CRISPR/CAS9 sistemi kullanılarak domates (Solanum lycopercium) bitkisinde CCDC124 geninin susturulması
Utilizing the CRISPR/CAS9 system to silence the CCDC124 gene in tomato (Solanum lycopercium)
- Tez No: 768351
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY, PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Mayalardan insana kadar tüm ökaryotlarda korunmuş olarak bulunan Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) proteini, RNA-bağlayıcı bir proteindir ve hücre içerisinde ribozomda ve sentrozomda bulunduğu gösterilmiştir. Daha önceki çalışmalarda Ccdc124 proteinini kodlayan genin memeli hücre hatlarında susturulması ve aşırı ifade edilmesi durumlarında sitokinezde bozulmaların meydana geldiği ve çok çekirdekli hücrelerin oluştuğu tespit edilmiştir. Fakat hücre bölünmesi ve hücre içindeki diğer fizyolojik olaylarda nasıl bir rol oynadığı hala bilinmemektedir. CCDC124 geninin domates bitkisindeki homoloğu üzerinde, CRISPR/cas9 sistemi kullanılarak yapılan bu çalışma ile CCDC124 geni susturulmasıyla bitkilerde ne gibi morfolojik farklılıkların olduğu tespit edilerek genin fonksiyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca bu çalışma, CCDC124 geninin bitkilerdeki homoloğu üzerinde yapılan ilk çalışma olmakla birlikte, bitkilerde CCDC124 ifadesi olmadığında organizma boyutunda ne gibi fenotipik etkilerin olduğunu gösteren ilk çalışmadır. Bu tez çalışmasının ilk basamağında, kılavuz RNA'lar (gRNA'lar) CCDC124 geninin birinci ekzonunu hedef alacak şekilde tasarlanmış, ardından Golden Gate klonlama ile pYLCRISPR/Cas9P35S-N vektörüne klonlanmıştır. Daha sonra, domates bitkisine Agrobacterium aracılı kararlı transformasyonu gerçekleştirilmiştir. Transgenik bitki hatlarının PZR tabanlı belirlenmesinden sonra hedeflenen bölgede oluşan mutasyonlar dizi analizleri ile doğrulanmıştır. Çalışmamızın sonucunda, SlCCDC124 mutantlarında farklı uzunlukta delesyonların ve baz değişimlerinin olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, SICCDC124 mutantlarının, yabanil tip bitkilerle karşılaştırıldığında belirgin morfolojik farklılıklara sahip olduğunu ve mutant bitki hatlarında erken yaşlanma gerçekleştiği gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Ccdc124 (Coiled-coil domain containing 124) protein, which is conserved in all eukaryotes from yeast to human, is an RNA-binding protein and has been shown to be found in the ribosome and centrosome in the cell. Previous investigations have shown that overexpression and silencing of the CCDC124 gene in mammalian cell lines lead to cytokinesis being disrupted and the formation of multinucleated cells. However, it is still unclear how it affects cell division and other physiological processes taking place inside the cell. The aim of this study, which was carried out on the homolog of the CCDC124 gene in tomato plants, using the CRISPR/cas9, was to determine the morphological differences in plants by silencing the CCDC124 gene and to investigate its function. Additionally, this study is the first to examine the CCDC124 gene's plant homolog and indicate the phenotypic impacts of organism size in the absence of CCDC124 expression in plants, In the first step of this thesis, guide RNAs were designed to target the first exon of the CCDC124 gene, then cloned into the pYLCRISPR/Cas9P35S-N vector by Golden Gate cloning. Subsequently, Agrobacterium-mediated stable transformation of tomato plant was carried out. Sequence analysis was used to confirm mutations in the targeted region after PCR-based transgenic plant line identification. As a consequence of our research, it was determined that SlCCDC124 mutants had deletions of various lengths and base changes. Additionally, it was observed that SICCDC124 mutants have significant morphological differences compared to wild-type plants and premature senescence occurs in mutant plant lines.
Benzer Tezler
- AHP genlerinin CRISPR-CAS9 sistemi kullanılarak domates bitkisinde susturulması
Silencing AHP genes in tomato (Solanum lycopersicum) using CRISPR-CAS9
ABDULLAH AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- CRISPR/Cas9 sistemi kullanılarak solanum lycopersıcum'da yağ asidi sentez yolağında yer alan genlerin susturulması
Silencing of genes involved in fatty acid synthesis pathway in solanum lycopersicum using CRISPR/Cas9 system
SİBEL BAHADIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- Domateste doku kültürü, genetik transformasyon ve CRISPR/CAS9 sistemi ile genom işleme optimizasyonu
Optimization of tissue culture, genetic transformation and CRISPR/CAS9 system with genome processes in tomato
ZAFER SEÇGİN
Doktora
Türkçe
2021
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
DOÇ. DR. KUBİLAY YILDIRIM
- Asmada (Vitis vinifera L.) CRISPR/Cas9 genom düzenleme teknolojisi ile küllemeye (Erysiphe necator) dayanıklı bitkilerin geliştirilmesi
Development of powdery mildew (erysiphe necator) resistant plants in grapevine (Vitis vinifera l.) using CRISPR/Cas9 genome editing technology
SELCEN DOĞAN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEDİM MUTLU
- Sentromerik histone 3 ((CENH3) proteininin evrimsel değişimi, türleşmeye olan etkisi ve haploid tetikleme potansiyelinin S. lycopersicum türünde belirlenmesi
Evolutionary change of the centromeric histone 3 ((CENH3) protein and determination of its effect on speciation and haploid-inducing potential in S. lycopersicum species
İNANÇ SOYLU
Doktora
Türkçe
2020
BiyokimyaAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEDİM MUTLU