Geri Dön

Structural dynamics studies of wild-type and mutant candida boidinii nad+-dependent formate dehydrogenase

Yabanıl-tip ve mutant candida boidinii nad+-bağımlı formate dehydrogenase enziminin yapısal dinamik çalışmaları

PDF İndir

  1. Tez No: 760243
  2. Yazar: BÜŞRA YÜKSEL
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyoteknoloji, Biophysics, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

Candida boidinii NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (CbFDH), son yıllarda biyoyakıt üretimi için biyosentetik uygulamalarda dikkat çeken, biyoteknolojik olarak paha biçilmez bir enzimdir. Bu enzimin yapı bazlı mutantları, geliştirilmiş katalitik aktivite ve termal stabilite açısından oldukça umut verici sonuçlar vermiştir. Bu çalışmada, bütünsel bir yaklaşım kullanarak, CbFDH katalitik mekanizmasının ve allosterisinin temellerini belirlemek için, NAD+-bağımlı CbFDH'nin X-ışını kristalografik analizini Gaussian Ağ Modeli (GNM) analizi ile birleştirmesi amaçlanmıştır. Ek olarak, mutasyona dayalı yapı tahmin verimliliği için CbFDH enziminin mutant formunun Alphafold2 tahminlerinin verimliliği tartışılmıştır. NAD+- bağımlı CbFDH'nin 1.4 A çözünürlüklü X-ışını kristalografi verileri, bilgisayarlı hesaplama yaklaşımının da yardımıyla enzimin yapısal dinamiklerini ortaya çıkarmıştır. Enzimatik dinamiklerin ve mutasyonların yapı ve fonksiyon üzerindeki etkisinin bu şekilde anlaşılması, gelecekteki biyoteknoloji çalışmaları için yeni bilgiler sağlayabilecektir.

Özet (Çeviri)

Candida boidinii NAD+-dependent formate dehydrogenase (cbFDH) is a biotechnologically invaluable enzyme that recently gained more attention on biosynthetic applications for biofuel production. Structure-based mutants of this enzyme performed highly promising results of enhanced catalytic activity and thermal stability. In this study, we aimed to employ a holistic approach and combine X-ray crystallographic analysis of NAD+-dependent cboFDH with Gaussian Network Model analysis to determine the underpinnings of the cboFDH catalytic mechanism and allostery. Additionally, Alphafold2 predictions of a mutant form of cbFDH enzyme were discussed for mutation-based structure prediction efficiency. The 1.4 A resolution X-ray crystallography data of NAD+-dependent cbFDH revealed the structural dynamics of the enzyme with the help of the computational approach. This understanding of enzymatic dynamics and the effect of mutations on structure and function may provide new insight for future biotechnology studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    836718

    Structural studies of wild-type and Val120Thr mutant candida boidinii formate dehydrogenase

    Yabanıl tip ve Val120Thr mutant candida boidinii format dehidrojenazın yapısal çalışmaları

    MEHMET GÜL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ

  2. Tez No

    371730

    Structural modelling and functional analysis of the engineered small heat-shock protein,TPV-HSP14.3 from Thermoplasma volcanium

    Thermoplasma volcanıum'un modifiye edilmiş küçük ısı şoku proteini TPV-HSP14.3 yapı modellemesi ve işlevsel analizi

    ILIR SHERAJ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK

  3. Tez No

    394362

    Structural dynamics of von Hippel-Lindau tumor suppressor protein

    von Hippel-Lindau tümör baskılayıcı proteninin yapısal dinamiği

    TANDAÇ FÜRKAN GÜÇLÜ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ASUMAN NEVRA ÖZER

  4. Tez No

    473018

    A comprehensive study of K-Ras protein and its oncogenic mutations: A dynamic point of view

    K-Ras proteini ve onkojenik mutasyonları üzerine kapsamlı bir çalışma: Dinamik bir bakış açısı

    SEZEN VATANSEVER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    883313

    Investigation of structural differences between wild-type and mutant forms of mutsα by molecular dynamics simulations

    Mutsα heterodimerinin yabanıl tip ve mutant formları arasındaki yapısal farklılıklarının moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi

    CLARA XAZAL BURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERT GÜR

Geri Dön