Hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyon etkeni klebsiella pneumoniae virülans genlerinin tüm genom dizileme yöntemi ile değerlendirilmesi
Evaluation of virulence genes of klebsiella pneumoniae causing hospital-acquired bloodstream infection by whole genome sequencing method
- Tez No: 804966
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM MEHMET ALİ ÖKTEM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Hipermukoviskoz K. pneumoniae, Oxford Nanopore, Tüm genom dizileme, Virülans ve direnç genleri, Hypermucoviscous K. pneumoniae, Oxford Nanopore, Whole genom secuencing, Virulence and resistance genes
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 154
Özet
Hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyonuna neden olan Klebsiella pneumoniae, hipervirülan/hipermukoviskoz K. pneumoniae ve klasik K. pneumoniae olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Bu tez çalışmasının amacı hastane kaynaklı kan dolaşım enfeksiyonuna neden olan hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatlarının tüm genom dizisinin belirlenmesi, virülans ve direnç genlerinin saptanması, kullanılan veri tabanı performansının karşılaştırılmasıdır. Ocak 2018-Aralık 2020 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Merkez Laboratuvarı'na gelen ve kan kültürlerinden izole edilen K. pneumoniae izolatları çalışmaya dahil edildi. Hipermukoviskoz fenotipi belirlemek üzere string testi yapıldı. Antimikrobiyal direnç profili disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatlarındaki karbapenem direnç genleri ve rmpA/rmpA2 virülans genleri PCR yöntemi ile araştırıldı. Hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatları arasındaki klonal yakınlığı belirlemek üzere PFGE yapıldı ve birbirinden farklı kökene ait beş izolatın Oxford Nanopore (MinION) platformu ile tüm genom dizisi belirlendi. İzolatlara ait kapsül tipi, O antijen tipi, sekans tipi, plazmid tipleri, virülans ve direnç genleri çeşitli veri tabanları ile analiz edildi. Kan kültürlerinden toplam 244 K. pneumoniae izole edildi. String testi sonucunda on izolat hipermukoviskoz olarak tanımlandı. Yapılan PCR'da hipermukoviskoz K. pneumoniae izolatların birinde OXA-48 karbapenemaz geni, ikisinde rmpA/rmpA2 genleri tanımlandı. Farklı klonlara ait ve tüm genom dizisi belirlenen beş izolatta farklı kapsül tipi ve sekans tipi belirlendi. İzolatların beşinde O2a antijen tipi belirlendi. Her beş izolatta blaSHV tipi, oqxB, oqxA ve fosA direnç genleri ve fimH, mrkD, iutA, iroN, entB virülans genleri saptandı. Çalışma izolatlarımızda IncFIB(K)pCAV1099-14, Col(pHAD28), ColⅠ440Ⅰ, IncFIA (HI1)/IncR, IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR), IncL, IncFIB(K)- IncHI1(K), IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR)- IncR, IncFIB(K), IncR gibi plazmidler belirlendi. Bazı plazmidler üzerinde çeşitli direnç ve virülans genleri saptandı. Plazmidler aracılığıyla direnç ve virülans genleri yayılmakta, her geçen gün dirençli hipermuviskoz K. pneumoniae sayısı artmaktadır. Dirençli hipermukoviskoz ix K. pneumoniae ile ilişkili enfeksiyonlar yüksek mortaliteye neden olmaktadır. Bu nedenle dirençli ve virülansı yüksek bu izolatların rutin laboratuvar çalışmalarında takibi önem taşımaktadır. Bu çalışmada kullanılan veri tabanı sonuçları arasında bazı farklılıklar gözlenmiştir. Farklı veri tabanları kullanılarak yapılacak daha ileri çalışmaların ve güncellemelerin veri tabanları arasındaki uyumu arttıracağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Klebsiella pneumoniae, which causes hospital-acquired bloodstream infection, is divided into two named hypervirulence/hypermucoviscous K. pneumoniae and classical K. pneumoniae. The aim of this study is to detect whole genome sequencing of hypermucoviscous K. pneumoniae that induces healthcareassociated bloodstream infection, identify virulence and resistance genes using various databases, and compare these databases performance. The K. pneumoniae isolates that were brought to the Dokuz Eylül University Application Research Hospital Center Laboratory and were isolated from blood cultures were included in this study between January 2018 and December 2020. The disc diffusion method was used to characterize the antimicrobial resistance profile, and the string test was used to assess the hypermucoviscous phenotype. Carbapenem resistance genes and rmpA/rmpA2 virulence genes were detected using the PCR method. To ascertain clonal relatedness among hypermucoviscous K. pneumoniae isolates, PFGE was used. The Oxford Nanopore MinION technology determined the whole genome sequencing of five hypermucoviscous K. pneumoniae isolates with different clones. Using the various databases capsule types, O antigen types, sequence types, plasmid types, virulence, and resistance genes were examined. A total of 244 K. pneumoniae isolates were included in the study. Ten isolates were found to be hypermucoviscous. In the PCR analysis was revealed blaOXA-48 in one of the hypermucoviscous K. pneumoniae isolates and rmpA/rmpA2 genes in two of them. Whole genome sequence of five hypermucoviscous K. pneumoniae isolates with different clones was obtained. blaSHV types, oqxB, oqxA, and fosA resistance genes, and fimH, mrkD, iutA, iroN,and entB virulence genes were optained in all five isolates. Various plasmid were identified including IncFIB(K)pCAV1099-14, Col(pHAD28), IncFIA(HI1)-IncR, ColⅠ440Ⅰ, IncFIB(pNDM_Mar)- IncHI1(pNDM_MAR), IncL, IncFIB(K)-IncHI1(K), IncFIB(K), IncR, IncFIB(pNDM_Mar)-IncHI1(pNDM_MAR)-IncR, repB. Various virulence and resistance genes were found on some plasmids. Transmission of resistance and virulence genes occurs through plasmids. The number of resistant hypermucoviscous K. pneumoniae isolates is rising daily. Infections associated with resistant hypermucoviscosis K. pneumoniae cause high xi mortality. Therefore, it is important to follow up resistant and high virulence of these isolates in routine laboratory studies. There were some differences in the results of the databases used in this study. The compatibility between databases is anticipated to increase with additional research and updates using various databases.
Benzer Tezler
- Karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae' nın etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının klinik ve moleküler özelliklerinin araştırılması
Investigation of the clinical and molecular characteristics of bloodstream infections caused by carbapenem-resistant klebicella pneumoniae
MERVE YILDIZ KAYAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ EREN
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae'nın etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının risk faktörlerinin ve mortaliteye etkisinin irdelenmesi
Investigation of risk factors and mortality associated with bloodstream infections caused by carbapenem resistant enterobacteriaceae
DİLEK BULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN GÖNÜL ÇİÇEK ŞENTÜRK
- Çocuk yoğun bakım servisi hastane enfeksiyonları sürveyansı: iki yıllık analiz
Hospital infections surgeily of children intensive care service:TWO year analysis
ÖMER ALİ DEMİROK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSüleyman Demirel ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN ÇETİN
- SDÜ Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı yataklı servislerinde hastane enfeksiyonlarının epidemiyolojik özelliklerinin ve klinik bulgularının incelenmesi
An evaluation of the epidemiology and clinical findings of the nosocomial infections at The Department of Pediatrics, Suleyman Demirel University Medical School Hospital
ABDÜLKERİM ELMAS
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSüleyman Demirel ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. METEHAN ÖZEN
- Pediatri servislerinde yatan vakalarda hastane enfeksiyonlarının epidemiyolojik özelliklerinin 2012-2013 yıllarında prospektif olarak incelenmesi
A prospective investigation of epidemiology of the nosocomial infections in the pediatric wards in 2012-2013
CEYHUN CURA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSüleyman Demirel ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METEHAN ÖZEN