Geri Dön

Nörogelişimsel bozukluklarla ilişkili bazı genlerdeki tek nükleotid polimorfizmlerinin in siliko analizi

In silico analysis of single nucleotide polymophisms in some genes associate with neurodevelopmental disorders

PDF İndir

  1. Tez No: 810298
  2. Yazar: SADIG ABDULLAYEV
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL, DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 72

Özet

Nörogelişimsel bozukluklar, beyin veya merkezi sinir sisteminin yaşamın erken döneminde hasar alması, bilişsel veya motor işlevlerin gelişiminin bozulmasıyla karakterize olan bozukluklar olarak tanımlanmaktadır. Nörogelişimsel bozukluklar özgül öğrenme bozuklukları (okuma, yazma ve aritmetik dahil), motor bozukluklar, sosyal iletişim bozuklukları, otizm spektrum bozukluğu (OSB), dikkat eksikliği/hiperaktivite bozukluğu (DEHB), zihinsel gelişim bozukluğu (ID) ve tik bozukluklarını içermektedir. Çalışmanın amacı, nörogelişimsel bozukluklarla ilişkilendirilen ZNF804A ve SYN1 genlerindeki yanlış anlamlı (missense) tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) in siliko analizlerle olası ortak zararlı olan varyantlarını bulup değerlendirmektir. İn siliko açıdan ortak zarar verici etkiye sahip olanları bulmak için SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&Go, PHD-SNP, SNAP2, PANTHER ve Meta-SNP yazılım araçları kullanılmıştır. Toplam 8 farklı programda 9 yazılım aracı kullanılarak 8'i ve üzerinde ortak zararlı etkiye sahip olan sonuçlar belirlenmiştir. Ortak zararlı etkiye sahip olduğu değerlendirilen varyantların protein stabilizasyonuna etkisini değerlendirmek için ise I-Mutant 3.0 ve Mupro yazılım araçları kullanılmıştır. Ek olarak, üç boyutlu modellemeler HOPE yazılım aracı ile belirlenmiştir. Gen-gen etkileşimlerinin tespiti ise GeneMANIA kullanılarak gerçekleştirilmiştir. İn siliko analiz sonuçlarına göre ZNF804A geninde bulunan 1047 yanlış anlamlı SNP içerisinden rs371381412 (F72S), rs377410719 (Y66C), rs377727858 (A121T) varyantlarının zararlı olabileceği tespit edilmiştir. SYN1 geninde ise 614 yanlış anlamlı SNP içerisinden rs1142636 (N170K), rs201659924 (E147K) varyantlarının zararlı olabileceği belirlenmiştir. Tüm in siliko yazılım araçlarından ortak zarar verici olarak tespit edilen SNP'ler, gelecekte araştırmacıların hem SNP seçimine hem de deney tasarımlarında kullanabilmesine fayda sağlamaktadır. Bu sonuçların, gelecekte nörogelişimsel bozukluklarla ilgili yapılacak olan hem deneysel hem de in siliko çalışmalara önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Neurodevelopmental disorders are defined as disorders characterized by damage to the brain or central nervous system in the early period of life, impaired development of cognitive or motor functions. Neurodevelopmental disorders include specific learning disorders (including reading, writing, and arithmetic), motor disorders, social communication disorders, autism spectrum disorder (ASD), attention deficit/hyperactivity disorder (ADHD), intellectual disability (ID), and tic disorders. The aim of the study is to find and evaluate possible common deleterious variants of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in ZNF804A and SYN1 genes, which are associated with neurodevelopmental disorders, by in silico analysis. SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&Go, PHD-SNP, SNAP2, PANTHER and Meta-SNP software tools were used to find those with common damaging effects with in silico. Using 9 software tools in 8 different programs, 8 or more results with common deleterious effects were determined. I-Mutant 3.0 and Mupro software tools were used to assess the effect of variants considered to have a common deleterious effect on protein stabilization. In addition, three-dimensional modelings has been determined by the HOPE software tool. Detection of gene-gen interactions was carried out using GeneMANIA. According to the results of in silico analysis, rs371381412 (F72S), rs377410719 (Y66C), rs377727858 (A121T) variants among 1047 missense SNPs in the ZNF804A gene were found to be deleterious. In the SYN1 gene, it was determined that rs1142636 (N170K), rs201659924 (E147K) variants among 614 missense SNPs may be deleterious. SNPs, which are detected as common damage from all in silico software tools, provide benefits for researchers to use in both SNP selection and experimental designs in the future. It is thought that these results will make important contributions to both experimental and in silico studies on neurodevelopmental disorders in the future.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    689875

    Otizm spektrum bozukluğu ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin biyoinformatik analizi

    Bioinformatic analysis of SNPs in some genes associated with autism spectrum disorder

    KÜBRA ÇORUH KINALI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY

  2. Tez No

    853457

    Spinoserebellar ataksi (SCA) hastalığıyla ilişkili bazı genlerdeki snv'lerin in siliko analizi

    In silico analysis of missense snps in some genes associated with spinocerebellar ataxia's (SCA) disease

    RUYA YASHAR EZZADDIN BARBAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN

  3. Tez No

    426663

    Otistik spektrum bozukluğunun genetik altyapısının ve moleküler sinyal yolaklarının araştırılması

    Research of genetic basis and molecular pathways of autism spectrum disorder

    ZEYNEP KALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Moleküler TıpÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BELKIS ATASEVER ARSLAN

  4. Tez No

    816396

    Metilfenidatın dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu olan çocuklarda tau proteini ve alfa sinükleinin kan düzeyleri üzerine olan etkilerinin incelenmesi

    Examination of the effects of tau protein and alpha synuclein on blood levels in children with attention deficit and hyperactivity disorder

    DENİZ DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiGazi Üniversitesi

    Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜREYYA BARUN

  5. Tez No

    388603

    Eşikaltı otistik belirtilerin yaygınlığı, zihin kuramına etkisi ve psikiyatrik bozukluklarla komorbiditesi

    The prevalence of subthreshold autistic symptoms, effect on theory of mind and comorbidities with psychiatric disorders

    ÜNSAL AYDINOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    PsikiyatriAtatürk Üniversitesi

    Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF ORAL

Geri Dön