Geri Dön

Otizm spektrum bozukluğu ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin biyoinformatik analizi

Bioinformatic analysis of SNPs in some genes associated with autism spectrum disorder

PDF İndir

  1. Tez No: 689875
  2. Yazar: KÜBRA ÇORUH KINALI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MESUT KARAHAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Nöroloji, Genetics, Neurology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Nörobilim Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 165

Özet

Bireyler arasında DNA'da tek bir baz dizilimindeki değişiklikler, tek nükleotid polimorfizmi (SNP) olarak adlandırılmaktadır. Transkripsiyon sonrası gen ekspresyonunu düzenleyen, protein kodlamayan kısa RNA molekülleri ise mikro RNA (miRNA)'lardır. SNP ve miRNA'lar günümüzde birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir ve bunlardan biri de 'Otizm Spektrum Bozukluğu'dur (OSB). OSB, stereotipik hareketler, sosyal etkileşim ve iletişim becerilerindeki eksiklikler, bilişsel ve dil bozuklukları gibi yaşam kalitesini düşüren semptomlarla karakterize bir nörogelişimsel bozukluktur. OSB'nin genetik heterojen alt yapısı göz önüne alınarak başlanan çalışmanın amacı, otizmle ilişkili bazı önemli genlerde bulunan SNP'lerin belirlenerek, amino asit değişimine sebep olan (yanlış anlamlı) SNP'lerin protein yapısı, fonksiyonu, stabilizasyonu ve miRNA hedef bağlanma bölgeleri üzerine olası zarar verici etkilerinin in silico yazılım araçları kullanılarak değerlendirilmesini kapsamaktadır. Bu tez çalışmasında, literatür taramasına göre daha önce in silico analizlerinin yapılmadığı belirlenen ve OSB ile ilişkili KCTD13, CSDE1 ve SLC6A1 genlerine ait SNP'ler çeşitli yazılım araçları ile incelenmiştir. Çalışma sonucunda, genlerin 3'UTR SNP'lerinin miRNA hedef bağlanma bölgeleri üzerine etkileri ve her bir gene ait yüksek riskte zararlı olabilecek SNP'ler tahmin edilmiş olup, üç boyutlu protein modelleri oluşturulmuştur. Bu SNP'ler; KCTD13 geninde; rs60476091 (V242G), rs377576953 (T55M), rs202044176 (R91C), rs372728677 (R306C), rs374722372 (L137P), rs774531778 (E120K) ve rs149152730 (E116V), CSDE1 geninde; rs369551811 (F634S), rs776468790 (L49P) ve rs1195549290 (C42Y), SLC6A1 geninde; rs1403165900 (V323F), rs1574891085 (D52Y), rs747554856 (G442R), rs1189070900 (Y452C), rs1574892295 (L97R) ve rs1574908722 (S359P)'dir. Sonuç olarak incelenen 3 gene ait yüksek riskli olduğu belirlenen varyantlar ve tespit edilen miRNA'lar ileride yapılacak deneysel çalışmalara veri sağlamaktadır. Ayrıca elde edilen sonuçların otizm tanı ve tedavisinde bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağının deneysel çalışmalarla araştırılması önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

Single nucleotide polymorphism is called changes in a single base sequence in DNA between individuals. Micro RNAs (miRNAs) are short non-protein coding RNA molecules that regulate gene expression after transcription. Today, SNPs and miRNAs are associated with many disease and one of them is 'Autism Spectrum Disorder' (ASD). ASD is a neurodevelopmental disorder characterized by symptoms that reduce the quality of life such as stereotypical movements, deficits in social interaction and communication skills, cognitive and language disorders. The aim of the study, which was started by considering the genetic heterogeneous background of ASD, it covers the determination of SNPs in some important autism-related genes and the evaluation of the possible damaging effects of SNPs (missense) that cause amino acid substitution on protein structure, function, stabilization and miRNA target binding sites using in silico software tools. In this thesis, SNPs of ASD-related KCTD13, CSDE1 and SLC6A1 genes, which were determined not to be analyzed in silico before according to the literature review, were examined with various software tools. As a result of the study, the effects of 3'UTR SNPs of genes on miRNA target binding sites and the high-risk potentially harmful SNPs of each gene were estimated, and three-dimensional protein models were created. These SNPs are; in the KCTD13 gene; rs60476091 (V242G), rs377576953 (T55M), rs202044176 (R91C), rs372728677 (R306C), rs374722372 (L137P), rs774531778 (E120K), and rs149152730 (E116V), in the CSDE1 gene; rs369551811 (F634S), rs776468790 (L49P) and rs1195549290 (C42Y), in the SLC6A1 gene; rs1403165900 (V323F), rs1574891085 (D52Y), rs747554856 (G442R), rs1189070900 (Y452C), rs1574892295 (L97R), and rs1574908722 (S359P). In conclusion, the high-risk variants of the examined 3 genes and the detected miRNAs provide data for future experimental studies. In addition, it is recommended to investigate whether the obtained results can be used as a biomarker in the diagnosis and treatment of autism with experimental studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    810298

    Nörogelişimsel bozukluklarla ilişkili bazı genlerdeki tek nükleotid polimorfizmlerinin in siliko analizi

    In silico analysis of single nucleotide polymophisms in some genes associate with neurodevelopmental disorders

    SADIG ABDULLAYEV

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

  2. Tez No

    426663

    Otistik spektrum bozukluğunun genetik altyapısının ve moleküler sinyal yolaklarının araştırılması

    Research of genetic basis and molecular pathways of autism spectrum disorder

    ZEYNEP KALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Moleküler TıpÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BELKIS ATASEVER ARSLAN

  3. Tez No

    341785

    Otizm spektrum bozukluğunda uyku alışkanlıklarının ve farklı parametrelerle olan ilişkisinin değerlendirilmesi

    Assessment of sleep habits and related clinical parameters of sleep problems in children with autism spectrum disorders

    TUBA MUTLUER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN ABALI

  4. Tez No

    842208

    Şizofrenide tedavi direncinin otistik özellikler ve obsesif-kompulsif belirtilerle ilişkisinin ilgili genetik varyasyonlar aracılığıyla araştırılması

    Investigation of the relationship of treatment resistance with autistic traits and obsessive-compulsive symptoms in schizophrenia through related genetic polymorphisms

    KORAY YARIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    PsikiyatriAnkara Üniversitesi

    Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERGUVAN TUĞBA ÖZEL KIZIL

  5. Tez No

    646737

    Süt dişlenme dönemindeki çocukların ağız mikrobiyotasının otizm spektrum bozuklukları ile ilişkisinin değerlendirilmesi

    Assessment of the relationship between oral microbiota and autism spectrum disorders in children with primary dentition

    GÜLSEVİM USTA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Diş Hekimliğiİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GAMZE AREN

Geri Dön