Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein
Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,
- Tez No: 810379
- Danışmanlar: PROF. DR. MONICA HUGHES
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Promotor bölgeler-genetik, Promoter regions-genetic
- Yıl: 2000
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıty Of Newcastle Upon Tyne
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ilıman bölge bitkilerinin çoğu, düşük pozitif sıcaklık koşullarında donmaya karşı dayanıklılık kazanma yeteneğine sahiptir. Bu uyum süresi soğuk aklimatizasyonu olarak bilinir ve düşük sıcaklıklara yanıt olarak düşük sıcaklıkla uyarılan genlerin ifadesini içerir. Arpa lipid transfer gen ailesinin (BLT4) dört üyesi izole edilmiş ve bu genlerin düşük sıcaklık, kuraklık, patojen saldırısı ve fitohormon abscisik asit (ABA) yaprak uygulamasına karşı farklı regülasyon gösterdiği bulunmuştur. Bu gen ailesinin düşük sıcaklık stresine en duyarlı üyesi, blt4.9, transkripsiyonel düzeyde kontrol edilir. Bu gen çoğunlukla sürgün meristemlerinde ifade edilir. Blt4.9 promotör bölgesi, çevresel yanıtlarla ilişkilendirilen muhtemel cis-etki elementlerini içermektedir. Arpa sürgün eksplantlarında geçici ifade deneyi kullanılarak yapılan delesyon analizi, reporter genine yönelik artan düşük sıcaklık yanıtının, -218 ila -177 arasında arasında bulunan 42 baz çifti dizisinden kaynaklandığını belirlemiştir. Sentetik oligonükleotidler kullanılarak yapılan elektroforetik mobilite kayma analizi (EMSA) , 42 baz çifti içinde yer alan altı nükleotidlik CCGAAA (LTRE1) bölgesini, düşük mobiliteli bir nükleer protein kompleksinin bağlanma bölgesi olarak tanımladı. Bu çalışmada, blt4.9 geninin düşük sıcaklık koşullarında nasıl ifade edildiğini daha iyi anlayabilmek amacıyla blt4.9'un promotör bölgesini incelemeyi hedeflenmiştir. Araştırmada, özellikle düşük sıcaklık yanıt elementi LTRE1 ile etkileşime giren trans faktörlerin klonlanması amaçlanmıştır. Düşük sıcaklığa tepki veren 42 baz çifti dizisi içindeki CCGAAA motifinin mutasyonu, düşük sıcaklığa tepkiyi temel seviyelere düşürmüştür. E. coli'de pET28a vektörü kullanılarak ifade edilen Arabidopsis düşük sıcaklık yanıt transkripsiyon faktörü CBF1 (C tekrarı/DRE bağlayıcı faktör), arpa CCGAAA elementine bağlanmamıştır. Düşük sıcaklık uygulaması yapılmış (6 °C gündüz/2 °C gece) arpa (cv. Igri) sürgün meristemlerinden elde edilen RNA kullanılarak bir ifade cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Bu kütüphanede rastgele arpa cDNA'ları GAL4 aktivasyon domainiyle füzyonu proteini olarak ifade edilmiştir. Arpa cDNA-GAL AD füzyon kütüphanesinin maya bir hibrit sistemi kullanılarak taranması yoluyla otuz adet cDNA klonu izole edilmiştir. Plazmid içindeki cDNA insertleri PCZ ile çoğaltılarak dizin analizi gerçekleştirilmiştir. Gapped-BLAST programı kullanılarak nükleotid ve protein veritabanlarında benzerlik araması yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
Many temperate plants acquire the ability to withstand freezing during a period of low positive temperature treatment. This adaptive process, known as cold acclimation, involves the expression of a number of low temperature induced genes. Four members of barley lipid transfer gene family (blt4) have been isolated and shown to be differentially regulated in response to low temperature, drought, pathogen attack and foliar application of the phytohormone abscisic acid (ABA). The most low temperature responsive member of this gene family, blt4.9, is transcriptionally controlled and predominantly expressed in shoot meristems. The blt4.9 promoter contains putative cis-acting elements implicated in environmental responses. Deletion analysis using a transient expression assay identified 42 bp sequence (from –218 to –177) which confers enhanced low temperature response to a reporter gene in barley shoot explants. Electrophoretic mobility shift analysis, using synthetic oligonucleotides, identified a hexanucleotide, CCGAAA, (LTRE1) within the 42 base low temperature responsive promoter region as the binding site of a low-mobility nuclear protein complex. The present study has aimed to further understanding of control of low temperature expression of blt4.9 gene by investigating its promoter region. The study was particularly focused on cloning of trans-acting factors which interacts with the low temperature responsive element LTRE1. Mutation of the CCGAAA motif within the low-temperature responsive 42 bp sequence reduced low temperature responsiveness to basal levels. An Arabidopsis low temperature responsive transcription factor CBF1 (C repeat/DRE binding factor) which was expressed in E. coli using pET28a vector did not bind the barley CCGAAA element. An expression library was constructed by fusing the GAL4 activation domain to random barley cDNAs made using RNA extracted from shoot meristems of low temperature-treated (6 C day/2 C night) barley (cv Igri). Thirty cDNA clones were isolated through yeast one hybrid screening of barley cDNA-GAL AD fusion library. The cDNA inserts from plasmids were amplified by PCR and sequenced. Searches of the nucleotide and protein databases were performed using the gapped-BLAST program.
Benzer Tezler
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Nükleer rezonasta moleküler yapıların incelenmesi (yapısal faz geçiş kuramları üzerine bir inceleme)
Başlık çevirisi yok
ABDURRAHMAN ANDİÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTAÇ YALÇINER
- Makro besin elementlerinin (NPK) İzmir'de Mayıs ayında açığa dikilen 4-6 cm çevre büyüklüğündeki Gladiolus cinsine ait“hunting song”ve“Novalüx”kültür çeşitlerinin yumrularının gelişmeleri üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
TAHA ALİ AMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADNAN HATİPOĞLU
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER