Identification and functional characterization of essential genes involved in the development of malignant pleural mesothelioma using CRISPR/Cas9-based negative selection screening
Malign plevral mezotelyoma gelişiminde rol oynayan esansiyel genlerin CRISPR/Cas9 bazlı negatif seçilim tarama yöntemiyle tanımlanması
- Tez No: 787680
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Onkoloji, Genetik, Biyoloji, Oncology, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: CRISPR, Fenotip, Genom, Mezotelyoma, PCR, CRISPR, Phenotype, Genome, Mesothelioma
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde, ideal kanser hücre modellerinin ve yüksek-çıktılı fonksiyonel genomik tarama yöntemlerinin tanımlanması yeni tedavi hedeflerinin keşfedilmesi için uygun ortamı sağlamıştır. Öte yandan, MPM sağkalımında rol oynayan genleri nitelendirmeye yönelik pek az başarılı çalışma bulunmaktadır. Bu projede, MPM sağkalımında etkin rol oynayan esansiyel genlerin tanımlanması ve fonksiyonel olarak karakterize edilmesi için CRISPR/Cas9 tüm genom negatif-seçilim tarama yöntemi kullanılmıştır. İlk aşamada; 3 farklı MPM hücre hattı ve 1 tümörojenik olmayan mezotel hücre hattında kalıcı Cas9 ifadesi gösteren alt-hücre hatları elde edilmiştir. İkinci aşamada ise, taramada kullanılacak lentiviral plazmid-bazlı sgRNA havuz kütüphanesi çoğaltılmıştır. Ardından, negatif-seçilim tarama gerçekleştirilmiştir. T0 ve T14 kültürlerinden genomik DNA çıkartılıp sgRNA bölgesi PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. Barkodlanan PCR örnekleri, yeni nesil derin dizileme ile okunmuş ve sonucunda her bir sgRNA ve aynı zamanda hedefledikleri genler için temsiliyet hesaplanmıştır. Son olarak, bir mitotik kontrol noktası serin/treonin kinazı olan BUB1 geni MPM hücre sağkalımı için esansiyel olarak tanımlanmış ve fenotipik değişikler (hücre ölümü, hücre döngüsü, vb.) üzerine etkisi hücre çoğalması, apoptoz, senesens, migrasyon ve invazyon yönünden araştırılmıştır. Elde edilen bulgular, BUB1'in MPM'de potansiyel tedavi hedefi olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Today, the identification of ideal cancer models and high-throughput screening methods has provided the appropriate environment for the discovery of new therapeutic targets. On the other hand, there are only a few studies characterizing the genes playing an important role in malignant pleural mesothelioma (MPM), a rare cancer with increasing incidence rates and limited therapy options. In this project, whole genome CRISPR/Cas9 negative-selection method was utilized in order to identify and functionally characterize essential genes playing critical roles in MPM cell survival. Firstly, preliminary studies were conducted on three different MPM cell lines and one non-tumorigenic mesothelial cell line to obtain clonal sublines showing permanent Cas9 nuclease expression. In the second step, the lentiviral plasmid-based genomic sgRNA pooled library to be used in the screening was recovered and amplified. Subsequently, a negative functional screening was performed. Genomic DNA was extracted from the T0 and T14 cultures and the sgRNA region was amplified by PCR. The barcoded PCR samples were sequenced with next generation sequencing and the representation for each sgRNA and simultaneously their corresponding target genes were quantified. At this point, BUB1, a druggable mitotic checkpoint serine/threonine kinase, was identified as an essential gene for MPM cell survival and its role on phenotypic changes (cell death, cell cycle arrest, etc.) were studied in terms of proliferation, apoptosis, senescence, migration and invasion. The findings suggest that BUB1 may serve as a potential therapeutic target for MPM.
Benzer Tezler
- Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing
Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması
DUYGU KAVADARLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
PROF. DR. MELEK TÜTER
- A novel approach for identification of thermal and optical characteristics for the active layer of high power photonic devices
Yüksek güçlü fotonik sistemlerin aktif katmanının termal ve optik özelliklerinin karakterizasyonu için yeni bir yaklaşım
AHMET METE MUSLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
EnerjiÖzyeğin ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ARIK
- Farklı başkalaşım yaşam döngüsüne sahip böceklerin mitogenomunda mikrorna' ların transkripsiyondaki olası rolünün araştırılması
Investigation of the possible role of micrornas in mitochondrial transcription of insects with different life cycles
HABEŞ BİLAL AYDEMİR
Doktora
Türkçe
2021
BiyomühendislikSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERTAN MAHİR KORKMAZ
- Ayrık tuz çimi'nde (Puccinellia distans) selenyum (Se) toksisitesine dayanıklılık genlerinin belirlenmesi
Determination of selenium (Se) toxicity tolerance genes in European alkali grass (Puccinellia distans)
KÜBRA BUDAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET AYDIN AKBUDAK
- Vascular function in chronic end-organ damage: pharmacological characterization of vasomotor function in systemic vasculature
Kronik uç-organ hasarında vasküler fonksiyon: Sistemik damarlarda vazomotor fonksiyonun farmakolojik karakterizasyonu
NADİR ULU
Doktora
İngilizce
2009
Eczacılık ve FarmakolojiUnıversıty Of Gronıngen (rıjksunıversıteıt Gronıngen)Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ROBERT HENK HENNING