Metabolomics analysis of human induced pluripotent stem cell derived lacrimal glands
İnsan indüklenmiş pluripotent kök hücre kaynaklı lakrimal bez organoidlerinin metabolomik analizi
- Tez No: 787375
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SİNAN GÜVEN, DOÇ. DR. DUYGU SAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Genetik, Biochemistry, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Genellikle gözyaşı bezi olarak bilinen lakrimal bezi (LB), gözyaşı filminin sıvı tabakasını oluşturan proteinleri ve elektrolitleri salgılayarak oküler yüzeyin homeostazını düzenler. Gözün ana ekzokrin bezi olarak gözü kayganlaştıran ve koruyan gözyaşı sıvısı üretir. LB hasarının neden olduğu fonksiyon kaybı, göz sağlığı ve görme kalitesi üzerinde olumsuz bir etkiye sahiptir. İnsan nüfusunun büyük bir yüzdesinin, kuru göz hastalığı gibi LB'deki fonksiyonel bozuklukların neden olduğu göz hastalıklarından muzdarip olmasına rağmen, insan LB oluşumu ve gelişimi üzerine çalışmalar sınırlıdır. LB'nin moleküler düzeyde yapısı ve morfolojisi literatürde iyi bilinmemektedir. Bu çalışmada, insan kaynaklı pluripotent kök hücreler (hiPSC'ler), farklı zaman noktalarında fonksiyonel ve olgun LG morfolojisini mimik etmek amacıyla in vitro LB özelliklerine sahip hücrelere farklılaştırılmıştır. Daha önceki çalışmalarda laboratuvarımız tarafından geliştirilen protokole göre farklılaştırma yapılmıştır. Ek olarak, salgılama işlevselliğini daha iyi anlamak için LB'nin tepkisi forskolin uyarımı yapılarak araştırıldı. Bu bağlamda, LB'ler farklı olgunluk seviyelerinde ve salgılama işlevselliğini araştırmak için forskolin uyarımıyla hedeflenmemiş gaz kromatografi-kütle spektrometresi (GC-MS) metabolomiks analizler ile incelenmiştir. Sonuçlar, LB organoidlerinin metabolomunun, farklı olgunlaşma seviyelerinde ve farklı küçük moleküller ile uyarımı sonucunda önemli ölçüde değiştiğini göstermektedir. Ayrıca, üretilen LB organoidleri üzerinde farklı –omik analizler yapılabilir ve LB organoidlerini multi-omik düzeyde araştırmak için diğer omik analizler ile entegrasyonu yapılabilir.
Özet (Çeviri)
The lacrimal gland (LG), commonly known as the tear gland, regulates the ocular surface's homeostasis by secreting proteins and electrolytes that form the tear film's aqueous layer. It produces lacrimal fluid, which lubricates and protects the eye as the major exocrine gland of the eye. Loss of function brought on by LG damage has a negative impact on eye health and visual quality. Studies on human LG formation and development are few, despite the fact that a large percentage of the human population suffers from eye diseases caused by functional disorders in the LG, such as dry eye disease. The LG's structure and morphology at the molecular level are not well known in the literature. In this study, human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) were differentiated into cells with characteristics of LG in vitro by recapitulating functional and mature LG morphology at different time points. Differentiation was carried out according to the protocol developed by our lab in previous studies. Additionally, LG's reaction was monitored upon forskolin stimulation to understand secretion functionality better. In this context, different maturation levels and secretion functionality of LG's upon forskolin stimulation were examined by untargeted gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) metabolomics. The results suggest that the metabolome of LG organoids changed significantly at different maturation levels and upon stimulation with different small molecules. In addition, different –omic analyzes can be performed on the produced LG organoids and can be integrated with other -omic analyzes to investigate LG organoids at the multi-omics level.
Benzer Tezler
- Multi-omics integration and analysis of metagenomics and metabolomics data from rat model of acquired epilepsy
Kazanılmış epilepsi sıçan modelinden metagenomik ve metabolomik verilerin çoklu omik analizi ve entegrasyonu
ERAY ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Stres uyaranları ile koşullandırılmış insan astrositlerinin fenotipik ve metabolik profilinin incelenmesi
Investigation of the phenotypic and metabolic profile of human astrocytes conditioned with stress stimuli
NECATİ ALP COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHRİYE DUYGU ÇETİNKAYA
DR. ÖĞR. ÜYESİ CANSU ÖZDEMİR SAKA
- Metabolomik ve fluksomik çalışmalar ile kolon kanserinde kemoterapötiklere karşı direncin in vitro değerlendirilmesi
In vitro analysis of resistance to chemotherapeutics in colon cancer by metabolomic and fluxomic studies
GÜRKAN ÖZEN
- Bor bileşiklerinin obez tavşanlarda lipoprotein alt sınıflarına ve nükleer hormon reseptörlerine etkileri
Effects of boron compounds on lipoprotein subclasses and nuclear hormone receptors in obese rabbits
ÖZGÜR YAMAN
Doktora
Türkçe
2014
Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH BAŞOĞLU
- A deep learning architecture for missing metabolite concentration prediction
Eksik metabolit miktarı tahmini için bir derin öğrenme mimarisi
SADİ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ÇAKMAK