Geri Dön

Maackia amurensis lökoaglutininin insan anaplastik tiroit karsinomasında alternatif kırpılma olaylarına etkisi

Effects of Maackia amurensis leukoagglutinin on alternative splicing events in human anaplastic thyroid carcinoma

  1. Tez No: 779406
  2. Yazar: GÖKHAN ŞENER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ENGİN KAPTAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Glikan zincirlerinin terminal kısımlarında bulunan α-2,3 bağlı siyalik asit molekülleri kanser hücrelerinin yüzeyinde bulunan en yaygın motifler arasındadır. Normal hücrelere göre kanser hücrelerinde değişen bu hücre yüzey glikan profili anormal glikozilasyon olarak adlandırılır ve kanser hücrelerinde sıklıkla rastlanan bir olgudur. Kanser hücrelerinin yüzeyinde değişen bu glikan motifleri hücrelerin tümörijenik ve metastatik fenotipini etkilediği bilinmektedir. Bitki lektinleri kullanılarak kanser hücrelerinde değişen hücre yüzey glikan örtüsü spesifik olarak hedeflenebilir. Amur Ağacı bitkisinin tohumlarından elde edilen Maackia amurensis lökoaglutinin (MAL-II), α-2,3 siyalik asit motifine bağlanarak anaplastik tiroit kanserinin poliferatif ve invazif özelliklerini baskıladığı gösterilmiştir. Ancak MAL-II'nin bu etkisinin altında yatan mekanizma tam olarak aydınlatılamamıştır. Alternatif kırpılma, öncü mRNA'lardan kodlama yapmayan dizilerin çıkarılıp çeşitli kombinasyonlarla kodlama yapan dizilerin eklenmesi ile gerçekleşir. Proteinlerin alternatif kırpılmış farklı mRNA varyantlarından translasyonu tümör gelişiminde ve kanseröz fenotipin ortaya çıkmasında rol alabilir. Bu çalışmada, anaplastik tiroit kanser hücrelerine MAL-II uygulamasının alternatif kırpılma olaylarına etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, MAL-II uygulanan anaplastik tiroit kanser hücrelerinde RNA-Seq yöntemi ile hücrelerde gerçekleşen alternatif kırpılma olayları belirlenmiştir. Bunun için 24 saat boyunca 0,25µM MAL-II uygulanmış olan anaplastik tiroit kanser hücrelerinin RNA izolatlarından cDNA kütüphaneleri elde edilmiş ve yeni nesil dizileme teknolojisi ile dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Alternatif kırpılmaya uğrayan genlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için gen ontolojisi ve yolak zenginleştirme analizi yapılmıştır. Genlerde meydana gelen alternatif kırpılma olaylarının sayısı tespit edilerek, geçirdikleri kırpılma olayına göre genler sınıflandırılmıştır. Alternatif kırpılmaya uğrayan genlerin ekspresyon seviyeleri ise diferansiyel ekspresyon analizi ile gerçekleştirilmiştir. Alternatif kırpılma geçiren tüm genlerin (p-değeri

Özet (Çeviri)

The α-2,3-linked sialic acid molecules located at the terminal portions of the glycan chains are the most common motifs found on the surface of cancer cells. This cell surface glycan profile, which changes in cancer cells compared to normal cells, is called abnormal glycosylation and is a frequently encountered phenomenon in cancer cells. It is known that these glycan motifs changing on the surface of cancer cells affect the tumorigenic and metastatic phenotypes of the cells. Altered cell surface glycan coat in cancer cells can be specifically targeted using plant lectins. It has been shown that Maackia amurensis leucoagglutinin (MAL-II), obtained from the seeds of the Amur Tree, binds to the α-2,3 sialic acid motifs and suppresses the proliferative and invasive features of anaplastic thyroid cancer cells. However, the mechanism underlying this effect of MAL-II has not been fully elucidated. Alternative splicing events generate mature mRNAs by removing non-coding sequences from precursor mRNAs and placing coding sequences in various orders. Translation of proteins from different alternative spliced mRNA variants can be involved in tumor development and lead to the emergence of the cancer phenotype. In this study, it was aimed to investigate the effect of MAL-II treatment on alternative splicing events in anaplastic thyroid cancer cells. For this purpose, alternative splicing events in the cells were determined by RNA-Seq method. Hence, cDNA libraries were obtained from RNA isolates of anaplastic thyroid cancer cells treated with 0.25µM MAL-II for 24 hours and sequence analysis was carried out with next-generation sequencing technology. Gene ontology and pathway enrichment analysis were performed to explore the functions and pathways of alternatively spliced genes. The number of alternative splicing events was determined and the genes were classified according to the types of splicing event. Also, differential expression analysis was performed to measure the expression level of alternatively spliced genes. Gene ontology analysis of all genes (p-value

Benzer Tezler

  1. Tiroid kanserinde Maackia amurensis lektin uygulamasıyla oluşan etkilerin moleküler mekanizmasının araştırılması

    Investigation of molecular mechanism of the effects occuring with Maackia amurensis lectin treatment on thyroid cancer

    SUNA BEKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. ENGİN KAPTAN

  2. Koyun (Ovis aries) ve keçi (Capra hircus)'de duodenum mukozasındaki glikokonjugatların lektin histokimyasal karakterizasyonu

    Lectin histochemical characterization of glycoconjugates in mucosa of duodenum in the sheep (Ovis aries) and goat (Capra hircus)

    HATİCE GÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. KENAN ÇINAR

  3. Galleria mellonella (Lepidoptera)'da beyin nörosekresyon hücrelerinde mikroskobik (Floresan ve elektron) ve analitik (Cap LC-ESI-MS/MS) yöntemlerle sialik asit belirlenmesi

    Determination of sialic acid in Galleria mellonella brain neurosecretory cells with microscopic (Florescence and elektron) and analytical (Cap LC-ESI-MS/MS) methods

    SANAZ NAGHAVİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SABİRE KARAÇALI

  4. Başkalaşım geçiren Galleria mellonella (Lepidoptera)'nın yaşlanan ipek bezlerinde mikroskobik (floresan ve elektron) ve analitik (Cap LC-ESI-MS/MS) yöntemlerle sialik asitlerin belirlenmesi

    Sialic acids determination with microscopic (fluorescent and electron) and analytical (Cap LC-ESI-MS/MS) methods from undergoing metamorphosis of Galleria mellonella?s aging silk glands

    MERVE AÇIKEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. REMZİYE DEVECİ

  5. Galleria mellonella (Lepidoptera)'da lektinler ve analitik yöntemlerle sialik asit (Neu5Ac) belirlenmesi

    Detection of sialic acid in Galleria mellonella (Lepidoptera) by lectins and analytics techniques

    ATABAK NAGHAVİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SABİRE KARAÇALI