Naive ve farklı evrelerdeki HIV hastalarında biyoinformatik analiz sonucu elde edilen mirnaların ekspresyonunun antiretroviral tedavi üzerine etkisi: art-MiRNA
The effect of expression of mirnas resulted from bioinformatic analysis on antiretroviral therapy in naive and different stages of HIV patients: art-MiRNA
- Tez No: 788128
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖNER SÜZER
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Amaç: Yıllar boyunca, HIV/AIDS (İnsan immün yetmezlik virüsü/Edinsel bağışıklık yetmezliği sendromu) üzerine yapılan araştırmalar yüksek derece aktif antiretroviral tedavi (HAART)'nin kullanıma girmesiyle hızlı bir gelişim göstermiştir. Bu ilerlemelere rağmen, HIV progresyonunun her açıdan değerlendirilmesi ile ilgili temel boşluklar devam etmektedir. Dolaşımdaki miRNA'lar son zamanlarda bulaşıcı hastalıklar için umut verici biyobelirteçler olarak kullanılmaktadır. Moleküler yollardaki potansiyel düzenleyici rolleri nedeniyle miRNA'lar, HIV gibi hastalıkların teşhis ve tedavisinde yeni adaylar arasındadır. Mirna keşfi, yapısının analizi, hedef tahminleri, diğer biyolojik süreçlerle ilişkisini içeren ve bu amaçlarla geliştirilen biyoinformatik araçlar ile hedeflediğimiz hasta grubunda prediktif olarak yaptığımız analizler valide edilecektir. Bu çalışma, naive HIV hastalarında tanısal belirteçler olarak plazma miRNA'larını tanımlamayı ve ardından HAART altında HIV enfeksiyonunun bağışıklık durumunu izlemeyi amaçlamaktadır. Yöntem: HIV'in patogenezinde ve çeşitli hücresel yollarında yer alan potansiyel miRNA'ları tanımlamak için biyoinformatik analiz kullandık ve real time polimeraz zincir reksiyonu (RT-qPCR) aracılığıyla hsa-miR-548-3p ve hsa-miR-27a-3p'yi validasyonunu yaptık. 15 naive HIV hastasından iki farklı zaman noktasında kan alındı. Plazma izole edildi, ardından RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapıldı; Taq-Man probları kullanılarak örnekler üzerinde gerçek zamanlı qPCR yapıldı ve veriler ΔΔCT yöntemi ile analiz edildi. Bulgular: Verilerimiz, antiretroviral tedavi gruplarında kontrole kıyasla hsa-miR27a-3p'nin up regüle, hsa-miR548c-3p'nin down regüle olduğunu göstermektedir (p
Özet (Çeviri)
Aim: Over the decades, research on HIV/AIDS has progressed with the introduction of HAART. Despite these advancements, essential gaps remain concerning aspects of the HIV progression. Circulating miRNAs are recently used as promising biomarkers for infectious diseases. Due to their potential regulatory roles in molecular pathways, miRNAs are among the novel candidates for diagnosing and treating conditions like HIV. We will validate our predictive analyzes in the targeted patient group with the bioinformatics tools developed for these purposes, including miRNA discovery, analysis of its structure, target predictions, and its relationship with other biological processes. This study aimed to identify plasma miRNAs as diagnostic markers in naive HIV patients, followed by HAART to monitor the immune status of HIV infection. Method: To identify the potent miRNAs involved in the pathogenesis and various cellular pathways of HIV. We used bioinformatics analysis and validated the hsa-miR-548-3p and hsa-miR-27a-3p through RT-qPCR. Blood was collected from 15 naive HIV patients at two different time points. Plasma was isolated, followed by RNA isolation and cDNA synthesis; real-time qPCR was performed on the samples using Taq-Man probes, and data were analyzed by the ΔΔCT method Results: Our data indicate that hsa-miR27a-3p and hsa-miR548c-3p significantly downregulated after antiretroviral treatment groups in comparison to control (p
Benzer Tezler
- Effect of doxorubicin and microrna-140-3p on pd-L1 expression in colon cancer
Kolon kanserinde doxorubıcın ve mıcrorna-140-3p'nin pd-L1 ifadesine olan etkisi
NOEL MOPOUGUINI NABA
Doktora
İngilizce
2020
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. AYÇA SAYI YAZGAN
- A plant-mediated RNAi strategy targeting ache1 and SEC23 genes to combat tomato leafminer (tuta absoluta (meyrick)) in tomato
Domateste, domates güvesiyle (tuta absoluta (meyrıck)) mücadelede ache1 ve SEC23 genlerini hedef alan bitki aracılı rnai stratejisi
MUNEEB HASSAN HASHMI
Doktora
İngilizce
2022
BiyoteknolojiNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiTarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
ASSOC. DR. UFUK DEMİREL
DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH
- Alzheimer hastalığının farklı düzeylerinin sınıflandırılmasında yapay zeka ve logit regresyon modellerinin karşılaştırılması
Comparison of artificial intelligence and logit regression models in the classification of different levels of alzheimer's disease
NURGÜL BULUT
Doktora
Türkçe
2023
BiyoistatistikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEVSER SETENAY ÖNER
- Zaralı Halil Söyler'in vokal icrasındaki üslup ve tavır özellikleri
Characreristics of Zaralı Halil Söyler' singing style
SAMET TUNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MüzikANKARA MÜZİK VE GÜZEL SANATLAR ÜNİVERSİTESİSes Eğitimi Ana Sanat Dalı
PROF. DR. GÖKHAN EKİM
- Makine öğrenme algoritmaları kullanarak ses verilerinde hastalık tespiti
Disease detection in voice data by using machine learning algorithms
DUYGU ÇOKAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. ENGİN ŞAHİN