes from harsh environmental conditions. Geothermal sources are among the habitats of thermophilic bacteria. In Turkey, there are many spas that have the potential habitat for numerous thermophilic bacteria, and this offers a good opportunity for the discovery of new thermophilic microorganisms. In this study, a thermophilic bacterial consortium of the Armutlu Hot Spring in the Yalova region of Turkey was investigated in a culture dependent manner using proteomic approaches.Within the scope of this study, microbial diversity of Armutlu hot spring has been investigated for the first time.. Full proteome analysis was performed using liquid chromatography (LC) high resolution (HR) mass spectrometry (MS) techniques. Bacterial diversity was characterized by classification of the identified proteins into taxonomy, cellular component, molecular function and the biological process through metaproteomic data analysis and interpretation. More than 1500 proteins were identified in each of the samples from the cultures. categories. Several thermophilic microorganisms and also acidothermophiles were detected. Firmicutes and proteobacteria represented approximately 53% of the microbiome. The studies confirmed that the genus Geobacillus predominantly represents the microbiome of the water sample collected from the vent of the hot spring (T=79 °C) whereas the sample taken from the pool (T=56 °C) represented by dominantly by the genus Bacillus, Geobacillus, Staphylococcus, Anoxybacillus. Apart from microbial diversity analysis, samples collected from Armutlu Hot Springs were enriched in thermophilic organisms and screened for protease, amylase, lipase and pullulanase activity. The thermophilic bacterial consortium of the hot springs has shown activities for all of the screened enzymes which makes it a good source for thermophilic microorganism research. A rod-shaped, gram-positive and aerobic bacterium was isolated from the water sample collected from the vent of Armutlu Hot Springs (74.9°C, pH: 7.1). GPS coordinates of the sample collection site are 40.545557 °N, 28.841777 °E. It has been observed that the bacteria survive at 80 °C and the optimal cultivation temperature was found to be as 65 °C. The 16S rRNA gene sequencing has shown that the isolated bacteria was quite close to the thermophilic Geobacillus kaustophilus strain BGSC 90A1 with a sequence similarity of 98.2%. Enzymes synthesized by thermophilic microorganisms are typically thermostable and optimally show activity at high temperatures. For this reason, this new type or strain was subjected to whole genome sequencing (WGS) analysis to serve as a library of genes potentially expressing novel enzymes which could be used in biotechnological applications. WGS analysis has shown that the bacteria are a novel strain of the Geobacillus thermoleovorans family. This new strain of the Geobacillus thermoleovorans was named as ARTRW1. The genome sequences of the Geobacillus thermoleovorans ARTRW1 have been deposited at DDBJ/EMBL/Genbank under the accession number CP042251. Associated BioProject and BioSample accession numbers are PRJNA556596 and SAMN12360852 respectively. The raw reads were deposited in the Short Read Archive under the SRA accession number SRX7882959. Furthermore, this novel strain ARTRW1 was investigated for proteome-wide thermal stability analysis using TPP (Thermal Proteome Profiling). TPP is a recently developed multiplexed quantitative mass spectrometry method, enabled us to examine the structural information and melting behavior of thousands of proteins simultaneously by determining the thermal denaturation profiles of each protein. TPP analysis of Geobacillus thermoleovorans, ARTW1 proteome resulted in the identification and thermal stability profiling of 1321 proteins.“Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD018380”. The majority of Geobacillus thermoleovorans proteome was observed to melt between 62.5 °C to 72 °C, with Tm mean value of 68.1 ± 6.6 °C. The proteome was investigated in terms of thermostable enzymes that are relevant to industrial applications. Unfolding characteristics of several enzymes including amylase, protease and lipases were demonstrated which is highly informative in terms of their applicability to specific industrial processes. A significant correlation was observed between protein melting temperature and the structural features; molecular weight and abundance, whereas very weak correlation was observed with α-helix structure percentages. Taken together, we demonstrated a system-wide melting profile analysis of a thermal proteome and listed proteins with elevated Tm values that are highly promising for applications in medicine, food engineering and cosmetics in particular. The extracted Tm values were found similar to those obtained by biophysical methods applied to purified proteins. TPP analysis has significant industrial and biomedical potential to accelerate thermophilic enzyme research and innovation. Lastly, using the WGS data, the genes for coding the industrially relevant enzymes were investigated. Following a deep literature search, it was decided to clone and characterize Serine protease AprxX gene due to the following reasons; firstly, this protease has a potential to be a novel protease that can putatively be used in industry but the gene was not recombinantly expressed and characterized before. Some thermostable serine protease genes were found to be recombinantly expressed and characterized from close relatives. However, NCBI BlastP analysis have shown that the closest gene that was studied belongs to the Bacillus subtilis (strain 168) which has 56% amino acid sequence similarity to the serine protease AprX gene of Geobacillus Thermoleoverans. Secondly, serine protease AprX gene from Pseudomonas is blamed for potential spoilage of UHT milk and it becomes important to study AprX from Pseudomonas. Since it is a thermostable serine metalloprotease with some similar motifs to the other AprX, proteases biophysical characterization of the AprX enzyme might help to understand the function of the enzyme and to clarify the molecular basis of its activity and relationship to its substrates. To express the novel enzyme, two expression systems were constructed in order to obtain the best yield of protein in its fully active form, without compromising cell viability, and including a purification tag in two of them: (i) the protease structural gene (AprX) in the pET-42b vector, which creates a GST fusion protein that facilitates purification, under the inducible tac promoter; (ii) the serine protease structural gene (AprX) in the pET-28a(+) vector, which is under the control of the inducible strong promoter T7lac and possesses a C Terminal His-Tag purification criteria. It was observed that a post translational modification occurred following the biosynthesis of the full protein with the GST and His Tag fusions which is the cleavage of the protease from the 21 amino acid residue after the N terminus of the enzyme. The finding is consistent with the fact that most serine proteases are synthesized as inactive precursors 'zymogens' which are further modified to an active form by post-translational cleavage of short amino acid sequence from the N-terminal. Therefore, the expression of the enzyme was completed using the C-terminal His Tag construction. Optimization of the protein expression resulted that 4 h of 1 mM IPTG induction at 37 °C yielded the most amount of protein. However, almost 90% of the protein was found in the pellet as inclusion bodies. It was demonstrated that expression at 18 °C for 24 h with 1 mM IPTG induction improved the yield of soluble protein significantly. After the gene was successfully expressed, purification studies were conducted. The protein was purified using His-Tag method. The purity was confirmed using SDS-PAGE and Western Blot analysis. As a result of SDS-PAGE analysis, two thick bands corresponding to molecular weights of about 43 kDa and 24 kDa and several thinner bands corresponding to smaller molecular weights were observed after purification. Western Blot analysis showed that only the 43 kDa contained the His-tagged N-Terminal region of the protein. Prolonged incubation of the protease in the presence and absence of a serine protease inhibitor PMSF has shown that the larger molecular weight band decreases by time with the simultaneous increase in the low MW weight protein. As a result of proteomic analysis of all protease forms, it was shown that only 43 kDa form contains all active site amino acids (Asp-151, His-183 and Ser-381). In the light of all this information, it can be concluded that the molecular weight of the protease, which is the mature active form of the enzyme, is 43 kDa and that the protease is further cleaved into inactive form by autolysis over time. The function of the enzyme was tested by proteomic identification of the cleavage sites using the BSA as a substrate. It was found that the enzyme has a partial preference to R, K and L residues similar to trypsin but it also cleaves after the C-terminal end of E, S, V, F, G, H, N, T residues. The enzyme showed an activity towards FITC-casein with a kcat and Kcat/Km values of 30.42 min-1 and 30.12 min-1. mM-1 respectively. The enzyme activity was shown to increase by the increased temperature by showing the maximum activity at 55 °C consistent with the thermophilic nature of the protein. The enzyme showed activity over a broad pH range between 5 and 11. The effect of organic solvents (50% w/w) on enzyme activity was also investigated. The enzyme completely retained its activity in the presence of methanol and ethanol and retained 60% of its activity in the presence of DMSO and butanol. Other solvents such as acetonitrile, chloroform, acetone and propanol had an inhibitory effect on the enzyme. The protease has been found to be highly tolerant of detergents compared to similar enzymes in the literature. The enzyme was inhibited by PMSF, confirming that it is a serine protease. The enzyme was completely inhibited in the presence of Zn2+ and Ni2+, which is consistent with trypsin-like serine protease characteristics. In the presence of 10 to 20 % (w/v) NaCl, the enzyme showed maximum activity under optimum conditions. It was stable from 30 °C to 70 °C, retaining 80 % activity for 3 hours at 55 °C. The detergent tolerance of the enzyme makes it a suitable candidate to be used in detergent formulations since in industrial laundry conditions alkaline proteases are commonly used for 10 minutes at 60 °C. In conclusion, a new trypsin-like thermostable serine protease was produced and characterized from Geobacillus thermoleovorans ARTRW1 that non-specifically cleaves substrates. This new protease could be a candidate for use in a variety of industrial applications that require long term stability at elevated temperatures.
Benzer Tezler
- Meme kanseri hücre hatlarında karşılaştırmalı yüzey proteom analizi
Comparative surface proteome analysis in breast cancer cell lines
MEHMET SARIHAN
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT KASAP
- Exploring the interactome of recombinant CRY1 protein by proximity labeling
Rekombinant CRY1 proteinin etkileştiği proteinlerin proksimite etiketleme tekniği ile belirlenmesi
SENANUR OLFAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Discovery of new cellulose-hydrolyzing enzymes using metagenomic approach
Metagenomik yöntem kullanılarak selüloz parçalayan yeni enzimlerin keşfedilmesi
SEVDE ŞENCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
DOÇ. DR. YAVUZ ÖZTÜRK
- Exploration of novel serine protease do-like HtrA from acigöl
Acıgöl'den yeni serin proteaz do-like HtrA enziminin keşfi
MERYEM MENEKŞE KILIÇ
Doktora
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
PROF. DR. NURGÜL ÇELİK BALCI
- In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı
TUĞBA MEHMETOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyofizikKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ