Geri Dön

Mitokondriyal elektron transportunda görev alan NDUFB3 geninin oral premalin lezyonlarda epigenetik biyobelirteç potansiyelinin araştirilmasi

Investigation of the epigenetic biomarker potential of the NDUFB3 gene in oral premalinant lesions involved in mitochondrial electron transport

PDF İndir

  1. Tez No: 759621
  2. Yazar: IŞIL MELİS ZÜMRÜT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Biyoloji, Molecular Medicine, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Ağız hastalıkları, Ağız neoplazmları, Biyobelirteçler, Biyobelirteçler-tümör, Epigenetik, Genler, Mitokondriler, Mouth diseases, Mouth neoplasms, Biomarkers, Biomarkers-tumor, Epigenetic, Genes, Mitochondria
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Baş-boyun kanserleri arasında yer alan oral kavite kanserlerinin %90 gibi büyük bir kısmı oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC)'dan oluşmaktadır. Oral kanserler etiyolojik olarak sıkça çevresel özelliklerden etkilenmesi sebebiyle hem genetik hem de epigenetik çalışmaların birlikte incelendiği bir kanser türüdür. Oral kanserlerde gözlenen en yaygın epigenetik modifikasyon DNA'daki 5′-CG-3′ dizisindeki sitozinin 5 pozisyonundaki karbona bir metil grubunun (CH3) kovalent olarak eklenmesi olan DNA metilasyonudur. Demokan ve ark. yapmış olduğu TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada OSCC hastalarında tümör dokusunun eşlenik normal dokuya göre NADH:Ubikinon NADH Dehidrojenaz (NDUFB3) genine ait promoter bölgesinde yer alan CpG adacıklarında hipometillendiği ve ekspresyon seviyelerinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızda, 30 OSCC ve 30 OPML hastasına ait eşlenik normal doku, tümör, vücut sıvıları ve 15 sağlıklının normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde NDUFB3 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerini inceledik. OSCC ve OPML hasta grupları ile sağlıklı gruplardan elde edilen veriler arasındaki moleküler farklılıklar ve klinik bilgiler karşılaştırılarak NDUFB3 geninin kanserin erken tanısında biyobelirteç olarak potansiyel kullanılabilirliği incelendi. NDUFB3 geninin ekspresyon düzeyini belirlemek için qRT-PCR yöntemi, metilasyon düzeyini belirlemek için qMSP yöntemi kullanıldı. Yapılan deneyler sonucunda; OPML hasta grubunun yaklaşık %23'ünde genin ekspresyon seviyesinde azalma, yaklaşık %36'sında genin ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken %40'ında genin ekspresyonunda anlamlı bir değişiklik gözlenmedi. OSCC grubunun yaklaşık %33'ünde eşlenik normal dokuya kıyasla genin ekspresyon seviyesinde artma, %40'ında genin ekspresyon seviyesinde azalma tespit edildi. OSCC ve OPML gruplarının ve sağlıklı grubun tümör, normal doku ve vücut sıvı örneklerinde metilasyona rastlanmamıştır. OSCC ve OPML hasta gruplarının ekspresyon seviyesindeki değişiklikler klinik parametreler ile kıyaslandığında anlamlılık görülmesine rağmen metilasyon varlığı tespit edilememesinden dolayı değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. OPML grubunda NDUFB3 geninin hipometilasyonu ve NDUFB3 geninin ekspresyon seviyesinde artma görülmesi spesifik olarak maliniteye yatkın olduğu görüşünü destekler niteliktedir.

Özet (Çeviri)

Oral squamous cell carcinoma (OSCC) constitutes 90% of oral cavity cancers, which are among the head and neck cancers. Oral cancer is a type of cancer in which both genetic and epigenetic studies are examined together since it is frequently affected by environmental features. The most common epigenetic modification observed in oral cancers is DNA methylation, which is the covalent addition of a methyl group (CH3) to the carbon at position 5 of cytosine in the 5′-CG-3′ sequence of DNA. In the study numbered TÜBİTAK-SBAG-114S497 by Demokan et al., it was observed that tumor tissue in OSCC patients was hypomethylated in the CpG islets in the promoter region of the NADH:Ubiquinone NADH Dehydrogenase (NDUFB3) gene compared to the conjugated normal tissue, and accordingly, there was an increase in its expression levels. In our study, we examined the expression and methylation levels of the NDUFB3 gene in tumor, conjugated normal tissue, serum and saliva samples from 30 OSCC and 30 OPML patients and in normal mucosa, serum and saliva samples from 15 healthy individuals. The potential utility of the NDUFB3 gene as a biomarker in the early diagnosis of cancer was examined by comparing the clinical information and molecular differences between data from OSCC and OPML patient groups and healthy groups. The qRT-PCR method was used to determine the expression level of the NDUFB3 gene, and the qMSP method was used to determine the methylation level. As a result of the experiments; While a decrease in expression level was observed in approximately 23% of the OPML patient group, an increase in expression level was observed in approximately 36%, no significant change in expression level was observed in 40%. Compared to the conjugated normal tissue, approximately 33% of OSCC patients had an increase in expression level and a decrease in 40%. No methylation was found in tumor, normal serum and saliva samples of OSCC and OPML patients and healthy group. Although the changes in the expression level of OSCC and OPML patient groups were significant when compared with clinical parameters, it was determined that there was no significant effect on the changing expression levels because the presence of methylation could not be detected. Changes in the expression level of the NDUFB3 gene in OSCC and OPML patient groups are thought to be due to mutations in the carcinogenesis mechanism.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    409654

    Measurement of electron transport chain activities in high risk pregnancy

    Riskli gebeliklerdeki plasenta örneklerinde mitokondriyal elektron transport zinciri komplekslerinin aktivite ölçümü

    MOJTABA BEYRAMZADEH

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ AKBIYIK

    DOÇ. DR. ZELİHA GÜNNUR DİKMEN

  2. Tez No

    49714

    Bakır deplesyonunun beyin mitokondrial sitokrom oksidaz aktivitesi ve myelinizasyon üzerine etkilerinin incelenmesi

    Study on copper depletion effects on brain mitochondrial cytochrome oxidase activity and myelinization

    SEMRA GEZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    BiyokimyaDokuz Eylül Üniversitesi

    PROF.DR. İ. RUHİ TÜRE

  3. Tez No

    497501

    Letm1 baskılanan fare embriyonik fibroblast hücrelerinde oksidatif fosforilasyon komplekslerinin bn-page yöntemi ile değerlendirilmesi

    Evaluation of the mitochondrial oxidative phosphorylation complexes using bn-page technique on letm1 silenced mouse embryonic fibroblast cells

    ŞEYMA DEMİRKESEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiNamık Kemal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CENK ARAL

  4. Tez No

    783795

    Mitokondriyal hastalık öntanılı hastalarda tüm ekzom dizi analizi ile moleküler genetik tanının araştırılması ve sorumlu yeni genlerin keşfi

    Whole exome sequencing in patients with suspicion of mitochondrial disease and discovery of new genes

    MELİS KÖSE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY

    DOÇ. DR. TAHİR ATİK

    DOÇ. DR. SAMİM ÖZEN

  5. Tez No

    359356

    Mitokondriyal membran modelindeki süperkompleks yapı ve fonsiyonuna kardiyolipin'in etkisinin incelenmesi

    Investigation of effect of cardiolipin on structure and function of supercomplexes in mitochondrial membrane model system

    MÜGE KOPUZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YÜKSEL ALİYAZICIOĞLU

Geri Dön